LXL04_033003 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_033003

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 33168273-33172479 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2502 bp · LXL04_033003|LXL04_033003|OH1004|cDNA

ATGTTATCGCTTCGGTCGTGCTGTTACAGTGTGACTcacaccaacaccataaccaCCGCACTCTGTCATCCTATTAAACATTCTCTTCTTGAATTGTCATTTCCTCTCTTCTTTCTCACGAAACTAAAAATGTCATCATCTCGTCCCTCCGCCTTCGATGCACTCATGTCGAATGCTCGTGCTGCTGCCGCGAAGAAGAAAACCACGGAATCTTCCGCTTCCCCTAAGAAGCGCAAAACCCTAGAATCAAAACCCCCAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

2502 bp · LXL04_033003|LXL04_033003|OH1004|CDS

ATGTTATCGCTTCGGTCGTGCTGTTACAGTGTGACTCACACCAACACCATAACCACCGCACTCTGTCATCCTATTAAACATTCTCTTCTTGAATTGTCATTTCCTCTCTTCTTTCTCACGAAACTAAAAATGTCATCATCTCGTCCCTCCGCCTTCGATGCACTCATGTCGAATGCTCGTGCTGCTGCCGCGAAGAAGAAAACCACGGAATCTTCCGCTTCCCCTAAGAAGCGCAAAACCCTAGAATCAAAACCCCCAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

833 aa · LXL04_033003|LXL04_033003|OH1004|PROTEIN

MLSLRSCCYSVTHTNTITTALCHPIKHSLLELSFPLFFLTKLKMSSSRPSAFDALMSNARAAAAKKKTTESSASPKKRKTLESKPPISLTPISEAKVAEVSPKPDKPLDTNAKKKTSVSSSSPKKRKTLDSKPPIKSTPVSEDKVAEVSPKPEKTLDTNQIKDETNVSNGITEAQPKLDVVSSEEKPASKKPPAIDVDESMIQLKKKPANFKPEKAAFWGEGERVPFLFLCRVFDAISKESGRILITEIVCNMLRTVIKT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_033003`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_033003

位置 Chr07:33168273-33172479 (+)

描述 Similar to LIG1: DNA ligase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08130`	必需蛋白质。	DNA ligase 1 deficient plants display severe growth defects and delayed repair of both DNA single and double strand breaks.2009 · DOI: 10.1186/1471-2229-9-79 DNA LIGASE I exerts a maternal effect on seed development in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1242/dev.041020

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033003 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000012 single strand break repair 生物过程

GO:0006260 DNA replication 生物过程

GO:0006273 lagging strand elongation 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006284 base-excision repair 生物过程

GO:0006287 base-excision repair, gap-filling 生物过程

GO:0006298 mismatch repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0009653 anatomical structure morphogenesis 生物过程

GO:0032201 telomere maintenance via semi-conservative replication 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08130

ddi:DDB_G0274493

hsa:3978

mmu:16881

xla:397978

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.779

排名 1 · LXL04_033003 · OH-1004

细胞质0.240

排名 2 · LXL04_033003 · OH-1004

线粒体0.046

排名 3 · LXL04_033003 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 4 · LXL04_033003 · OH-1004

内质网0.025

排名 5 · LXL04_033003 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04675.20DNA_ligase_A_N226-401 aa

PF01068.27DNA_ligase_A_M461-665 aa

PF09414.16RNA_ligase481-664 aa

PF04679.22DNA_ligase_A_C692-801 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_033003	`PF04675.20`	DNA_ligase_A_N	226	401	8.5e-54	183.1
LXL04_033003	`PF01068.27`	DNA_ligase_A_M	461	665	2.2e-68	230.7
LXL04_033003	`PF09414.16`	RNA_ligase	481	664	4.8e-07	30.8
LXL04_033003	`PF04679.22`	DNA_ligase_A_C	692	801	9.6e-21	74.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42572`	拟南芥	DNA ligase 1	64.330%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情