基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_031323
当前版本: OH-1004
染色体: Chr07
坐标: 4520912-4524966
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA2604 bp · LXL04_031323|LXL04_031323|OH1004|cDNA
ATGGTTCCTCCAGGGCCACCCACTCCACTTGCTGGTTCGCAATCTGTTCCATCTTCCTTGTTGCGATCAAATTCCGGTTTATTGGGTGGTCAAGGGGGCGGCTCTATGCCTTCTCAATCCGGCTTTCCTTCCCTTGTTTCACCTCGTACTCAGTTTAACAACATGAACATGCTTGGAAACGTGCCAAATGTATCTTCCCTCCTTCATCAATCTTACGGTAATGGCGGAGGCCCAAGTTCCGGAAATACCCTCAGGGGTAT...
CDS
下载 CDS FASTA2604 bp · LXL04_031323|LXL04_031323|OH1004|CDS
ATGGTTCCTCCAGGGCCACCCACTCCACTTGCTGGTTCGCAATCTGTTCCATCTTCCTTGTTGCGATCAAATTCCGGTTTATTGGGTGGTCAAGGGGGCGGCTCTATGCCTTCTCAATCCGGCTTTCCTTCCCTTGTTTCACCTCGTACTCAGTTTAACAACATGAACATGCTTGGAAACGTGCCAAATGTATCTTCCCTCCTTCATCAATCTTACGGTAATGGCGGAGGCCCAAGTTCCGGAAATACCCTCAGGGGTAT...
867 aa · LXL04_031323|LXL04_031323|OH1004|PROTEIN
MVPPGPPTPLAGSQSVPSSLLRSNSGLLGGQGGGSMPSQSGFPSLVSPRTQFNNMNMLGNVPNVSSLLHQSYGNGGGPSSGNTLRGIIDNGADSDLLSNIGNGMGNFNTPSSSLGPSNMINSNTPNQGQNQGQHFQNSSGNQILPDQQQNQPSNMRQAQQYGLPNNNHQQQQQYQTSQGGLGGQVKIEPQMANDQHGHGQSQGQNQGQNPQQMQALRNLGPVKMESQQVQTMRNLPPVKMEPQHSDQSLFLHQQQQQQQQ...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_031323 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_031323 | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr07:4520912-4524966 (-) | |||||||||||||||
| 描述 | Similar to SEU: Transcriptional corepressor SEUSS | |||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | |||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0001666 response to hypoxia 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程 GO:0009617 response to bacterium 生物过程 GO:0009620 response to fungus 生物过程 GO:0009624 response to nematode 生物过程 GO:0009733 response to auxin 生物过程 GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程 GO:0009908 flower development 生物过程 GO:0009909 regulation of flower development 生物过程 | |||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G43850 ath:AT4G25515 ath:AT4G25520 ath:AT5G62090 mgr:MGG_01057 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.973
细胞质0.093
细胞膜0.023
内质网0.013
质体0.008
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF01803.22LIM_bind346-600 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_031323 | PF01803.22 | LIM_bind | 346 | 600 | 2.3e-69 | 234.3 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q8W234 | 拟南芥 | Transcriptional corepressor SEUSS | 55.065% | Swiss-Prot | 强数据库同源证据 |
Q94BP0 | 拟南芥 | Probable transcriptional regulator SLK2 | 56.934% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q0WVM7 | 拟南芥 | Probable transcriptional regulator SLK1 | 52.921% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
F4JT98 | 拟南芥 | Probable transcriptional regulator SLK3 | 44.737% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |