LXL04_032211 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032211

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 18690452-18692795 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1371 bp · LXL04_032211|LXL04_032211|OH1004|cDNA

ATGGAAGAAATGTCTCCTCCTTCCTCGATTACATTCAGCTTAACAAATCCCATTTCCGAAAACTCTCTCGGAAATCATGCGGATTTCACTCGGGTCACACTACTTACAAGAACAGCAAGCTTGTTATCCAAGAACTGCGACATCGCAAATCAAGAAACAGAGATCGATGAAACCATGTCAATCGACGACTCCATTGATGCAAATTCATCAGCTTTACCAATTCCGATTGCGGTCGCAATCGAGGGAAGGGAAAACGATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1371 bp · LXL04_032211|LXL04_032211|OH1004|CDS

ATGGAAGAAATGTCTCCTCCTTCCTCGATTACATTCAGCTTAACAAATCCCATTTCCGAAAACTCTCTCGGAAATCATGCGGATTTCACTCGGGTCACACTACTTACAAGAACAGCAAGCTTGTTATCCAAGAACTGCGACATCGCAAATCAAGAAACAGAGATCGATGAAACCATGTCAATCGACGACTCCATTGATGCAAATTCATCAGCTTTACCAATTCCGATTGCGGTCGCAATCGAGGGAAGGGAAAACGATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

456 aa · LXL04_032211|LXL04_032211|OH1004|PROTEIN

MEEMSPPSSITFSLTNPISENSLGNHADFTRVTLLTRTASLLSKNCDIANQETEIDETMSIDDSIDANSSALPIPIAVAIEGRENDQVVAKVISLGKETIEIANESTLTPSLMALVEKNQSKGIRSVFELEYIPLWGFDSVCGKRPEMEDSVAVVPRFMEIPIKMFVEDHVINSMSSNLTDLTSHFFGVYDGHGGSQVADYCRDRVHLALEEELKLVAQETSKDTLQIQWEKVFTNCFQKVDDEVGGRITHKTPESESEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032211`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032211

位置 Chr07:18690452-18692795 (+)

描述 Similar to HAB1: Protein phosphatase 2C 16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g72770`	脱落酸（ABA）信号通路的关键组成部分和抑制因子，调节多种ABA反应，如气孔关闭、种子萌发和营养生长抑制。	Gain-of-function and loss-of-function phenotypes of the protein phosphatase 2C HAB1 reveal its role as a negative regulator of abscisic acid signalling.2004 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01966.x Enhancement of abscisic acid sensitivity and reduction of water consumption in Arabidopsis by combined inactivation of the protein phosphatases type 2C ABI1 and HAB1.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.081018 A hypermorphic mutation in the protein phosphatase 2C HAB1 strongly affects ABA signaling in Arabidopsis.2006 · DOI: 10.1016/j.febslet.2006.07.047
`At1g17550`	脱落酸（ABA）信号通路的关键组成部分和抑制因子，调节多种ABA反应，如气孔关闭、种子萌发和营养生长抑制。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0583100`	可能的蛋白磷酸酶，可能在脱落酸（ABA）信号中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`Os05g0592800`	蛋白磷酸酶，作为脱落酸(ABA)信号的负调控因子。	ABA Regulates Subcellular Redistribution of OsABI-LIKE2, a Negative Regulator in ABA Signaling, to Control Root Architecture and Drought Resistance in Oryza sativa.2015 · DOI: 10.1093/pcp/pcv154
`Os05g0537400`	参与脱落酸(ABA)信号的蛋白磷酸酶。	Modulation of ABA Signaling by Altering VxGΦL Motif of PP2Cs in Oryza sativa.2017 · DOI: 10.1016/j.molp.2017.08.003

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032211 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

GO:1902531 regulation of intracellular signal transduction 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0004722 protein serine/threonine phosphatase activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17550

ath:AT1G72770

dosa:Os01g0583100

dosa:Os05g0537400

dosa:Os05g0592800

osa:4339797

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.494

排名 1 · LXL04_032211 · OH-1004

细胞质0.430

排名 2 · LXL04_032211 · OH-1004

细胞膜0.149

排名 3 · LXL04_032211 · OH-1004

内质网0.052

排名 4 · LXL04_032211 · OH-1004

溶酶体／液泡0.052

排名 5 · LXL04_032211 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00481.27PP2C157-439 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032211	`PF00481.27`	PP2C	157	439	9.6e-64	216.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CAJ0`	拟南芥	Protein phosphatase 2C 16	50.672%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LNP9`	拟南芥	Protein phosphatase 2C 7	50.772%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q0JLP9`	水稻	Probable protein phosphatase 2C 6	64.162%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6L4R7`	水稻	Protein phosphatase 2C 53	62.941%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6L5H6`	水稻	Protein phosphatase 2C 50	56.305%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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