基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_032340
当前版本: OH-1004
染色体: Chr07
坐标: 20992328-20997283
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA3489 bp · LXL04_032340|LXL04_032340|OH1004|cDNA
ATGCAACCAAATTTAACTTTAAACCAACACCCCAAATCCACCACAAGTATTTATAAACCTCATCACTCCCTGCGTGTAATCTTTCATCCCCAATTCCGAATTCACTCAAGATTTATAGCCATGGCTTCTGGGAGCAAAGCAAGTTCTGGGTTTAATCCACAATCTCAAAACCCTCCGTCATCATCAACGCCTAGGGTTGATTCAATGAGCAAAGCCATTGCACAATACGCAGTTGATGCTAGATTACACGCTGTTTATGA...
CDS
下载 CDS FASTA3483 bp · LXL04_032340|LXL04_032340|OH1004|CDS
ATGCAACCAAATTTAACTTTAAACCAACACCCCAAATCCACCACAAGTATTTATAAACCTCATCACTCCCTGCGTGTAATCTTTCATCCCCAATTCCGAATTCACTCAAGATTTATAGCCATGGCTTCTGGGAGCAAAGCAAGTTCTGGGTTTAATCCACAATCTCAAAACCCTCCGTCATCATCAACGCCTAGGGTTGATTCAATGAGCAAAGCCATTGCACAATACGCAGTTGATGCTAGATTACACGCTGTTTATGA...
1160 aa · LXL04_032340|LXL04_032340|OH1004|PROTEIN
MQPNLTLNQHPKSTTSIYKPHHSLRVIFHPQFRIHSRFIAMASGSKASSGFNPQSQNPPSSSTPRVDSMSKAIAQYAVDARLHAVYEQSGESGKSFDYSQSIKTATDSIAEQQMTAYLSKIQRGGHIQPFGCMIAIDNSSFRVIAFSENARERLGLAPQSVPSLERPEILTIGTDVKTLFTPSSAVLLERAFRAREITLLNPVWVHSKNSGKPFYAILHRIDVGIVIDLEPARTEDPALSIAGAVQSQKLAVRAISNLQS...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_032340 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_032340 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr07:20992328-20997283 (-) | ||||||
| 描述 | Similar to PHYB: Phytochrome B | ||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006325 chromatin organization 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程 GO:0009408 response to heat 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0009416 response to light stimulus 生物过程 GO:0009584 detection of visible light 生物过程 GO:0009585 red, far-red light phototransduction 生物过程 GO:0009630 gravitropism 生物过程 GO:0009638 phototropism 生物过程 GO:0009640 photomorphogenesis 生物过程 | ||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT2G18790 gmx:100794865 sly:101262847 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
质体0.393
细胞质0.205
线粒体0.147
细胞核0.133
细胞膜0.102
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF08446.18PAS_2116-232 aaPF01590.33GAF266-443 aaPF00360.27PHY456-631 aaPF00989.32PAS661-776 aaPF08448.17PAS_4669-780 aaPF00989.32PAS792-911 aaPF00512.32HisKA935-997 aaPF02518.32HATPase_c1045-1156 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_032340 | PF08446.18 | PAS_2 | 116 | 232 | 9.7e-38 | 129.9 |
| LXL04_032340 | PF01590.33 | GAF | 266 | 443 | 3.5e-17 | 63.9 |
| LXL04_032340 | PF00360.27 | PHY | 456 | 631 | 3.9e-57 | 193.3 |
| LXL04_032340 | PF00989.32 | PAS | 661 | 776 | 7.3e-47 | 158.8 |
| LXL04_032340 | PF08448.17 | PAS_4 | 669 | 780 | 3e-10 | 41.0 |
| LXL04_032340 | PF00989.32 | PAS | 792 | 911 | 7.3e-47 | 158.8 |
| LXL04_032340 | PF00512.32 | HisKA | 935 | 997 | 1.5e-15 | 57.7 |
| LXL04_032340 | PF02518.32 | HATPase_c | 1045 | 1156 | 4.3e-16 | 60.0 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
P14713 | 拟南芥 | Phytochrome B | 76.958% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |