LXL04_031905 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031905

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 12949630-12954368 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3708 bp · LXL04_031905|LXL04_031905|OH1004|cDNA

ATGGACAAATTTGATCAAGAAATGAAGGAAATGAACGGCTCATCAGGCAAACCAGACAACGATGAGAAAGAGAAGGCGCCACGTGGATTATTACGGATGTTATTGGAACATGCAGACCGGAGTGACATGGTTCTAATGGCATCGGGGACATGTGGGTGCTTTGTAGATGGGCTAAGTGTGTCTGTGATGATGTTGGTTTTCAGTCATTTGATGAATGTTTATGCTTCGGTATCTACTTTGACATCCGCAGACGTTAATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

3708 bp · LXL04_031905|LXL04_031905|OH1004|CDS

ATGGACAAATTTGATCAAGAAATGAAGGAAATGAACGGCTCATCAGGCAAACCAGACAACGATGAGAAAGAGAAGGCGCCACGTGGATTATTACGGATGTTATTGGAACATGCAGACCGGAGTGACATGGTTCTAATGGCATCGGGGACATGTGGGTGCTTTGTAGATGGGCTAAGTGTGTCTGTGATGATGTTGGTTTTCAGTCATTTGATGAATGTTTATGCTTCGGTATCTACTTTGACATCCGCAGACGTTAATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1235 aa · LXL04_031905|LXL04_031905|OH1004|PROTEIN

MDKFDQEMKEMNGSSGKPDNDEKEKAPRGLLRMLLEHADRSDMVLMASGTCGCFVDGLSVSVMMLVFSHLMNVYASVSTLTSADVNQYALAFVYIAIVVGAGAFLEGFCWGRTAERQSSRIRTKYLKAILRQQVGYFDTTLEASRVTTSISTDMLNIHGVVSEKIPNFITNIWMFIAAEITGMYLCWRLAIVAVPAMFLLILPGSMYGKRLSTNEEKLQEAYAVAGGVAEQALSSIKTVHSYVGEDKMVKRFSTALGPTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031905`
TK1151 ID	TkA08G135340
OH-1004 ID	LXL04_031905
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 99.919 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031905

位置 Chr07:12949630-12954368 (+)

描述 Similar to Os02g0190300: Putative multidrug resistance protein

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g28380`	ABC转运蛋白B家族成员17。	暂无已核实直接文献
`At3g28345`	ABC 转运蛋白 B 家族成员 15。	暂无已核实直接文献
`At3g28390`	ABC转运蛋白B家族成员18。	暂无已核实直接文献
`At3g28415`	ABC转运蛋白B家族成员22。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0190300`	推测的多药耐药蛋白。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031905 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能

GO:0042626 ATPase-coupled transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0140359 ABC-type transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G28345

ath:AT3G28380

ath:AT3G28390

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.492

排名 1 · LXL04_031905 · OH-1004

溶酶体／液泡0.227

排名 2 · LXL04_031905 · OH-1004

内质网0.150

排名 3 · LXL04_031905 · OH-1004

细胞质0.126

排名 4 · LXL04_031905 · OH-1004

高尔基体0.071

排名 5 · LXL04_031905 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00664.29ABC_membrane54-306 aa

PF00005.34ABC_tran384-533 aa

PF02463.26SMC_N486-577 aa

PF00664.29ABC_membrane670-931 aa

PF00005.34ABC_tran1007-1156 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031905	`PF00664.29`	ABC_membrane	54	306	2.5e-89	300.3
LXL04_031905	`PF00005.34`	ABC_tran	384	533	9.5e-70	234.2
LXL04_031905	`PF02463.26`	SMC_N	486	577	9.7e-12	45.5
LXL04_031905	`PF00664.29`	ABC_membrane	670	931	2.5e-89	300.3
LXL04_031905	`PF00005.34`	ABC_tran	1007	1156	9.5e-70	234.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSJ6`	拟南芥	ABC transporter B family member 17	49.719%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LHD1`	拟南芥	ABC transporter B family member 15	50.692%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LSJ5`	拟南芥	ABC transporter B family member 18	49.511%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LSJ2`	拟南芥	ABC transporter B family member 22	48.214%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6YUU5`	水稻	Putative multidrug resistance protein	51.475%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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