LXL04_033319 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033319

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 40791391-40791861 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

471 bp · LXL04_033319|LXL04_033319|OH1004|cDNA

atgGAGAAACGTAAACACCTCTCTaatttcttcttcatcttcttcccCATGTTTCTGTGTATCATCATAGAAGTAGTTGCAGCTGGTGGATGTTTCTGGTCGAATGGGTATTTCATCAATGTTGTCAATGATATCTATCATAGCCCAAACAAAGTTATGGTTCACTGCAAATCAAAAGACAACGATATCGGTGTGAAAACAATTGGATTTAATCAATCTGTCGAGTGGAAATTCTGTGAGAAGATCTGGACTCCGAGTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

471 bp · LXL04_033319|LXL04_033319|OH1004|CDS

ATGGAGAAACGTAAACACCTCTCTAATTTCTTCTTCATCTTCTTCCCCATGTTTCTGTGTATCATCATAGAAGTAGTTGCAGCTGGTGGATGTTTCTGGTCGAATGGGTATTTCATCAATGTTGTCAATGATATCTATCATAGCCCAAACAAAGTTATGGTTCACTGCAAATCAAAAGACAACGATATCGGTGTGAAAACAATTGGATTTAATCAATCTGTCGAGTGGAAATTCTGTGAGAAGATCTGGACTCCGAGTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

156 aa · LXL04_033319|LXL04_033319|OH1004|PROTEIN

MEKRKHLSNFFFIFFPMFLCIIIEVVAAGGCFWSNGYFINVVNDIYHSPNKVMVHCKSKDNDIGVKTIGFNQSVEWKFCEKIWTPSTLFFCHFYMGNVEQVFDVYNNGIGPQCVERKKEEYWRCTWLIKTDGFYFVDRTSGVRKDVKKYAWKAIRS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033319`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033319

位置 Chr07:40791391-40791861 (-)

描述 Similar to SPH5: S-protein homolog 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g04645`	S-蛋白同源物5。	暂无已核实直接文献
`At4g24974`	S 蛋白同源物 19。	暂无已核实直接文献
`At5g26060`	S蛋白同源物12。	暂无已核实直接文献
`At4g24973`	S 蛋白同源物 18。	暂无已核实直接文献
`At3g26880`	S蛋白同源物21。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033319 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0060320 rejection of self pollen 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G04645

ath:AT3G26880

ath:AT4G24973

ath:AT4G24974

ath:AT5G26060

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.352

排名 1 · LXL04_033319 · OH-1004

溶酶体／液泡0.254

排名 2 · LXL04_033319 · OH-1004

细胞膜0.227

排名 3 · LXL04_033319 · OH-1004

细胞质0.167

排名 4 · LXL04_033319 · OH-1004

内质网0.147

排名 5 · LXL04_033319 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05938.18Self-incomp_S139-151 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033319	`PF05938.18`	Self-incomp_S1	39	151	3.8e-23	82.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23020`	拟南芥	S-protein homolog 5	31.405%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B3H7A6`	拟南芥	S-protein homolog 19	28.926%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q680N1`	拟南芥	S-protein homolog 12	28.099%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`B3H730`	拟南芥	S-protein homolog 18	29.060%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LW22`	拟南芥	S-protein homolog 21	30.303%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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