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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_031795
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 11455667-11457694 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2028 bp · LXL04_031795|LXL04_031795|OH1004|cDNA

ATGTTACCATCGCTTGTCACCTCCCTAAAGGAATCAGCAACTCAAAACAAGTTATCGAAAGCATTCAACCTTTTCTCTCTCATCATACAACAAACCCATCATCACCATGCCTCTTCGTCTGATTTCTTGTTGCAGTCATTGGCTTCTCTTTTTGCATGCTGTTCGCAATTCAAAGCAATTTCCCAAGGTAAACAACTACATGCGTATTTGGTTTCTTCGGGGTTCGAAAAATCCCCTGTTCTGGTTCCAAAGTTAGTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2028 bp · LXL04_031795|LXL04_031795|OH1004|CDS

ATGTTACCATCGCTTGTCACCTCCCTAAAGGAATCAGCAACTCAAAACAAGTTATCGAAAGCATTCAACCTTTTCTCTCTCATCATACAACAAACCCATCATCACCATGCCTCTTCGTCTGATTTCTTGTTGCAGTCATTGGCTTCTCTTTTTGCATGCTGTTCGCAATTCAAAGCAATTTCCCAAGGTAAACAACTACATGCGTATTTGGTTTCTTCGGGGTTCGAAAAATCCCCTGTTCTGGTTCCAAAGTTAGTCAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

675 aa · LXL04_031795|LXL04_031795|OH1004|PROTEIN

MLPSLVTSLKESATQNKLSKAFNLFSLIIQQTHHHHASSSDFLLQSLASLFACCSQFKAISQGKQLHAYLVSSGFEKSPVLVPKLVTFYVDFNLFNDAYIITKSSKIRHPLPWNVLISGYVKAGLRKEGLSVYRKMVENGIIPDNFTYPSVLKACGEELDLGFGREVHESITNAGLEWNLFVHNALVFMYGKCGDLNIARKLFDQMPVTDEISWNSIISGYASHGIWSEAFDLFNQMQNQNVQVNIIIWNTITGGYLKTG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_031795
TK1151 IDTkA08G130590
OH-1004 IDLXL04_031795
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 97.653 / OH-1004 80.148
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_031795
位置Chr07:11455667-11457694 (-)
描述Similar to PCMP-E67: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71490
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g71490 含有五肽重复序列的蛋白At1g71490。 暂无已核实直接文献
At1g22830 含PPR（五肽重复）蛋白At1g22830。 暂无已核实直接文献
At5g16860 含五基重复蛋白 At5g16860。 暂无已核实直接文献
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At1g15510 调节叶绿体转录本 accD 的 RNA 编辑，对于叶绿体生物发生的早期阶段至关重要。
AtECB2, a pentatricopeptide repeat protein, is required for chloroplast transcript accD RNA editing and early chloroplast biogenesis in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03930.x
Editing of accD and ndhF chloroplast transcripts is partially affected in the Arabidopsis vanilla cream1 mutant.2010 · DOI: 10.1007/s11103-010-9616-5
A point mutation in the pentatricopeptide repeat motif of the AtECB2 protein causes delayed chloroplast development.2011 · DOI: 10.1111/j.1744-7909.2011.01030.x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031795 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G22830
ath:AT1G71490
ath:AT5G16860
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.631
排名 1 · LXL04_031795 · OH-1004
质体0.200
排名 2 · LXL04_031795 · OH-1004
细胞核0.051
排名 3 · LXL04_031795 · OH-1004
细胞质0.033
排名 4 · LXL04_031795 · OH-1004
过氧化物酶体0.005
排名 5 · LXL04_031795 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2113-155 aa
PF01535.27PPR113-141 aa
PF12854.14PPR_1175-206 aa
PF13041.13PPR_2210-246 aa
PF12854.14PPR_1210-238 aa
PF01535.27PPR212-241 aa
PF13041.13PPR_2345-390 aa
PF01535.27PPR347-377 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_031795PF13041.13PPR_21131555e-62206.5
LXL04_031795PF01535.27PPR1131418.6e-61198.8
LXL04_031795PF12854.14PPR_11752061e-33115.5
LXL04_031795PF13041.13PPR_22102465e-62206.5
LXL04_031795PF12854.14PPR_12102381e-33115.5
LXL04_031795PF01535.27PPR2122418.6e-61198.8
LXL04_031795PF13041.13PPR_23453905e-62206.5
LXL04_031795PF01535.27PPR3473778.6e-61198.8
LXL04_031795PF13041.13PPR_24464945e-62206.5
LXL04_031795PF13812.13PPR_34464939.7e-2793.6
LXL04_031795PF12854.14PPR_14474741e-33115.5
LXL04_031795PF01535.27PPR4494788.6e-61198.8
LXL04_031795PF20431.5E_motif5646252.9e-2073.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9C9I6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g7149055.030%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q4V389拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g2283050.855%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LFL5拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g1686035.569%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LN01拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic34.609%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9M9E2拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g15510, chloroplastic33.918%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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