LXL04_032392 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032392

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 21691131-21697694 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4083 bp · LXL04_032392|LXL04_032392|OH1004|cDNA

ATAATCAATCTCTATTGTTATAGTTAATTTAAAAATGGTTGTGTTACAGGGATGAGTAGTTTAGTTGAGAGACTTCGTGTTAGATCAGACTCAAGGCCCCGCTATAGTATAGACGATTCTGATGATGAGTCAGACCTCCTTCTAGGTAAATTCAAGAACAAAGAGCAGTTTGAGAAGATCATCAGAGATGACGCGAAAGCGGATTCATGTAATGCATGTGGTGAATCCGGGAATCTACTCATCTGTGAAACTTGCACTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

4032 bp · LXL04_032392|LXL04_032392|OH1004|CDS

ATGAGTAGTTTAGTTGAGAGACTTCGTGTTAGATCAGACTCAAGGCCCCGCTATAGTATAGACGATTCTGATGATGAGTCAGACCTCCTTCTAGGTAAATTCAAGAACAAAGAGCAGTTTGAGAAGATCATCAGAGATGACGCGAAAGCGGATTCATGTAATGCATGTGGTGAATCCGGGAATCTACTCATCTGTGAAACTTGCACTTATGAATACCACCCAAAGTGTCTCCTACCACCTCTAAAAGCTCCTCTTCCTAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1343 aa · LXL04_032392|LXL04_032392|OH1004|PROTEIN

MSSLVERLRVRSDSRPRYSIDDSDDESDLLLGKFKNKEQFEKIIRDDAKADSCNACGESGNLLICETCTYEYHPKCLLPPLKAPLPTSWRCPKCVNPLNDIEKLLDCEMRPTVADDSDASKLGSKQIFVKQYLVKWKGLSYLHCTWVPEKEFIKAYKELPRLRTKVNNFRKQMNVGNNEDDYVPIRPEYTMVDRVLACRQEEDEEKEYLVKWVGLNYDECYWESESDISSFQQQIENFNRLQSRHRKLRKQKSNNQDAID...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032392`
TK1151 ID	TkA08G170880
OH-1004 ID	LXL04_032392
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032392

位置 Chr07:21691131-21697694 (-)

描述 Similar to PKL: CHD3-type chromatin-remodeling factor PICKLE

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g25170`	染色质重塑因子，在种子萌发期间及萌发后抑制胚性状基因（如 NFYB9/LEC1）的表达，从而实现向萌发后生长的发育转换。	暂无已核实直接文献
`At4g31900`	染色质重塑因子，在种子萌发期间及萌发后抑制胚性性状基因的表达，从而实现向萌发后生长的发育转换。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032392 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007051 spindle organization 生物过程

GO:0007098 centrosome cycle 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G25170

ath:AT4G31900

hsa:1107

hsa:1108

mmu:107932

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.947

排名 1 · LXL04_032392 · OH-1004

细胞质0.142

排名 2 · LXL04_032392 · OH-1004

线粒体0.021

排名 3 · LXL04_032392 · OH-1004

细胞膜0.018

排名 4 · LXL04_032392 · OH-1004

内质网0.007

排名 5 · LXL04_032392 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00628.36PHD53-94 aa

PF00385.31Chromo124-155 aa

PF00385.31Chromo191-240 aa

PF04851.22ResIII282-462 aa

PF00176.30SNF2-rel_dom286-580 aa

PF11496.15HDA2-3533-745 aa

PF00271.38Helicase_C603-716 aa

PF06465.19DUF1087838-898 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032392	`PF00628.36`	PHD	53	94	1.2e-07	32.3
LXL04_032392	`PF00385.31`	Chromo	124	155	5.6e-25	87.7
LXL04_032392	`PF00385.31`	Chromo	191	240	5.6e-25	87.7
LXL04_032392	`PF04851.22`	ResIII	282	462	8.6e-10	39.5
LXL04_032392	`PF00176.30`	SNF2-rel_dom	286	580	4.8e-84	282.6
LXL04_032392	`PF11496.15`	HDA2-3	533	745	1.9e-08	34.5
LXL04_032392	`PF00271.38`	Helicase_C	603	716	3.3e-25	89.2
LXL04_032392	`PF06465.19`	DUF1087	838	898	2.3e-23	82.8
LXL04_032392	`PF06461.18`	CHDII_SANT-like	929	1060	2.5e-54	183.6
LXL04_032392	`PF23588.3`	HTH_CHD1_Hrp3	1075	1113	5.7e-06	27.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9S775`	拟南芥	CHD3-type chromatin-remodeling factor PICKLE	65.142%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JTF6`	拟南芥	CHD3-type chromatin-remodeling factor CHR7	50.938%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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