LXL04_031520 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031520

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 7045680-7055544 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2928 bp · LXL04_031520|LXL04_031520|OH1004|cDNA

ATGGCTGAATCCTACGTCGATTATTTCATCGGTACCAAGGGACTTATTAAAGTCGAATTCGTCAGACTGATTCTCGAGTCATTACATACTCTTGGGTATAAAAAAAGTGTCGAATATCTCGAGGAAGAATCAGGCATTGCTCTTTCATCGTCTGAAGTTAAAGAATTCACCCAACATATTCTCAATGGTAATTGGGAAGAAAGCTTGAATTCACTGAAAAAAATACCCGCCATCGACGAATCTGCTGTTAAATCGTCGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2928 bp · LXL04_031520|LXL04_031520|OH1004|CDS

ATGGCTGAATCCTACGTCGATTATTTCATCGGTACCAAGGGACTTATTAAAGTCGAATTCGTCAGACTGATTCTCGAGTCATTACATACTCTTGGGTATAAAAAAAGTGTCGAATATCTCGAGGAAGAATCAGGCATTGCTCTTTCATCGTCTGAAGTTAAAGAATTCACCCAACATATTCTCAATGGTAATTGGGAAGAAAGCTTGAATTCACTGAAAAAAATACCCGCCATCGACGAATCTGCTGTTAAATCGTCGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

975 aa · LXL04_031520|LXL04_031520|OH1004|PROTEIN

MAESYVDYFIGTKGLIKVEFVRLILESLHTLGYKKSVEYLEEESGIALSSSEVKEFTQHILNGNWEESLNSLKKIPAIDESAVKSSSFIILEQKFFDLLNEDDVEKALRTLRKDISSLSINENQVRELSSFLLLSNQRPMNPKPRSEVLRDLKKLFPPKVMIPELRLLHLIHQALDYQHDSCPFHNSVHEDISLLIDHTCGKGLIPSHTSQILRHHYDEVWFLEFSHNGRFLATSSKDRYAYTWQVSLSGSVQFKHQLSG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031520`
TK1151 ID	TkA08G111230
OH-1004 ID	LXL04_031520
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	94.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.592 / OH-1004 30.359 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031520

位置 Chr07:7045680-7055544 (-)

描述 Similar to WDR26: WD repeat-containing protein 26 homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g08560`	作为参与光、激素和非生物胁迫反应之间串扰调节的成分。	An Arabidopsis WDR protein coordinates cellular networks involved in light, stress response and hormone signals.2015 · DOI: 10.1016/j.plantsci.2015.09.024
`At5g43920`	含 WD 重复的 WDS 同源蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031520 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

GO:0009723 response to ethylene 生物过程

GO:0009733 response to auxin 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G08560

ath:AT5G43920

mmu:226757

xtr:733878

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.534

排名 1 · LXL04_031520 · OH-1004

细胞核0.447

排名 2 · LXL04_031520 · OH-1004

细胞膜0.079

排名 3 · LXL04_031520 · OH-1004

溶酶体／液泡0.051

排名 4 · LXL04_031520 · OH-1004

高尔基体0.041

排名 5 · LXL04_031520 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23627.3LisH_WDR2610-50 aa

PF21889.2TPR1-like_2nd53-140 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz208-296 aa

PF25460.2Beta-prop_Aladin208-291 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd210-294 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st211-417 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st211-369 aa

PF00400.39WD40211-244 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031520	`PF23627.3`	LisH_WDR26	10	50	7.2e-14	51.6
LXL04_031520	`PF21889.2`	TPR1-like_2nd	53	140	2.5e-06	28.5
LXL04_031520	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	208	296	2.2e-30	106.7
LXL04_031520	`PF25460.2`	Beta-prop_Aladin	208	291	1.3e-14	54.8
LXL04_031520	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	210	294	1.4e-19	71.0
LXL04_031520	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	211	417	5.7e-45	154.5
LXL04_031520	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	211	369	8.2e-37	127.4
LXL04_031520	`PF00400.39`	WD40	211	244	1.1e-36	124.3
LXL04_031520	`PF24814.2`	WD40_Prp19	211	337	3.3e-28	99.3
LXL04_031520	`PF23393.3`	Beta-prop_WDR90_POC16_2nd	211	281	6e-15	56.0
LXL04_031520	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	211	375	1.4e-12	48.5
LXL04_031520	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	213	503	1.5e-51	176.2
LXL04_031520	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	214	277	5.7e-22	79.1
LXL04_031520	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	214	380	3.6e-15	56.5
LXL04_031520	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	215	282	4.3e-24	85.9
LXL04_031520	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	216	419	5.7e-45	154.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNN2`	拟南芥	WD repeat-containing protein 26 homolog	49.802%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FND4`	拟南芥	WD repeat-containing protein WDS homolog	40.237%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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