LXL04_031123 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031123

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 895707-898827 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

981 bp · LXL04_031123|LXL04_031123|OH1004|cDNA

ATGGATCCGAATCAGCCATCTAAACAAACGGCGAAGCCGGAAGATTCTCACTCCACCGACTACGCTCCTTATCCTAAGATTGACCCAACCGACGTGGCTCCTCCGCCGGCTGCGCCTACCGGTGAGAATTGGACCTCAGTTCCTGTTGGTTCTCAACCACAAGCACCGCCGCCGCCTGCTGTTGGACAACCGATGTATACAGCTGCTGCAAGGTCATCGGATGATCCGCCGCAAGGTTCAAACGCTGTACCTGGTGGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

981 bp · LXL04_031123|LXL04_031123|OH1004|CDS

ATGGATCCGAATCAGCCATCTAAACAAACGGCGAAGCCGGAAGATTCTCACTCCACCGACTACGCTCCTTATCCTAAGATTGACCCAACCGACGTGGCTCCTCCGCCGGCTGCGCCTACCGGTGAGAATTGGACCTCAGTTCCTGTTGGTTCTCAACCACAAGCACCGCCGCCGCCTGCTGTTGGACAACCGATGTATACAGCTGCTGCAAGGTCATCGGATGATCCGCCGCAAGGTTCAAACGCTGTACCTGGTGGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

326 aa · LXL04_031123|LXL04_031123|OH1004|PROTEIN

MDPNQPSKQTAKPEDSHSTDYAPYPKIDPTDVAPPPAAPTGENWTSVPVGSQPQAPPPPAVGQPMYTAAARSSDDPPQGSNAVPGGGATTMPSESNPYVSPGLVPESTTKSECAVVQTMDSVKDVLGKWGKKAAEATKKGQDYAGDVWQHCIAMKLKRMNQKKMIKKKRYYFIASVKTGPSLADAAVGRIAQGTKVIAEGGYEKIFRTTFETVPDEKLLKSYACYLSTSAGPVMGILYMSSAKLAFSSDNPLSYKVGDDT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031123`
TK1151 ID	TkA08G088250
OH-1004 ID	LXL04_031123
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	89.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031123

位置 Chr07:895707-898827 (-)

描述 Similar to FIP1: GEM-like protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g28200`	GEM 样蛋白 1。	暂无已核实直接文献
`At2g22475`	参与拟南芥根表皮细胞的空间控制、模式形成和分化。	暂无已核实直接文献
`At4g40100`	推定的类似GEM的蛋白3。	暂无已核实直接文献
`At5g13200`	GEM 样蛋白 5。	暂无已核实直接文献
`At4g01600`	GEM样蛋白2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031123 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0010026 trichome differentiation 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010482 regulation of epidermal cell division 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0048765 root hair cell differentiation 生物过程

GO:0098755 maintenance of seed dormancy by absisic acid 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G28200

ath:AT2G22475

ath:AT4G01600

ath:AT4G40100

ath:AT5G13200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.435

排名 1 · LXL04_031123 · OH-1004

内质网0.263

排名 2 · LXL04_031123 · OH-1004

细胞膜0.244

排名 3 · LXL04_031123 · OH-1004

高尔基体0.194

排名 4 · LXL04_031123 · OH-1004

细胞核0.176

排名 5 · LXL04_031123 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02893.27GRAM205-325 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031123	`PF02893.27`	GRAM	205	325	6.3e-22	78.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SE96`	拟南芥	GEM-like protein 1	61.925%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S8F8`	拟南芥	GLABRA2 expression modulator	61.674%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M063`	拟南芥	Putative GEM-like protein 3	51.101%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LYV6`	拟南芥	GEM-like protein 5	48.951%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9M122`	拟南芥	GEM-like protein 2	34.513%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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