LXL04_031731 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031731

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 10355757-10359185 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2072 bp · LXL04_031731|LXL04_031731|OH1004|cDNA

ATCTTTAAATTGTGTACTTTGAATAACCTATGCTAACTTCCTATGTTATTTCAGGTTTCACACATACTGCCTTCACATTAGGTTATGAGGCAGGCCTAAATAAAAGCACAATAGATGGAAACTTAGTTCCACCTGGCGCCCTTGTTACTTTCGTGCAGAAAGGAATTCAGTATCTTGAGCTAGAAGCCAACCTCACATGTACTGATTCGGACATCGATGAAGATTTCTCCTTCATACAACCAATCGATTTGATCACAAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

2043 bp · LXL04_031731|LXL04_031731|OH1004|CDS

ATGCTAACTTCCTATGTTATTTCAGGTTTCACACATACTGCCTTCACATTAGGTTATGAGGCAGGCCTAAATAAAAGCACAATAGATGGAAACTTAGTTCCACCTGGCGCCCTTGTTACTTTCGTGCAGAAAGGAATTCAGTATCTTGAGCTAGAAGCCAACCTCACATGTACTGATTCGGACATCGATGAAGATTTCTCCTTCATACAACCAATCGATTTGATCACAAAGGATGTTTATGAGCTACAAAAAATGATAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

680 aa · LXL04_031731|LXL04_031731|OH1004|PROTEIN

MLTSYVISGFTHTAFTLGYEAGLNKSTIDGNLVPPGALVTFVQKGIQYLELEANLTCTDSDIDEDFSFIQPIDLITKDVYELQKMIKEKKESVQKSKNREKNKEHEQEVSVREKEKEREKEHEQQEHVRERERERERHVKEKEKEQQERQHREREKKIEQEQHNIREKEKEKEKEKEKQQRERDREVEREKVERERDKGKHKEKKNEDIEEKIRVQVQQPEENMIEEGVEPMEIDTNSTAIPSVIPNSDVTILEGHTSEV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031731`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031731

位置 Chr07:10355757-10359185 (+)

描述 Similar to HOS15: WD40 repeat-containing protein HOS15

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g67320`	作为冷应激调节基因表达的阻遏物。	Involvement of Arabidopsis HOS15 in histone deacetylation and cold tolerance.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0801029105

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031731 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0002021 response to dietary excess 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006338 chromatin remodeling 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0010468 regulation of gene expression 生物过程

GO:0016042 lipid catabolic process 生物过程

GO:0035264 multicellular organism growth 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0043627 response to estrogen 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G67320

mmu:21372

mmu:81004

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.646

排名 1 · LXL04_031731 · OH-1004

细胞质0.321

排名 2 · LXL04_031731 · OH-1004

细胞膜0.057

排名 3 · LXL04_031731 · OH-1004

高尔基体0.038

排名 4 · LXL04_031731 · OH-1004

溶酶体／液泡0.037

排名 5 · LXL04_031731 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24817.2WD40_WDHD1_1st244-304 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st247-296 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR5248-300 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz248-288 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3249-302 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd249-345 aa

PF00400.39WD40250-284 aa

PF24814.2WD40_Prp19251-303 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031731	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	244	304	2.7e-48	165.4
LXL04_031731	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	247	296	5e-58	196.5
LXL04_031731	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	248	300	1.6e-72	245.0
LXL04_031731	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	248	288	7.3e-48	164.1
LXL04_031731	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	249	302	4.2e-62	210.3
LXL04_031731	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	249	345	7.1e-24	85.1
LXL04_031731	`PF00400.39`	WD40	250	284	3.7e-63	208.0
LXL04_031731	`PF24814.2`	WD40_Prp19	251	303	4e-51	174.5
LXL04_031731	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	251	390	1.2e-18	68.4
LXL04_031731	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	252	298	2.2e-64	218.2
LXL04_031731	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	252	358	3.3e-37	129.1
LXL04_031731	`PF25460.2`	Beta-prop_Aladin	283	392	3.4e-27	96.2
LXL04_031731	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	311	408	1.4e-30	107.3
LXL04_031731	`PF29037.1`	DSE1_N	312	389	8.2e-19	68.6
LXL04_031731	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	313	409	1.6e-72	245.0
LXL04_031731	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	313	422	5e-58	196.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FN19`	拟南芥	WD40 repeat-containing protein HOS15	61.589%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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