LXL04_031920 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031920

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 13288163-13292989 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3318 bp · LXL04_031920|LXL04_031920|OH1004|cDNA

ATGGGTGAAGAGGTGTTTCCATGGTTGAAATCTCTGCCATTAGCACCAGAGTACCACCCAACCCTAGCCGAGTTTCAGGATCCTATTTCGTATATTTTCAAAATCGAAAAAGATGCTTCCAATTATGGAATCTGTAAAATCATCCCACCTGTCTCCACTTCTCCCAAAAAAACCATAACTGCGAACCTAAACCAGTCTCTGTCATCCCAAAGCCCTGATTCATCACCTACATTCACCACCAGGCAGCAGCAGATCGGTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3318 bp · LXL04_031920|LXL04_031920|OH1004|CDS

ATGGGTGAAGAGGTGTTTCCATGGTTGAAATCTCTGCCATTAGCACCAGAGTACCACCCAACCCTAGCCGAGTTTCAGGATCCTATTTCGTATATTTTCAAAATCGAAAAAGATGCTTCCAATTATGGAATCTGTAAAATCATCCCACCTGTCTCCACTTCTCCCAAAAAAACCATAACTGCGAACCTAAACCAGTCTCTGTCATCCCAAAGCCCTGATTCATCACCTACATTCACCACCAGGCAGCAGCAGATCGGTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1105 aa · LXL04_031920|LXL04_031920|OH1004|PROTEIN

MGEEVFPWLKSLPLAPEYHPTLAEFQDPISYIFKIEKDASNYGICKIIPPVSTSPKKTITANLNQSLSSQSPDSSPTFTTRQQQIGFCPRNHERPVQKSVWESGEYYTLPQFESKAKTFEKSYKKKRSNPTTALTALEVETLYWKAQMGKPFSIEYANDMPGTAFDQTVGENGGGKQGTKEINDVMTVEGSQWNMNVASRAKGSLLTFMKDELPGVNSPMVYISMLFSWFAWHVEDHDFHSLNYMHMGASKTWYGVPKDA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031920`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

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SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031920

位置 Chr07:13288163-13292989 (+)

描述 Similar to REF6: Lysine-specific demethylase REF6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g48430`	组蛋白去甲基化酶，去甲基化组蛋白 H3 的“赖氨酸-27”（H3K27me），从而作为基因表达的正调控因子。	Divergent roles of a pair of homologous jumonji/zinc-finger-class transcription factor proteins in the regulation of Arabidopsis flowering time.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025353 Modulation of brassinosteroid-regulated gene expression by Jumonji domain-containing proteins ELF6 and REF6 in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802254105 Arabidopsis REF6 is a histone H3 lysine 27 demethylase.2011 · DOI: 10.1038/ng.854 Nuclear factor Y-mediated H3K27me3 demethylation of the SOC1 locus orchestrates flowering responses of Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1038/ncomms5601 Concerted genomic targeting of H3K27 demethylase REF6 and chromatin-remodeling ATPase BRM in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1038/ng.3555 REF6 recognizes a specific DNA sequence to demethylate H3K27me3 and regulate organ boundary formation in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1038/ng.3556 An H3K27me3 demethylase-HSFA2 regulatory loop orchestrates transgenerational thermomemory in Arabidopsis.2019 · DOI: 10.1038/s41422-019-0145-8 DNA methylation repels targeting of Arabidopsis REF6.2019 · DOI: 10.1038/s41467-019-10026-1 Epigenetic silencing of a multifunctional plant stress regulator.2019 · DOI: 10.7554/elife.47835 Crystal structures of REF6 and its complex with DNA reveal diverse recognition mechanisms.2020 · DOI: 10.1038/s41421-020-0150-6 Dehydroabietinal promotes flowering time and plant defense in Arabidopsis via the autonomous pathway genes FLOWERING LOCUS D, FVE, and RELATIVE OF EARLY FLOWERING 6.2020 · DOI: 10.1093/jxb/eraa232 The H3K27me3 Demethylase RELATIVE OF EARLY FLOWERING6 Suppresses Seed Dormancy by Inducing Abscisic Acid Catabolism.2020 · DOI: 10.1104/pp.20.01255 A new role for histone demethylases in the maintenance of plant genome integrity.2020 · DOI: 10.7554/elife.58533
`At5g04240`	组蛋白去甲基酶，使组蛋白 H3 的“Lys-27” 去甲基化，从而充当基因表达的正调节因子。	Divergent roles of a pair of homologous jumonji/zinc-finger-class transcription factor proteins in the regulation of Arabidopsis flowering time.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.025353 Modulation of brassinosteroid-regulated gene expression by Jumonji domain-containing proteins ELF6 and REF6 in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0802254105 Repression of FLOWERING LOCUS T chromatin by functionally redundant histone H3 lysine 4 demethylases in Arabidopsis.2009 · DOI: 10.1371/journal.pone.0008033 Epigenetic reprogramming that prevents transgenerational inheritance of the vernalized state.2014 · DOI: 10.1038/nature13722 A new role for histone demethylases in the maintenance of plant genome integrity.2020 · DOI: 10.7554/elife.58533
`At5g46910`	组蛋白去甲基化酶，可将组蛋白 H3 的“Lys-27” 去甲基化，对 H3K27me3 具有特定活性，并参与基因表达的调节。	The Arabidopsis H3K27me3 demethylase JUMONJI 13 is a temperature and photoperiod dependent flowering repressor.2019 · DOI: 10.1038/s41467-019-09310-x

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0907400`	组蛋白去甲基化酶，去甲基化组蛋白H3的'Lys-27'（H3K27me），对H3K27me3和H3K27me2具有特异性活性。	Jumonji C domain protein JMJ705-mediated removal of histone H3 lysine 27 trimethylation is involved in defense-related gene activation in rice.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.118802
`Os03g0151300`	组蛋白去甲基化酶，可使组蛋白 H3 的“Lys-4” 去甲基化。	Se14, encoding a JmjC domain-containing protein, plays key roles in long-day suppression of rice flowering through the demethylation of H3K4me3 of RFT1.2014 · DOI: 10.1371/journal.pone.0096064

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031920 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009612 response to mechanical stimulus 生物过程

GO:0009627 systemic acquired resistance 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009741 response to brassinosteroid 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G48430

dosa:Os01g0907400

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.906

排名 1 · LXL04_031920 · OH-1004

细胞质0.130

排名 2 · LXL04_031920 · OH-1004

细胞膜0.036

排名 3 · LXL04_031920 · OH-1004

内质网0.021

排名 4 · LXL04_031920 · OH-1004

线粒体0.021

排名 5 · LXL04_031920 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02375.24JmjN16-49 aa

PF02373.29JmjC221-338 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031920	`PF02375.24`	JmjN	16	49	1.6e-13	50.9
LXL04_031920	`PF02373.29`	JmjC	221	338	1.6e-38	132.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STM3`	拟南芥	Lysine-specific demethylase REF6	46.968%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6BDA0`	拟南芥	Lysine-specific demethylase ELF6	35.766%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4KIX0`	拟南芥	Lysine-specific demethylase JMJ13	40.945%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5N712`	水稻	Lysine-specific demethylase JMJ705	48.298%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q10RP4`	水稻	Probable lysine-specific demethylase SE14	37.681%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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