LXL04_032672 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032672

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 27554195-27559258 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3054 bp · LXL04_032672|LXL04_032672|OH1004|cDNA

ATGTTTTACTGTGTTTTACTGTTCATGATTCTCTCTCAGAACTTCTTTTCGGACGGAAAATACTTCGCAAATGATTTAGTCGCCAATGTTGAAGCAGATAACTGGAGAGCTTCGCATCATCGTTATCAAATTCTTTCATCTTCTGCGGTTGAAGATCTAACTGAGAAAAACAACAAACAGCAGTATAGAATTACAAAGATGAATGCAGATAGCTCAATTTCAGTTACTTCAATGTCAAAGAAAAGAGAGAGGCCTGAAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

3054 bp · LXL04_032672|LXL04_032672|OH1004|CDS

ATGTTTTACTGTGTTTTACTGTTCATGATTCTCTCTCAGAACTTCTTTTCGGACGGAAAATACTTCGCAAATGATTTAGTCGCCAATGTTGAAGCAGATAACTGGAGAGCTTCGCATCATCGTTATCAAATTCTTTCATCTTCTGCGGTTGAAGATCTAACTGAGAAAAACAACAAACAGCAGTATAGAATTACAAAGATGAATGCAGATAGCTCAATTTCAGTTACTTCAATGTCAAAGAAAAGAGAGAGGCCTGAAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1017 aa · LXL04_032672|LXL04_032672|OH1004|PROTEIN

MFYCVLLFMILSQNFFSDGKYFANDLVANVEADNWRASHHRYQILSSSAVEDLTEKNNKQQYRITKMNADSSISVTSMSKKRERPEKGKKLNARAYKKLFQIAGQKMKEASQGGDLITTSVTSTEVNETETLVMKSCSDSKQERHRVTLESEEVFFSNPESANEHPQMDGSECVTMLKTGPTCSAELAESQFEVSIEVQHHVNKLRDYWNRGQNSVFFDGQDRIIKVVQFVLSLLDNVKQPILIITASRSLSLWESEFSK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032672`
TK1151 ID	TkA08G195400
OH-1004 ID	LXL04_032672
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.211 / OH-1004 94.100 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032672

位置 Chr07:27554195-27559258 (-)

描述 Similar to MOM1: Helicase protein MOM1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08060`	与PIAL1和PIAL2一起，独立于DNA甲基化变化调控转录基因沉默（TGS）。	Two regulatory levels of transcriptional gene silencing in Arabidopsis.2002 · DOI: 10.1073/pnas.202380499 Two means of transcriptional reactivation within heterochromatin.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01667.x Epigenetic regulation of transcription in intermediate heterochromatin.2006 · DOI: 10.1038/sj.embor.7400835 MOM1 mediates DNA-methylation-independent silencing of repetitive sequences in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1038/sj.embor.7400791 Divergent evolution of CHD3 proteins resulted in MOM1 refining epigenetic control in vascular plants.2008 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1000165 MOM1 and Pol-IV/V interactions regulate the intensity and specificity of transcriptional gene silencing.2010 · DOI: 10.1038/emboj.2009.328 Locus-specific dependency of endogenous silent loci on MOM1 and non-CG methylation in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.4161/psb.5.6.11663 MORPHEUS' MOLECULE1 is required to prevent aberrant RNA transcriptional read-through in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1104/pp.110.162131 Transcriptional silencing induced by Arabidopsis T-DNA mutants is associated with 35S promoter siRNAs and requires genes involved in siRNA-mediated chromatin silencing.2010 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2010.04358.x Structural basis of transcriptional gene silencing mediated by Arabidopsis MOM1.2012 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1002484 The SUMO E3 Ligase-Like Proteins PIAL1 and PIAL2 Interact with MOM1 and Form a Novel Complex Required for Transcriptional Silencing.2016 · DOI: 10.1105/tpc.15.00997
`At5g44800`	染色质重塑蛋白，通过组蛋白结合DNA并调控基因转录。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032672 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0000729 DNA double-strand break processing 生物过程

GO:0001178 regulation of transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0006335 DNA replication-dependent chromatin assembly 生物过程

GO:0006337 nucleosome disassembly 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006363 termination of RNA polymerase I transcription 生物过程

GO:0006368 transcription elongation by RNA polymerase II 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08060

ath:AT5G44800

hsa:1107

sce:YER164W

spo:2542363

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.839

排名 1 · LXL04_032672 · OH-1004

细胞质0.189

排名 2 · LXL04_032672 · OH-1004

细胞膜0.032

排名 3 · LXL04_032672 · OH-1004

线粒体0.031

排名 4 · LXL04_032672 · OH-1004

高尔基体0.016

排名 5 · LXL04_032672 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00176.30SNF2-rel_dom231-349 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032672	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	231	349	7e-10	39.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M658`	拟南芥	Helicase protein MOM1	36.436%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4KBP5`	拟南芥	Protein CHROMATIN REMODELING 4	27.002%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情