LXL04_032304 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032304

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 20086822-20088005 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

740 bp · LXL04_032304|LXL04_032304|OH1004|cDNA

ACTTGAAATTTTAAGCTTTCATTAACATTCCGTAAATTAGATCGTAGTCTTGATCCCTTTTCGTTTGTGAGAGCTCTCCAAAAATGTGATCACCTTACTGAGTATAAGCACTAGTTACGATCTGATAAGTACATTAAAGATTCCCGTGGTTCTTTTTCTATTTGCTAGATACAAAGATGGGGTTGACCTTCACCAAGCTTTTCAGTCGCCTTTTTGCTAAAAAGGAGATGCGCATTTTGATGGTTGGTCTCGATGCAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

579 bp · LXL04_032304|LXL04_032304|OH1004|CDS

TTGCTAGATACAAAGATGGGGTTGACCTTCACCAAGCTTTTCAGTCGCCTTTTTGCTAAAAAGGAGATGCGCATTTTGATGGTTGGTCTCGATGCAGCTGGTAAAACTACCATTTTGTACAAGCTCAAATTGGGGGAGATCGTTACCACTATTCCAACCATTGGATTCAATGTGGAAACTGTTGAGTACAAGAACATCAGCTTTACTGTATGGGATGTTGGTGGTCAAGACAAGATTCGCCCCTTGTGGAGGCACTACTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

192 aa · LXL04_032304|LXL04_032304|OH1004|PROTEIN

MLDTKMGLTFTKLFSRLFAKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRDRVVEARDELHRMLNEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLNSLRQRHWYIQSTCATSGEGLYEGLDWLSNNIANKVNRIFNK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032304`
TK1151 ID	TkA08G164130
OH-1004 ID	LXL04_032304
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.448 / OH-1004 93.750 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032304

位置 Chr07:20086822-20088005 (-)

描述 Similar to ARF: ADP-ribosylation factor 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0489600`	参与蛋白质运输的GTP结合蛋白；可能调节高尔基体内囊泡的出芽和脱壳。	暂无已核实直接文献
`Os01g0813400`	参与蛋白质运输的GTP结合蛋白；可能调节高尔基体内囊泡的出芽和脱壳。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032304 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0003925 G protein activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

GO:0016004 phospholipase activator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

dosa:Os01g0813400

zma:732812

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.410

排名 1 · LXL04_032304 · OH-1004

细胞质0.376

排名 2 · LXL04_032304 · OH-1004

内质网0.197

排名 3 · LXL04_032304 · OH-1004

细胞膜0.156

排名 4 · LXL04_032304 · OH-1004

溶酶体／液泡0.145

排名 5 · LXL04_032304 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025.28Arf10-182 aa

PF09439.17SRPRB21-148 aa

PF08477.20Roc24-134 aa

PF00071.29Ras24-180 aa

PF04670.19Gtr1_RagA24-146 aa

PF00503.27G-alpha50-116 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032304	`PF00025.28`	Arf	10	182	3.1e-81	271.7
LXL04_032304	`PF09439.17`	SRPRB	21	148	4.3e-13	49.7
LXL04_032304	`PF08477.20`	Roc	24	134	8.1e-14	52.6
LXL04_032304	`PF00071.29`	Ras	24	180	4.8e-12	46.5
LXL04_032304	`PF04670.19`	Gtr1_RagA	24	146	1.8e-09	38.1
LXL04_032304	`PF00503.27`	G-alpha	50	116	3.2e-13	50.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P51823`	水稻	ADP-ribosylation factor 2	98.343%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q06396`	水稻	ADP-ribosylation factor 1	97.790%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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