LXL04_032216 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032216

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 18731466-18733494 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

978 bp · LXL04_032216|LXL04_032216|OH1004|cDNA

ATGTTGACGTGTATTGCTTGTACCAAGCAGCTGCACGATGGATCTCTAAACGAACAGGAAGAAGGAGACACCGCTGGCACACCAAGAACCAAGCACGCCGTTAAAACCCTCACATCTCAGATCAAGGATATTGCATTAAAGGCCTCGGGAGCATACAAAAACTGCTCGGGAACCTCTAACAACACGCCCCGTCGAGGTTATGCGGACGCTGAAGCTGGATCATCATCCGGTAGGTTTATTCGCGGGTACCAAAGGACCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

978 bp · LXL04_032216|LXL04_032216|OH1004|CDS

ATGTTGACGTGTATTGCTTGTACCAAGCAGCTGCACGATGGATCTCTAAACGAACAGGAAGAAGGAGACACCGCTGGCACACCAAGAACCAAGCACGCCGTTAAAACCCTCACATCTCAGATCAAGGATATTGCATTAAAGGCCTCGGGAGCATACAAAAACTGCTCGGGAACCTCTAACAACACGCCCCGTCGAGGTTATGCGGACGCTGAAGCTGGATCATCATCCGGTAGGTTTATTCGCGGGTACCAAAGGACCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

325 aa · LXL04_032216|LXL04_032216|OH1004|PROTEIN

MLTCIACTKQLHDGSLNEQEEGDTAGTPRTKHAVKTLTSQIKDIALKASGAYKNCSGTSNNTPRRGYADAEAGSSSGRFIRGYQRTGTATGNSTPKVWGKEMEARLKGLSSGASTPASVSGRTESVAFTEDDELKEWVAQVEPGVLITFLSLPHGGNDLKRIRFSREMFNKWQAQRWWSENCEKIMELYNVHHFNQQGVPLPSPPRSEAESSRTGSIENSPVTPPLCKERPPRNLFQSLKTERSSIDGSSKTSVDQSEEV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032216`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032216

位置 Chr07:18731466-18733494 (+)

描述 Similar to BRXL3: Protein Brevis radix-like 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g54180`	蛋白质 Brevis radix 样 3。	暂无已核实直接文献
`At3g14000`	蛋白质Brevis radix样2。	暂无已核实直接文献
`At5g20540`	Brevis radix样蛋白 4。	暂无已核实直接文献
`At1g31880`	作为调节根和茎中细胞增殖及伸长的调控因子。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0462700`	类短根蛋白 1。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032216 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程

GO:0010088 phloem development 生物过程

GO:0010315 auxin export across the plasma membrane 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:0048527 lateral root development 生物过程

GO:0048756 sieve cell differentiation 生物过程

GO:2000280 regulation of root development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31880

ath:AT1G54180

ath:AT3G14000

ath:AT5G20540

dosa:Os08g0462700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.344

排名 1 · LXL04_032216 · OH-1004

细胞质0.335

排名 2 · LXL04_032216 · OH-1004

细胞核0.306

排名 3 · LXL04_032216 · OH-1004

质体0.114

排名 4 · LXL04_032216 · OH-1004

线粒体0.062

排名 5 · LXL04_032216 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13713.12BRX_N25-56 aa

PF08381.17BRX135-189 aa

PF08381.17BRX269-324 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032216	`PF13713.12`	BRX_N	25	56	3.4e-13	49.7
LXL04_032216	`PF08381.17`	BRX	135	189	1.3e-52	175.7
LXL04_032216	`PF08381.17`	BRX	269	324	1.3e-52	175.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q5HZ09`	拟南芥	Protein Brevis radix-like 3	62.198%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GYL9`	拟南芥	Protein Brevis radix-like 2	58.621%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8GZ92`	拟南芥	Protein Brevis radix-like 4	49.745%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q17TI5`	拟南芥	Protein BREVIS RADIX	47.592%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6YUB8`	水稻	Protein Brevis radix-like 1	47.942%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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