LXL04_031617 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031617

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 8511006-8516293 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2649 bp · LXL04_031617|LXL04_031617|OH1004|cDNA

ATGGCGAAATCGAGCGCCGATGATCTGGAGCTCCGGCGAGCTTGCGAAGCTGCAATTGAGGGCACCGACCAGAAGGTTGGTCTGTCGATCCGCGTCGCGAAAAGCCGTGGTGTTTGGGGTAAGGCAGGCAAAATAGGCAAAGGTCAGATGGCTAAGCCTAGGGTTCTTGCAATCTCCACAAAAGAAAAAGCTCAAGAGATTAAGGCTTTTCTCCATGTCTTAAAGTATTCAAATGGAGGAGTCCTTGAGCCTGCAAAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

2649 bp · LXL04_031617|LXL04_031617|OH1004|CDS

ATGGCGAAATCGAGCGCCGATGATCTGGAGCTCCGGCGAGCTTGCGAAGCTGCAATTGAGGGCACCGACCAGAAGGTTGGTCTGTCGATCCGCGTCGCGAAAAGCCGTGGTGTTTGGGGTAAGGCAGGCAAAATAGGCAAAGGTCAGATGGCTAAGCCTAGGGTTCTTGCAATCTCCACAAAAGAAAAAGCTCAAGAGATTAAGGCTTTTCTCCATGTCTTAAAGTATTCAAATGGAGGAGTCCTTGAGCCTGCAAAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

882 aa · LXL04_031617|LXL04_031617|OH1004|PROTEIN

MAKSSADDLELRRACEAAIEGTDQKVGLSIRVAKSRGVWGKAGKIGKGQMAKPRVLAISTKEKAQEIKAFLHVLKYSNGGVLEPAKLYKLKHLSKVEVLTNDPSGCTFMLGFDNLRSQSVAPPQWTMRNIDDRNRLLLYILNMCKDVLGRLPKVVGIDVVEMALWAKENTPVAPKKKNIEDGPTTDVVAESDMKVTVEKELVSQAEEEDMEALLGVYVMGIGEAEAFSERLKRELHALEAANVHAILESEPLVDEVLQGL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031617`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031617

位置 Chr07:8511006-8516293 (+)

描述 Similar to SEC3A: Exocyst complex component SEC3A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g47550`	胞吐复合体（exocyst）的组分，参与调控性或极性分泌过程中，胞吐囊泡与质膜融合位点的对接。	The Arabidopsis exocyst subunit SEC3A is essential for embryo development and accumulates in transient puncta at the plasma membrane.2013 · DOI: 10.1111/nph.12236
`At1g47560`	胞吐复合体（exocyst）的组分，参与调控性或极性分泌过程中，胞吐囊泡与质膜融合位点的对接。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031617 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0006887 exocytosis 生物过程

GO:0006893 Golgi to plasma membrane transport 生物过程

GO:0006904 vesicle docking involved in exocytosis 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016241 regulation of macroautophagy 生物过程

GO:0048868 pollen tube development 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0060321 acceptance of pollen 生物过程

GO:0090148 membrane fission 生物过程

GO:0090522 vesicle tethering involved in exocytosis 生物过程

GO:0000145 exocyst 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G47550

ath:AT1G47560

dme:Dmel_CG3885

hsa:55763

mmu:69940

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.605

排名 1 · LXL04_031617 · OH-1004

高尔基体0.262

排名 2 · LXL04_031617 · OH-1004

细胞膜0.184

排名 3 · LXL04_031617 · OH-1004

细胞核0.123

排名 4 · LXL04_031617 · OH-1004

溶酶体／液泡0.094

排名 5 · LXL04_031617 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15277.13Sec3-PIP2_bind50-145 aa

PF09763.16Sec3_CC224-345 aa

PF04129.19Vps52_CC257-393 aa

PF20654.4Sec3_C-term578-865 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031617	`PF15277.13`	Sec3-PIP2_bind	50	145	3.3e-14	53.4
LXL04_031617	`PF09763.16`	Sec3_CC	224	345	1.9e-27	96.4
LXL04_031617	`PF04129.19`	Vps52_CC	257	393	2e-08	34.9
LXL04_031617	`PF20654.4`	Sec3_C-term	578	865	3.4e-29	102.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SX85`	拟南芥	Exocyst complex component SEC3A	82.623%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SX86`	拟南芥	Exocyst complex component SEC3B	80.157%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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