LXL04_033378 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033378

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 42121955-42125541 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1782 bp · LXL04_033378|LXL04_033378|OH1004|cDNA

ATGAATGCGGAAACGGCTGTAGAGTTTTTGCTGCCTTCATGGTGGGAGGTCCAAGTAACCGTCGCCGCCGCGTTCTTTGTAATTGCGGCATACTGGTTCTTCACCGACGGCGGTAACATCGGTGCAGGTGATCGATCTCAGTGTGATAACTCCGCTCTTGTTTCCGGTGATGCCGTAGATGACAAAGAAAAGATAGATCAACAGAAGGGCGACTCTCATGGCACCTCCGCTTACATCATAAAGGTGGAACTGTTAGCAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1782 bp · LXL04_033378|LXL04_033378|OH1004|CDS

ATGAATGCGGAAACGGCTGTAGAGTTTTTGCTGCCTTCATGGTGGGAGGTCCAAGTAACCGTCGCCGCCGCGTTCTTTGTAATTGCGGCATACTGGTTCTTCACCGACGGCGGTAACATCGGTGCAGGTGATCGATCTCAGTGTGATAACTCCGCTCTTGTTTCCGGTGATGCCGTAGATGACAAAGAAAAGATAGATCAACAGAAGGGCGACTCTCATGGCACCTCCGCTTACATCATAAAGGTGGAACTGTTAGCAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

593 aa · LXL04_033378|LXL04_033378|OH1004|PROTEIN

MNAETAVEFLLPSWWEVQVTVAAAFFVIAAYWFFTDGGNIGAGDRSQCDNSALVSGDAVDDKEKIDQQKGDSHGTSAYIIKVELLAAKNLIGANLNGMSDPYAIITCGTEKRFSSMVPGSRNPMWGEEFDFSVEELPVKINVSIYDWDIIWKSAVLGSVTIPVENEGHTGAIWHPFNNSPGQVCLNIRTVKHSMNSSRGLKGYVGANPRRRASVYKEGPIVVHQKPGPLQTIFDLLPDEASCSTQLFMCNGKIILVSWSY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033378`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033378

位置 Chr07:42121955-42125541 (-)

描述 Similar to BAGP1: BAG-associated GRAM protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g59660`	参与 BAG6 的蛋白水解加工。	Aspartyl Protease-Mediated Cleavage of BAG6 Is Necessary for Autophagy and Fungal Resistance in Plants.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00626
`At1g03370`	含 C2 和 GRAM 结构域的蛋白 At1g03370。	暂无已核实直接文献
`At1g63220`	可结合正义和反义 RNA（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033378 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007009 plasma membrane organization 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G03370

ath:AT1G63220

ath:AT3G59660

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.275

排名 1 · LXL04_033378 · OH-1004

内质网0.245

排名 2 · LXL04_033378 · OH-1004

细胞质0.223

排名 3 · LXL04_033378 · OH-1004

细胞膜0.199

排名 4 · LXL04_033378 · OH-1004

细胞核0.141

排名 5 · LXL04_033378 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00168.37C280-174 aa

PF16016.12VASt412-558 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033378	`PF00168.37`	C2	80	174	1.6e-16	61.2
LXL04_033378	`PF16016.12`	VASt	412	558	3e-31	109.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8W4D4`	拟南芥	BAG-associated GRAM protein 1	60.374%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZVT9`	拟南芥	C2 and GRAM domain-containing protein At1g03370	21.495%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9C8S6`	拟南芥	16 kDa phloem protein 2	30.137%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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