LXL04_031397 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031397

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 5388527-5395212 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5514 bp · LXL04_031397|LXL04_031397|OH1004|cDNA

ATGGATATACGGTTCCCTCACTCTCCAGCAGAAGTTGCAAAAGTCCGGCTGGTTCAGTTCGGCATCCTCAGTCCTGATGAAATTAGACAAATGTCTGTCGTGCATATAGAGCATGGCGAAACGACAGAAAGGGGGAAGCCAAAGGTAGCTGGACTTAGTGACCCAAGGCTTGGGACAATCGATAGGAAGATGAAATGCGAGACATGTATGGCAAATATGGCCGAGTGCCCTGGTCATTTTGGGCATCTCGAGCTTGCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

5514 bp · LXL04_031397|LXL04_031397|OH1004|CDS

ATGGATATACGGTTCCCTCACTCTCCAGCAGAAGTTGCAAAAGTCCGGCTGGTTCAGTTCGGCATCCTCAGTCCTGATGAAATTAGACAAATGTCTGTCGTGCATATAGAGCATGGCGAAACGACAGAAAGGGGGAAGCCAAAGGTAGCTGGACTTAGTGACCCAAGGCTTGGGACAATCGATAGGAAGATGAAATGCGAGACATGTATGGCAAATATGGCCGAGTGCCCTGGTCATTTTGGGCATCTCGAGCTTGCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1837 aa · LXL04_031397|LXL04_031397|OH1004|PROTEIN

MDIRFPHSPAEVAKVRLVQFGILSPDEIRQMSVVHIEHGETTERGKPKVAGLSDPRLGTIDRKMKCETCMANMAECPGHFGHLELAKPMFHIGFMKTVLSIMRCVCFNCSKILADEEDHKFKQAQKIRNPKNRLKKILDACKSKTKCDGGDEIDSQNQDTDEPVKKSRGGCGAQQPKITIEGMKMVAEYKLQKKKSDDSEQLPEPAERKQQLSAEKVLSVLKRVSDEDCLLLGLNPKYARPDWMILQVLPIPPPPVRPSV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031397`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031397

位置 Chr07:5388527-5395212 (+)

描述 Similar to NRPB1: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35800`	DNA 依赖性 RNA 聚合酶使用四种核糖核苷三磷酸作为底物催化 DNA 转录为 RNA。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031397 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0006369 termination of RNA polymerase II transcription 生物过程

GO:0042789 mRNA transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0000791 euchromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005665 RNA polymerase II, core complex 细胞组分

GO:0005700 polytene chromosome 细胞组分

GO:0005703 polytene chromosome puff 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G35800

bta:282312

ddi:DDB_G0279193

dme:Dmel_CG1554

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.862

排名 1 · LXL04_031397 · OH-1004

细胞质0.193

排名 2 · LXL04_031397 · OH-1004

细胞膜0.033

排名 3 · LXL04_031397 · OH-1004

内质网0.027

排名 4 · LXL04_031397 · OH-1004

线粒体0.015

排名 5 · LXL04_031397 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04997.18RNA_pol_Rpb1_114-269 aa

PF04997.18RNA_pol_Rpb1_1294-375 aa

PF00623.26RNA_pol_Rpb1_2377-551 aa

PF04983.24RNA_pol_Rpb1_3554-718 aa

PF05000.23RNA_pol_Rpb1_4745-849 aa

PF04998.23RNA_pol_Rpb1_5856-1446 aa

PF04992.20RNA_pol_Rpb1_6922-1106 aa

PF04990.18RNA_pol_Rpb1_71191-1325 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031397	`PF04997.18`	RNA_pol_Rpb1_1	14	269	2.2e-108	363.0
LXL04_031397	`PF04997.18`	RNA_pol_Rpb1_1	294	375	2.2e-108	363.0
LXL04_031397	`PF00623.26`	RNA_pol_Rpb1_2	377	551	3.4e-70	236.3
LXL04_031397	`PF04983.24`	RNA_pol_Rpb1_3	554	718	4.9e-52	176.8
LXL04_031397	`PF05000.23`	RNA_pol_Rpb1_4	745	849	9e-39	132.4
LXL04_031397	`PF04998.23`	RNA_pol_Rpb1_5	856	1446	3.7e-103	345.3
LXL04_031397	`PF04992.20`	RNA_pol_Rpb1_6	922	1106	2.6e-68	230.3
LXL04_031397	`PF04990.18`	RNA_pol_Rpb1_7	1191	1325	1.2e-53	181.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P18616`	拟南芥	DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1	80.130%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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