LXL04_031322 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031322

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 4514424-4517410 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1139 bp · LXL04_031322|LXL04_031322|OH1004|cDNA

ATGGCGATGGAGAAGTGTTTCCAAATGGCTACTCCCAGAGCTTGCGTTCTACAACACTCTCAGCGTTTGTTTGCAACTTCCAAGGATAAACCCTCCTTCACCAACATGTTGAAGCCTCCGATGAAAGCTTCCTCCTTGTCGACTTCCCTTTCGTTCAACCGCAGGTCCCTCATTGTCTGCAAAGCTGCTGTAAATCAAGTTCAAGTGGTAACAGACGTGACTTGGAGCGAATTGGTGGAAGGAGCAGAAATGCCGGTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1098 bp · LXL04_031322|LXL04_031322|OH1004|CDS

ATGGCGATGGAGAAGTGTTTCCAAATGGCTACTCCCAGAGCTTGCGTTCTACAACACTCTCAGCGTTTGTTTGCAACTTCCAAGGATAAACCCTCCTTCACCAACATGTTGAAGCCTCCGATGAAAGCTTCCTCCTTGTCGACTTCCCTTTCGTTCAACCGCAGGTCCCTCATTGTCTGCAAAGCTGCTGTAAATCAAGTTCAAGTGGTAACAGACGTGACTTGGAGCGAATTGGTGGAAGGAGCAGAAATGCCGGTGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

365 aa · LXL04_031322|LXL04_031322|OH1004|PROTEIN

MAMEKCFQMATPRACVLQHSQRLFATSKDKPSFTNMLKPPMKASSLSTSLSFNRRSLIVCKAAVNQVQVVTDVTWSELVEGAEMPVLVDFWAPWCGPCRMIAPVVDEIAKEYAGKALCYKINTDDCPNIASKYGIRSIPTVLFFKNGEKKESVIGAVPKSTLCATLDKTYERGTTKSFAIPILIHRLDFTNLNGTAMATEKCFQMGAPRPTILRHPHRCFTSMNNDNPCFIHILKPPIKFSTITSPSPNCRSRSPVVCKS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031322`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031322

位置 Chr07:4514424-4517410 (+)

描述 Similar to Thioredoxin M-type, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0188700`	硫醇二硫化物氧化还原酶可能参与叶绿体酶的氧化还原调节。	Abnormal chloroplast development and growth inhibition in rice thioredoxin m knock-down plants.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.123547

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031322 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0008047 enzyme activator activity 分子功能

GO:0015035 protein-disulfide reductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用暂无功能描述

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.979

排名 1 · LXL04_031322 · OH-1004

线粒体0.034

排名 2 · LXL04_031322 · OH-1004

细胞质0.018

排名 3 · LXL04_031322 · OH-1004

细胞核0.014

排名 4 · LXL04_031322 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_031322 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00085.27Thioredoxin67-167 aa

PF13098.14Thioredoxin_279-168 aa

PF14595.13Thioredoxin_991-160 aa

PF00085.27Thioredoxin265-361 aa

PF13098.14Thioredoxin_2310-363 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031322	`PF00085.27`	Thioredoxin	67	167	6.8e-51	171.3
LXL04_031322	`PF13098.14`	Thioredoxin_2	79	168	1.6e-16	61.4
LXL04_031322	`PF14595.13`	Thioredoxin_9	91	160	2.7e-07	31.3
LXL04_031322	`PF00085.27`	Thioredoxin	265	361	6.8e-51	171.3
LXL04_031322	`PF13098.14`	Thioredoxin_2	310	363	1.6e-16	61.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZP20`	水稻	Thioredoxin M5, chloroplastic	50.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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