LXL04_032661 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032661

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 27343808-27346985 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2478 bp · LXL04_032661|LXL04_032661|OH1004|cDNA

ATGGGGAAAGCAGGTAAGCCGACGGTGAAGTCCTCGCTGTTCGAGAAAGTATTACGCCGCCGCGTACAAGAAACCTACGGTAATGCCCCTCCATCCGTCGACCAACTTGTCCACAGCCTCCGCTCCGATTTCCCCGAATACAGTCGCCACAAGCTCCAACCTTTCACCAGAATGGTGAAACAAACCCTAGATTCCAGCAACAGCAAAGATAGACAGAAATCAAGAAGAAAAGATGAGGACAGCCCATCTTCATTTAATta...

CDS

下载 CDS FASTA

2478 bp · LXL04_032661|LXL04_032661|OH1004|CDS

ATGGGGAAAGCAGGTAAGCCGACGGTGAAGTCCTCGCTGTTCGAGAAAGTATTACGCCGCCGCGTACAAGAAACCTACGGTAATGCCCCTCCATCCGTCGACCAACTTGTCCACAGCCTCCGCTCCGATTTCCCCGAATACAGTCGCCACAAGCTCCAACCTTTCACCAGAATGGTGAAACAAACCCTAGATTCCAGCAACAGCAAAGATAGACAGAAATCAAGAAGAAAAGATGAGGACAGCCCATCTTCATTTAATTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

825 aa · LXL04_032661|LXL04_032661|OH1004|PROTEIN

MGKAGKPTVKSSLFEKVLRRRVQETYGNAPPSVDQLVHSLRSDFPEYSRHKLQPFTRMVKQTLDSSNSKDRQKSRRKDEDSPSSFNYSEEDDDTSPSLRSPMRKKSKKIDSREQRLQMLETKHVAQRRTELQKSSESETDDGEEDRSAVSSSEDDVYSLQFEPEIDLTKSMLRNKYNGSKLNAKSDEKPNNVELEVVTNSNTKETEKVDLMKEGRRVVKPKTQKPNNVSNDDGDGKEDGPRFKDIGGMDAVLEELKTEVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032661`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032661

位置 Chr07:27343808-27346985 (-)

描述 Similar to CDC48C: Cell division control protein 48 homolog C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g01610`	可能在细胞分裂和生长过程中发挥功能。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032661 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0032092 positive regulation of protein binding 生物过程

GO:0032206 positive regulation of telomere maintenance 生物过程

GO:0042254 ribosome biogenesis 生物过程

GO:0042273 ribosomal large subunit biogenesis 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0180023 cytosolic large ribosomal subunit assembly 生物过程

GO:1904749 regulation of protein localization to nucleolus 生物过程

GO:1905323 telomerase holoenzyme complex assembly 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G01610

hsa:4931

spo:2539968

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.494

排名 1 · LXL04_032661 · OH-1004

细胞质0.371

排名 2 · LXL04_032661 · OH-1004

细胞膜0.068

排名 3 · LXL04_032661 · OH-1004

线粒体0.066

排名 4 · LXL04_032661 · OH-1004

内质网0.059

排名 5 · LXL04_032661 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07724.21AAA_2275-399 aa

PF05496.19RuvB_N277-361 aa

PF06068.20TIP49279-320 aa

PF00004.36AAA280-420 aa

PF07728.21AAA_5280-410 aa

PF13173.13AAA_14280-362 aa

PF13521.13AAA_28280-360 aa

PF17862.8AAA_lid_3446-481 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032661	`PF07724.21`	AAA_2	275	399	2.1e-11	44.9
LXL04_032661	`PF05496.19`	RuvB_N	277	361	1.6e-14	54.6
LXL04_032661	`PF06068.20`	TIP49	279	320	1.5e-10	41.5
LXL04_032661	`PF00004.36`	AAA	280	420	1.9e-85	284.6
LXL04_032661	`PF07728.21`	AAA_5	280	410	5.4e-13	49.9
LXL04_032661	`PF13173.13`	AAA_14	280	362	6e-10	39.9
LXL04_032661	`PF13521.13`	AAA_28	280	360	8.1e-09	36.6
LXL04_032661	`PF17862.8`	AAA_lid_3	446	481	8.9e-18	64.2
LXL04_032661	`PF05496.19`	RuvB_N	581	616	1.6e-14	54.6
LXL04_032661	`PF00004.36`	AAA	582	706	1.9e-85	284.6
LXL04_032661	`PF17862.8`	AAA_lid_3	730	767	8.9e-18	64.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SS94`	拟南芥	Cell division control protein 48 homolog C	50.427%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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