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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_031329
当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 4629822-4632782 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2961 bp · LXL04_031329|LXL04_031329|OH1004|cDNA

ATGCCAAATTTCCTCCTCCAAGAAGAGTCATACACCCGTCTTCTAAGAATATGTCTGCACAACTGCAAACAAATTCAATCCCGCAAGCTGTTCGATGAATTGCCTCAAAGACTCCAACACGCATCCAAATCTGTCGACATCATCCACTCCCAAAGTATAATACTCGGATTTGATTCACATGGGGAACTCGGGAATGCCATTGTCAACTTACATTCAAAATGCAGCAACATTTCCTTTGCTCAAAAAGCTTTCGATCAGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2961 bp · LXL04_031329|LXL04_031329|OH1004|CDS

ATGCCAAATTTCCTCCTCCAAGAAGAGTCATACACCCGTCTTCTAAGAATATGTCTGCACAACTGCAAACAAATTCAATCCCGCAAGCTGTTCGATGAATTGCCTCAAAGACTCCAACACGCATCCAAATCTGTCGACATCATCCACTCCCAAAGTATAATACTCGGATTTGATTCACATGGGGAACTCGGGAATGCCATTGTCAACTTACATTCAAAATGCAGCAACATTTCCTTTGCTCAAAAAGCTTTCGATCAGTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

986 aa · LXL04_031329|LXL04_031329|OH1004|PROTEIN

MPNFLLQEESYTRLLRICLHNCKQIQSRKLFDELPQRLQHASKSVDIIHSQSIILGFDSHGELGNAIVNLHSKCSNISFAQKAFDQLKQKDTLSWNPILSMYSKQGMLEKVKQLFCDMQISGVYPNQFTYAIVLSVCGKSTDIMFGKTVHGHVIKTGFMSESFCEGSLIDMYAKCFLVDDACDIFNDCLYPDTVSWTSMIAGYAQSGFIKKALKLFKDMMKKGHIPDQVAFGTVISACVESGLLDDARQLFDKMPSPNIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_031329
TK1151 IDTkA08G101670
OH-1004 IDLXL04_031329
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 16.126
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_031329
位置Chr07:4629822-4632782 (+)
描述Similar to PCMP-E88: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g09040, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g09040 含五肽重复序列的蛋白 At3g09040，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g13650 含五重复肽基序蛋白 At4g13650。 暂无已核实直接文献
At3g02330 参与线粒体 RNA 的 C 到 U 编辑。
MEF13 Requires MORF3 and MORF8 for RNA Editing at Eight Targets in Mitochondrial mRNAs in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.1016/j.molp.2015.05.008
At2g33680 含五肽重复序列的蛋白 At2g33680。 暂无已核实直接文献
At2g27610 含五聚蛋白重复序列蛋白 At2g27610。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031329 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0060090 molecular adaptor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G02330
ath:AT3G09040
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.604
排名 1 · LXL04_031329 · OH-1004
质体0.264
排名 2 · LXL04_031329 · OH-1004
细胞核0.045
排名 3 · LXL04_031329 · OH-1004
细胞质0.033
排名 4 · LXL04_031329 · OH-1004
细胞膜0.006
排名 5 · LXL04_031329 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_291-138 aa
PF01535.27PPR94-123 aa
PF12854.14PPR_1188-219 aa
PF13041.13PPR_2191-238 aa
PF01535.27PPR194-223 aa
PF23276.3TPR_24196-285 aa
PF12854.14PPR_1222-254 aa
PF01535.27PPR229-255 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_031329PF13041.13PPR_2911389.8e-104340.1
LXL04_031329PF01535.27PPR941235.4e-88284.0
LXL04_031329PF12854.14PPR_11882191.4e-45153.4
LXL04_031329PF13041.13PPR_21912389.8e-104340.1
LXL04_031329PF01535.27PPR1942235.4e-88284.0
LXL04_031329PF23276.3TPR_241962855.1e-2278.9
LXL04_031329PF12854.14PPR_12222541.4e-45153.4
LXL04_031329PF01535.27PPR2292555.4e-88284.0
LXL04_031329PF13041.13PPR_22573049.8e-104340.1
LXL04_031329PF01535.27PPR2602895.4e-88284.0
LXL04_031329PF13041.13PPR_23584049.8e-104340.1
LXL04_031329PF01535.27PPR3613915.4e-88284.0
LXL04_031329PF13041.13PPR_24605089.8e-104340.1
LXL04_031329PF13041.13PPR_26587059.8e-104340.1
LXL04_031329PF17177.11PPR_long6778142.9e-2176.5
LXL04_031329PF13041.13PPR_27598079.8e-104340.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SS83拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g09040, mitochondrial50.713%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SVP7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1365031.194%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FWA6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g02330, mitochondrial30.995%Swiss-Prot中等数据库同源证据
P93005拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g3368036.391%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9ZUW3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2761033.642%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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