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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_031331
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 4655485-4657068 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1584 bp · LXL04_031331|LXL04_031331|OH1004|cDNA

ATGGTCACTACATCAGATTTCTGCCAAAGGGTCAATCAACCAAACCCATCATCTATCTTGTATTCATCCATTAGAGATCACGTCTCCAATGGTACACCCAAAGAAGCCCTTTTAATTTACACCCAAAATCGTCGAAACCCACTTAATCTACTGAGTCTACTCCCTTTGGTTTTTAAAGCTTGTGCATTTCTTTCCCTCACTAACTATGGAAAGTCGCTTCATTCCGAATCAATCAAAGCTGGACTGCAATCTGATGTAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1584 bp · LXL04_031331|LXL04_031331|OH1004|CDS

ATGGTCACTACATCAGATTTCTGCCAAAGGGTCAATCAACCAAACCCATCATCTATCTTGTATTCATCCATTAGAGATCACGTCTCCAATGGTACACCCAAAGAAGCCCTTTTAATTTACACCCAAAATCGTCGAAACCCACTTAATCTACTGAGTCTACTCCCTTTGGTTTTTAAAGCTTGTGCATTTCTTTCCCTCACTAACTATGGAAAGTCGCTTCATTCCGAATCAATCAAAGCTGGACTGCAATCTGATGTAGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

527 aa · LXL04_031331|LXL04_031331|OH1004|PROTEIN

MVTTSDFCQRVNQPNPSSILYSSIRDHVSNGTPKEALLIYTQNRRNPLNLLSLLPLVFKACAFLSLTNYGKSLHSESIKAGLQSDVVVGTSIVNMYGKCCNIMDARKVFDEMPVKNVVTWNAMISGYMRNRATQHALHIFNKMSDRTAVSWIEMIDGFAKIGDIVMARCFFNRVPSTLKNVITWTVMVDGYASNGDMKGAKDVFDAMPERNFYVWSSMISGYFKNGDVESGETIFNRIPIRNLVNWNSLISGYSQNGLCE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_031331
TK1151 IDTkA08G101750
OH-1004 IDLXL04_031331
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)79.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_031331
位置Chr07:4655485-4657068 (-)
描述Similar to PCMP-E29: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g21470
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g21470 含五重复肽的蛋白 At3g21470。 暂无已核实直接文献
At3g29230 含五聚肽重复的蛋白 At3g29230。 暂无已核实直接文献
At2g29760 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At2g45350 在叶绿体 RNA 编辑中发挥重要作用。
A pentatricopeptide repeat protein is a site recognition factor in chloroplast RNA editing.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m608184200
Two interacting proteins are necessary for the editing of the NdhD-1 site in Arabidopsis plastids.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.099507
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031331 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程
GO:0005773 vacuole 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G45350
ath:AT3G21470
ath:AT3G29230
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.610
排名 1 · LXL04_031331 · OH-1004
质体0.193
排名 2 · LXL04_031331 · OH-1004
细胞核0.059
排名 3 · LXL04_031331 · OH-1004
细胞质0.032
排名 4 · LXL04_031331 · OH-1004
细胞膜0.005
排名 5 · LXL04_031331 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2115-146 aa
PF01535.27PPR118-145 aa
PF13041.13PPR_2179-212 aa
PF12854.14PPR_1180-207 aa
PF01535.27PPR182-212 aa
PF01535.27PPR214-238 aa
PF13041.13PPR_2242-289 aa
PF12854.14PPR_1242-270 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_031331PF13041.13PPR_21151461.1e-58195.8
LXL04_031331PF01535.27PPR1181451.5e-70229.4
LXL04_031331PF13041.13PPR_21792121.1e-58195.8
LXL04_031331PF12854.14PPR_11802072.5e-45152.6
LXL04_031331PF01535.27PPR1822121.5e-70229.4
LXL04_031331PF01535.27PPR2142381.5e-70229.4
LXL04_031331PF13041.13PPR_22422891.1e-58195.8
LXL04_031331PF12854.14PPR_12422702.5e-45152.6
LXL04_031331PF01535.27PPR2452741.5e-70229.4
LXL04_031331PF13041.13PPR_23453931.1e-58195.8
LXL04_031331PF01535.27PPR3483761.5e-70229.4
LXL04_031331PF13812.13PPR_33493911.4e-2899.5
LXL04_031331PF17177.11PPR_long3494591.5e-0938.3
LXL04_031331PF01535.27PPR3824121.5e-70229.4
LXL04_031331PF12854.14PPR_14124422.5e-45152.6
LXL04_031331PF20431.5E_motif4615228.4e-0626.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LVF9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2147048.915%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LS72拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2923035.701%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O82380拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g29760, chloroplastic34.095%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O22137拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g45350, chloroplastic36.220%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SIT7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360039.875%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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