LXL04_032299 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032299

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 20069290-20070805 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1437 bp · LXL04_032299|LXL04_032299|OH1004|cDNA

ATGTTGTCGTCGGCGGCGCCTTCAATTTCTTGCCCGTTTCACAACCGCAACCGCAAAGGTAACAACAACAACCAGAGTCACAATTACGCCATTGTTGTTCCTCCTCGATTCGTAATTCGATGTGCAATGACGTCAGCTTCTTCGCCAAAGAAGAACAAACTCTGGAAGCAAGGCGAGCACCCGGGACACGTATCGTCCTCTCCAAAACCCAACAGACGAACGCCGATTAAGAACATTAAGAAGAAGCTCGATCGTAAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1437 bp · LXL04_032299|LXL04_032299|OH1004|CDS

ATGTTGTCGTCGGCGGCGCCTTCAATTTCTTGCCCGTTTCACAACCGCAACCGCAAAGGTAACAACAACAACCAGAGTCACAATTACGCCATTGTTGTTCCTCCTCGATTCGTAATTCGATGTGCAATGACGTCAGCTTCTTCGCCAAAGAAGAACAAACTCTGGAAGCAAGGCGAGCACCCGGGACACGTATCGTCCTCTCCAAAACCCAACAGACGAACGCCGATTAAGAACATTAAGAAGAAGCTCGATCGTAAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

478 aa · LXL04_032299|LXL04_032299|OH1004|PROTEIN

MLSSAAPSISCPFHNRNRKGNNNNQSHNYAIVVPPRFVIRCAMTSASSPKKNKLWKQGEHPGHVSSSPKPNRRTPIKNIKKKLDRKANLNPWVNTVTEALSESIDVKHWSRALQVFEMLREQPFYQPKEGTYMKLIVLLGRCGQPKHARYLFDTMLQEGIEPTSQLYTALLAAYCRSNLIDEAFKILNQMKTLPLCQPDVYTFSILMKACVDASRFELVESIYHQMAERSITPNTVTQNTVLAGYGKAGKFQEMEKLLQT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032299`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032299

位置 Chr07:20069290-20070805 (+)

描述 Similar to EMB2750: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g06430`	含五次肽重复序列的蛋白At3g06430，叶绿体定位。	暂无已核实直接文献
`At3g53170`	含五肽重复结构的蛋白 At3g53170。	暂无已核实直接文献
`At5g48730`	含有五肽重复序列的叶绿体蛋白质 At5g48730。	暂无已核实直接文献
`At4g39620`	对胚胎发育必不可少。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032299 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000373 Group II intron splicing 生物过程

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006417 regulation of translation 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003727 single-stranded RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G06430

ath:AT3G53170

ath:AT5G48730

zma:100126361

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.665

排名 1 · LXL04_032299 · OH-1004

线粒体0.223

排名 2 · LXL04_032299 · OH-1004

细胞核0.058

排名 3 · LXL04_032299 · OH-1004

细胞质0.023

排名 4 · LXL04_032299 · OH-1004

细胞膜0.009

排名 5 · LXL04_032299 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long107-238 aa

PF13041.13PPR_2128-165 aa

PF23276.3TPR_24129-256 aa

PF13812.13PPR_3151-212 aa

PF12854.14PPR_1159-191 aa

PF13041.13PPR_2163-211 aa

PF01535.27PPR167-192 aa

PF13812.13PPR_3197-247 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032299	`PF17177.11`	PPR_long	107	238	5.5e-18	65.8
LXL04_032299	`PF13041.13`	PPR_2	128	165	4.8e-56	187.4
LXL04_032299	`PF23276.3`	TPR_24	129	256	8.4e-18	65.3
LXL04_032299	`PF13812.13`	PPR_3	151	212	7.2e-43	145.2
LXL04_032299	`PF12854.14`	PPR_1	159	191	1.6e-31	108.5
LXL04_032299	`PF13041.13`	PPR_2	163	211	4.8e-56	187.4
LXL04_032299	`PF01535.27`	PPR	167	192	5.7e-47	155.4
LXL04_032299	`PF13812.13`	PPR_3	197	247	7.2e-43	145.2
LXL04_032299	`PF29070.1`	MSC6_N	202	295	1.4e-22	81.1
LXL04_032299	`PF13812.13`	PPR_3	221	284	7.2e-43	145.2
LXL04_032299	`PF13041.13`	PPR_2	233	278	4.8e-56	187.4
LXL04_032299	`PF13812.13`	PPR_3	263	319	7.2e-43	145.2
LXL04_032299	`PF13041.13`	PPR_2	269	313	4.8e-56	187.4
LXL04_032299	`PF13041.13`	PPR_2	304	344	4.8e-56	187.4
LXL04_032299	`PF01535.27`	PPR	308	335	5.7e-47	155.4
LXL04_032299	`PF23276.3`	TPR_24	319	435	8.4e-18	65.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SQU6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g06430, chloroplastic	67.195%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SCP4`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53170	39.651%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FKC3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g48730, chloroplastic	43.325%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SV96`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39620, chloroplastic	27.893%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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