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基因概览

LXL04_033060

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 35222012-35222687 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

461 bp · LXL04_033060|LXL04_033060|OH1004|cDNA

ATGGCTGGAGGAAAAGGGCAAATGGAGGTGCTTCATTTTTGTGTTACCGTCAATGCTTTCATCGTGTTCATATCTaggtcttcttcttcctctggTTCTTCTATCTGGAACCGATTTTATGGAGACAGCGAACAGAGGGCTGAGGGGGGAAGAACCTCTCGCAGGCAAAATAACTTTCAGGAACAAGGAAGAATGGGGGTGAGTGGTGATCTGTTGCAGGTGGATTCAAGGCTTCACGATTATCATCAAATTATCAAGCG...

CDS

下载 CDS FASTA

420 bp · LXL04_033060|LXL04_033060|OH1004|CDS

ATGGCTGGAGGAAAAGGGCAAATGGAGGTGCTTCATTTTTGTGTTACCGTCAATGCTTTCATCGTGTTCATATCTAGGTCTTCTTCTTCCTCTGGTTCTTCTATCTGGAACCGATTTTATGGAGACAGCGAACAGAGGGCTGAGGGGGGAAGAACCTCTCGCAGGCAAAATAACTTTCAGGAACAAGGAAGAATGGGGGTGAGTGGTGATCTGTTGCAGGTGGATTCAAGGCTTCACGATTATCATCAAATTATCAAGCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

139 aa · LXL04_033060|LXL04_033060|OH1004|PROTEIN

MAGGKGQMEVLHFCVTVNAFIVFISRSSSSSGSSIWNRFYGDSEQRAEGGRTSRRQNNFQEQGRMGVSGDLLQVDSRLHDYHQIIKRLMDLGTVKSNRSKCLYSSPLDFNSGLRLVFGNAMLFNQMRFTAWRNWEPNTS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033060`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033060

位置 Chr07:35222012-35222687 (-)

描述 Similar to GTE3: Transcription factor GTE3, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73150`	可能的转录因子，可结合乙酰化的组蛋白 H3。	The PHD domain of plant PIAS proteins mediates sumoylation of bromodomain GTE proteins.2008 · DOI: 10.1074/jbc.m708176200
`At1g17790`	转录因子GTE5，叶绿体型。	暂无已核实直接文献
`At5g65630`	转录因子GTE7。	暂无已核实直接文献
`At5g10550`	转录因子 GTE2。	暂无已核实直接文献
`At1g06230`	参与维管分生组织中细胞分裂的激活和维持，从而控制分化器官中的细胞数。	The Arabidopsis BET bromodomain factor GTE4 is involved in maintenance of the mitotic cell cycle during plant development.2010 · DOI: 10.1104/pp.109.150631 The Arabidopsis BET bromodomain factor GTE4 regulates the mitotic cell cycle.2010 · DOI: 10.4161/psb.5.6.11571

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033060 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0045931 positive regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003682 chromatin binding 分子功能

GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G06230

ath:AT1G17790

ath:AT1G73150

ath:AT5G10550

ath:AT5G65630

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.567

排名 1 · LXL04_033060 · OH-1004

细胞质0.348

排名 2 · LXL04_033060 · OH-1004

线粒体0.079

排名 3 · LXL04_033060 · OH-1004

内质网0.066

排名 4 · LXL04_033060 · OH-1004

细胞膜0.057

排名 5 · LXL04_033060 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00439.31Bromodomain76-128 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033060	`PF00439.31`	Bromodomain	76	128	7e-07	29.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S7T1`	拟南芥	Transcription factor GTE3, chloroplastic	65.957%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8H1D7`	拟南芥	Transcription factor GTE5, chloroplastic	54.545%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7Y214`	拟南芥	Transcription factor GTE7	59.574%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LXA7`	拟南芥	Transcription factor GTE2	61.702%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LNC4`	拟南芥	Transcription factor GTE4	53.191%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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