LXL04_032690 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032690

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 27858318-27859748 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1431 bp · LXL04_032690|LXL04_032690|OH1004|cDNA

ATGTGGCCTCCTTTTATCTGGTTAGCTTCTTGCTGTTATTTGCTAAAACATACCTGGAATATCCGTTCTACATTTGTTAGATTGTCTGCCTATACAATATGCTCCGACTTCCAAGGCTTATCTTCGTACACCAAAGTGTTATCTCATCGGCTTAAAAAACTCGGTAAGTTTAACGATACTGAAACCTTACACCACCGGAAGAAAGAACTTAGCAGAAACAGTGCCTTGTTATTTGCCCGCCAATTAAAAGAGTCTGGCTt...

CDS

下载 CDS FASTA

1431 bp · LXL04_032690|LXL04_032690|OH1004|CDS

ATGTGGCCTCCTTTTATCTGGTTAGCTTCTTGCTGTTATTTGCTAAAACATACCTGGAATATCCGTTCTACATTTGTTAGATTGTCTGCCTATACAATATGCTCCGACTTCCAAGGCTTATCTTCGTACACCAAAGTGTTATCTCATCGGCTTAAAAAACTCGGTAAGTTTAACGATACTGAAACCTTACACCACCGGAAGAAAGAACTTAGCAGAAACAGTGCCTTGTTATTTGCCCGCCAATTAAAAGAGTCTGGCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

476 aa · LXL04_032690|LXL04_032690|OH1004|PROTEIN

MWPPFIWLASCCYLLKHTWNIRSTFVRLSAYTICSDFQGLSSYTKVLSHRLKKLGKFNDTETLHHRKKELSRNSALLFARQLKESGFKHDVETYMTIIRSLCHSGMYVRLYNLFNYVIEEDVGIQISHLLDELINEKLIKVVEVLVKVYASIGIYHKAMHTLLETKNRSGLMVSTGTCNFVLNEVIEWDKVDRAESFCEQLKRNGFIPNVYTYGILMKGYRKKGHLVNALHVFKQMEEDGIKPNAFIYGTFIHGLCSKGQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032690`
TK1151 ID	TkAUNG063400
OH-1004 ID	LXL04_032690
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 50.759 / OH-1004 49.160 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032690

位置 Chr07:27858318-27859748 (+)

描述 Similar to At2g26790: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g26790, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26790`	含有五肽重复序列的蛋白 At2g26790，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g13800`	推测含五肽重复序列蛋白 At1g13800。	暂无已核实直接文献
`At5g61990`	含五重复肽序列蛋白 At5g61990，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g12620`	含五螺旋肽重复序列的蛋白At1g12620。	暂无已核实直接文献
`At1g12700`	推测的含五三螺旋重复蛋白 At1g12700，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032690 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.850

排名 1 · LXL04_032690 · OH-1004

质体0.071

排名 2 · LXL04_032690 · OH-1004

细胞核0.049

排名 3 · LXL04_032690 · OH-1004

细胞质0.034

排名 4 · LXL04_032690 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 5 · LXL04_032690 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2175-221 aa

PF23276.3TPR_24176-303 aa

PF13812.13PPR_3199-252 aa

PF12854.14PPR_1205-237 aa

PF01535.27PPR211-241 aa

PF13041.13PPR_2215-256 aa

PF17177.11PPR_long222-359 aa

PF12854.14PPR_1239-270 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032690	`PF13041.13`	PPR_2	175	221	5.7e-62	206.4
LXL04_032690	`PF23276.3`	TPR_24	176	303	8.2e-23	81.5
LXL04_032690	`PF13812.13`	PPR_3	199	252	1.7e-29	102.4
LXL04_032690	`PF12854.14`	PPR_1	205	237	8.1e-46	154.2
LXL04_032690	`PF01535.27`	PPR	211	241	1e-40	135.8
LXL04_032690	`PF13041.13`	PPR_2	215	256	5.7e-62	206.4
LXL04_032690	`PF17177.11`	PPR_long	222	359	2.2e-14	54.1
LXL04_032690	`PF12854.14`	PPR_1	239	270	8.1e-46	154.2
LXL04_032690	`PF13041.13`	PPR_2	279	327	5.7e-62	206.4
LXL04_032690	`PF01535.27`	PPR	282	310	1e-40	135.8
LXL04_032690	`PF13812.13`	PPR_3	303	351	1.7e-29	102.4
LXL04_032690	`PF12854.14`	PPR_1	310	342	8.1e-46	154.2
LXL04_032690	`PF13041.13`	PPR_2	313	349	5.7e-62	206.4
LXL04_032690	`PF01535.27`	PPR	317	346	1e-40	135.8
LXL04_032690	`PF12854.14`	PPR_1	380	412	8.1e-46	154.2
LXL04_032690	`PF13041.13`	PPR_2	384	418	5.7e-62	206.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81028`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g26790, mitochondrial	32.773%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LMH5`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g13800	29.353%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FIT7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g61990, mitochondrial	27.151%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ASZ8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12620	26.913%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0C7Q7`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12700, mitochondrial	26.066%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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