LXL04_031423 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031423

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 5747028-5752515 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4440 bp · LXL04_031423|LXL04_031423|OH1004|cDNA

ATGAGGCGCAATTTGCTTACAAAACATGTAGCTGCTGTTGTGAAATACCAAAAAGACCCAATTAGAGCCCTAGAAATGTTCAATTCTGCGAAAAAAGAAGACGGGTTTAAGCATAATCTGGTAACTTACAAGTGTATGATTGAAAACCTCGGTAGTCATGGCAAGTTTGAAGCAATGGAAGGTGTGTTTGCAGAGATGAGGGCGGATATTGATAGTTGTTTATCAGAAGGAGCTTATGTATCCGCCATGAAAAGCTACGG...

CDS

下载 CDS FASTA

4440 bp · LXL04_031423|LXL04_031423|OH1004|CDS

ATGAGGCGCAATTTGCTTACAAAACATGTAGCTGCTGTTGTGAAATACCAAAAAGACCCAATTAGAGCCCTAGAAATGTTCAATTCTGCGAAAAAAGAAGACGGGTTTAAGCATAATCTGGTAACTTACAAGTGTATGATTGAAAACCTCGGTAGTCATGGCAAGTTTGAAGCAATGGAAGGTGTGTTTGCAGAGATGAGGGCGGATATTGATAGTTGTTTATCAGAAGGAGCTTATGTATCCGCCATGAAAAGCTACGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1479 aa · LXL04_031423|LXL04_031423|OH1004|PROTEIN

MRRNLLTKHVAAVVKYQKDPIRALEMFNSAKKEDGFKHNLVTYKCMIENLGSHGKFEAMEGVFAEMRADIDSCLSEGAYVSAMKSYGRKGKVQEAVNVFERMDFYNCEPGVHSYNAIMNILVEYGYFDQAHKVYMRMKDKGIVPDVYTFTIRIKSFCRTKRSVAALRLLKNMPASGCELNAVTYCTVISGFYEENNQPEAYQLFDEMLKRSIFPDIVTFNKLIHILCKKGDVQESERLFNKVLKRGISPNVFTFNVFIQG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031423`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031423

位置 Chr07:5747028-5752515 (+)

描述 Similar to At1g74580: Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74580

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g74580`	推定含五复肽重复的蛋白 At1g74580。	暂无已核实直接文献
`At1g74600`	含五复肽重复的叶绿体蛋白 At1g74600。	暂无已核实直接文献
`At4g13650`	含五重复肽基序蛋白 At4g13650。	暂无已核实直接文献
`At4g39530`	含五聚肽重复序列的蛋白At4g39530。	暂无已核实直接文献
`At2g27610`	含五聚蛋白重复序列蛋白 At2g27610。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031423 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74580

ath:AT1G74600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.746

排名 1 · LXL04_031423 · OH-1004

质体0.142

排名 2 · LXL04_031423 · OH-1004

细胞核0.050

排名 3 · LXL04_031423 · OH-1004

细胞质0.030

排名 4 · LXL04_031423 · OH-1004

细胞膜0.008

排名 5 · LXL04_031423 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long17-144 aa

PF13041.13PPR_279-119 aa

PF13812.13PPR_380-122 aa

PF13041.13PPR_2109-158 aa

PF29070.1MSC6_N114-197 aa

PF23276.3TPR_24125-241 aa

PF12854.14PPR_1140-172 aa

PF17177.11PPR_long149-281 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031423	`PF17177.11`	PPR_long	17	144	5.4e-39	134.5
LXL04_031423	`PF13041.13`	PPR_2	79	119	8.9e-201	650.8
LXL04_031423	`PF13812.13`	PPR_3	80	122	1.2e-84	279.1
LXL04_031423	`PF13041.13`	PPR_2	109	158	8.9e-201	650.8
LXL04_031423	`PF29070.1`	MSC6_N	114	197	1.9e-46	159.6
LXL04_031423	`PF23276.3`	TPR_24	125	241	1.4e-45	155.2
LXL04_031423	`PF12854.14`	PPR_1	140	172	1e-183	595.4
LXL04_031423	`PF17177.11`	PPR_long	149	281	5.4e-39	134.5
LXL04_031423	`PF13041.13`	PPR_2	153	191	8.9e-201	650.8
LXL04_031423	`PF13812.13`	PPR_3	167	225	1.2e-84	279.1
LXL04_031423	`PF12854.14`	PPR_1	176	207	1e-183	595.4
LXL04_031423	`PF29070.1`	MSC6_N	178	275	1.9e-46	159.6
LXL04_031423	`PF13041.13`	PPR_2	182	220	8.9e-201	650.8
LXL04_031423	`PF13812.13`	PPR_3	203	259	1.2e-84	279.1
LXL04_031423	`PF12854.14`	PPR_1	211	241	1e-183	595.4
LXL04_031423	`PF13041.13`	PPR_2	214	263	8.9e-201	650.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9CA58`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74580	56.192%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CA56`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74600, chloroplastic	44.618%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SVP7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g13650	32.436%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SVA5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g39530	32.222%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZUW3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g27610	31.773%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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