LXL04_033101 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033101

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 35946689-35952051 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2568 bp · LXL04_033101|LXL04_033101|OH1004|cDNA

atgaaaattttaacaaaacaaaaaagaaTGAACCCACCCCCAAATTGCAAGAGCGAAGAGAGATCCATCACATTCAGCACACACAGAGAAGAGAAGATGGAAGCACAAGCTGGGCAACAACAATGGATGATGAGCGCACAAGCACAGCCGCAATATGCTTACGGAGCGCCGCCGCCGCCTCCGCCACAACACTACCACCAGCCTTCCTCCCATGAAGAAATCCGTACCCTATGGATTGGCGATTTACCCTACTGGGCTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2568 bp · LXL04_033101|LXL04_033101|OH1004|CDS

ATGAAAATTTTAACAAAACAAAAAAGAATGAACCCACCCCCAAATTGCAAGAGCGAAGAGAGATCCATCACATTCAGCACACACAGAGAAGAGAAGATGGAAGCACAAGCTGGGCAACAACAATGGATGATGAGCGCACAAGCACAGCCGCAATATGCTTACGGAGCGCCGCCGCCGCCTCCGCCACAACACTACCACCAGCCTTCCTCCCATGAAGAAATCCGTACCCTATGGATTGGCGATTTACCCTACTGGGCTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

855 aa · LXL04_033101|LXL04_033101|OH1004|PROTEIN

MKILTKQKRMNPPPNCKSEERSITFSTHREEKMEAQAGQQQWMMSAQAQPQYAYGAPPPPPPQHYHQPSSHEEIRTLWIGDLPYWADESYLHSWFAATTEVLSIKVIRNKATGISEGYGFLEFASHSTAERALRSYNGTQIPGTELTFWLNWASSGIGERRPDAGPEHSYAYKFGYSEAGTFSYYDYCDDYPIYDQTMGINEYTRQLDVTQRTTSEHTRQNEQLSSSFRANPPDCLESNHDTGESLHVWEDNVDLDNMTY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033101`
TK1151 ID	TkA08G230560
OH-1004 ID	LXL04_033101
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	94.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 55.673 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033101

位置 Chr07:35946689-35952051 (+)

描述 Similar to RBP47B': Polyadenylate-binding protein RBP47B'

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g19350`	异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。	暂无已核实直接文献
`At1g11650`	异质核核糖核蛋白 - 结合 mRNA 聚腺苷酸尾的蛋白质，可能参与前 mRNA 成熟的某些步骤。	Phylogenetic and expression analysis of RNA-binding proteins with triple RNA recognition motifs in plants.2011 · DOI: 10.1007/s10059-011-0001-2
`At1g47490`	异质核核糖核蛋白（hnRNP）蛋白，结合mRNA的poly(A)尾，可能参与前mRNA成熟的某些步骤。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033101 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0010193 response to ozone 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0048573 photoperiodism, flowering 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005685 U1 snRNP 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11650

ath:AT5G19350

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.568

排名 1 · LXL04_033101 · OH-1004

细胞质0.559

排名 2 · LXL04_033101 · OH-1004

细胞膜0.063

排名 3 · LXL04_033101 · OH-1004

内质网0.048

排名 4 · LXL04_033101 · OH-1004

线粒体0.039

排名 5 · LXL04_033101 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00076.29RRM_177-146 aa

PF12678.14zf-rbx1304-349 aa

PF13639.13zf-RING_2308-349 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2308-349 aa

PF17123.12zf-RING_11309-335 aa

PF00076.29RRM_1456-525 aa

PF00076.29RRM_1549-617 aa

PF00076.29RRM_1661-722 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033101	`PF00076.29`	RRM_1	77	146	7.1e-69	228.4
LXL04_033101	`PF12678.14`	zf-rbx1	304	349	1.5e-06	29.0
LXL04_033101	`PF13639.13`	zf-RING_2	308	349	4.2e-12	46.8
LXL04_033101	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	308	349	5e-07	30.1
LXL04_033101	`PF17123.12`	zf-RING_11	309	335	1.9e-06	28.2
LXL04_033101	`PF00076.29`	RRM_1	456	525	7.1e-69	228.4
LXL04_033101	`PF00076.29`	RRM_1	549	617	7.1e-69	228.4
LXL04_033101	`PF00076.29`	RRM_1	661	722	7.1e-69	228.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8VXZ9`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein RBP47B'	64.965%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SAB3`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein RBP45B	52.825%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SX79`	拟南芥	Polyadenylate-binding protein RBP47C	50.663%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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