LXL04_031915 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031915

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 13243525-13245187 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1104 bp · LXL04_031915|LXL04_031915|OH1004|cDNA

ATGAGCAAATTAATTTTAGTTTCACTTACATTACTTTGGTGTTTAGGGGTGGCTGTCCACGGATTCACATATGacgaaaaagaaattaaaacgGAGCAGGGTAAGTTGGCCATGTTCGAAAGGTGGAGGAGCCACCACAAGATGGAGAAAATAAGCGAGAAAGAAAAAACAGTACAATACAATAATTTCAAGGCCACCTTGGAACATGTTCACAATACAAACAAGGCGAATAAGTCATTTAAGTTAGAGATGAACCGGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1104 bp · LXL04_031915|LXL04_031915|OH1004|CDS

ATGAGCAAATTAATTTTAGTTTCACTTACATTACTTTGGTGTTTAGGGGTGGCTGTCCACGGATTCACATATGACGAAAAAGAAATTAAAACGGAGCAGGGTAAGTTGGCCATGTTCGAAAGGTGGAGGAGCCACCACAAGATGGAGAAAATAAGCGAGAAAGAAAAAACAGTACAATACAATAATTTCAAGGCCACCTTGGAACATGTTCACAATACAAACAAGGCGAATAAGTCATTTAAGTTAGAGATGAACCGGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

367 aa · LXL04_031915|LXL04_031915|OH1004|PROTEIN

MSKLILVSLTLLWCLGVAVHGFTYDEKEIKTEQGKLAMFERWRSHHKMEKISEKEKTVQYNNFKATLEHVHNTNKANKSFKLEMNRFAGMNKAEFKSKFTGLRAAPPRIRPGKKIAIDHGGPFRYANFTNIPPSIDWRALGAVTPVKNQDQCASCYSFAAVDAVEGMHFIRNKELIALSPKEIVDCAQYDPPMGCVGGFVTISFEYIEKNGGLTTEKNYPYKPQVDPCNVKKEHDIAVQVGGHEIAPMNDEALTKALANQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031915`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031915

位置 Chr07:13243525-13245187 (+)

描述 Similar to Vignain

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g50260`	具有体外蛋白酶活性。	KDEL-tailed cysteine endopeptidases involved in programmed cell death, intercalation of new cells, and dismantling of extensin scaffolds.2008 · DOI: 10.3732/ajb.2007404 Endoplasmic reticulum KDEL-tailed cysteine endopeptidase 1 of Arabidopsis (AtCEP1) is involved in pathogen defense.2014 · DOI: 10.3389/fpls.2014.00058 The cysteine protease CEP1, a key executor involved in tapetal programmed cell death, regulates pollen development in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127282
`At3g48340`	参与发育程序性细胞死亡的最后阶段和新细胞的插入。	KDEL-tailed cysteine endopeptidases involved in programmed cell death, intercalation of new cells, and dismantling of extensin scaffolds.2008 · DOI: 10.3732/ajb.2007404
`At3g48350`	参与发育程序性细胞死亡的最后阶段和新细胞的插入。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031915 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0010623 programmed cell death involved in cell development 生物过程

GO:0031667 response to nutrient levels 生物过程

GO:0048658 anther wall tapetum development 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0051603 proteolysis involved in protein catabolic process 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005615 extracellular space 细胞组分

GO:0005764 lysosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G48340

ath:AT3G48350

ath:AT5G50260

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.522

排名 1 · LXL04_031915 · OH-1004

细胞外0.255

排名 2 · LXL04_031915 · OH-1004

细胞质0.246

排名 3 · LXL04_031915 · OH-1004

内质网0.165

排名 4 · LXL04_031915 · OH-1004

细胞膜0.093

排名 5 · LXL04_031915 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08246.18Inhibitor_I2939-95 aa

PF00112.30Peptidase_C1131-345 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031915	`PF08246.18`	Inhibitor_I29	39	95	2.4e-09	38.1
LXL04_031915	`PF00112.30`	Peptidase_C1	131	345	2.1e-65	221.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGR9`	拟南芥	KDEL-tailed cysteine endopeptidase CEP1	43.944%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9STL4`	拟南芥	KDEL-tailed cysteine endopeptidase CEP2	44.875%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9STL5`	拟南芥	KDEL-tailed cysteine endopeptidase CEP3	44.068%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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