LXL04_031029 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031029

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 126946278-126947479 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1092 bp · LXL04_031029|LXL04_031029|OH1004|cDNA

ATGGCGTCTAATGGCGGGCACCAAGCTTCACCAACACCAGCACCAAAGCTCGCACTTCCAAAAGACCAAATAGCTTCAATCAAGAGAAAAAGATTCCGACGTATTAAAAGTGCACCAACATCCGATTCGTTTCCTTCATTATCCAAAACCGCCGCCTCTCTTCCACATCCGAAATCCGTCTTCAACTACCTCCATCCAAGCTACAGAAAAGTCGCCATCATCTTGTCTGTTTACTTGGGTGCAGGTACGCTTTGTTTCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1092 bp · LXL04_031029|LXL04_031029|OH1004|CDS

ATGGCGTCTAATGGCGGGCACCAAGCTTCACCAACACCAGCACCAAAGCTCGCACTTCCAAAAGACCAAATAGCTTCAATCAAGAGAAAAAGATTCCGACGTATTAAAAGTGCACCAACATCCGATTCGTTTCCTTCATTATCCAAAACCGCCGCCTCTCTTCCACATCCGAAATCCGTCTTCAACTACCTCCATCCAAGCTACAGAAAAGTCGCCATCATCTTGTCTGTTTACTTGGGTGCAGGTACGCTTTGTTTCTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

363 aa · LXL04_031029|LXL04_031029|OH1004|PROTEIN

MASNGGHQASPTPAPKLALPKDQIASIKRKRFRRIKSAPTSDSFPSLSKTAASLPHPKSVFNYLHPSYRKVAIILSVYLGAGTLCFYLVRHQINGTKTNPVLDALYFTVVTMTSVGYGDLFPGSTLTILLACLFVVLGMLLIGLVLSKAADFVIEKQELLLARALHLNQTLGTAETLKRMETNKLRNKCMILVALLVVLMAAGTAVLVAVEDLKFIKAFYCVVATITSLGYIDKCFSTTGGRVFALFWILSGTIYLGQLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031029`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031029

位置 Chr06:126946278-126947479 (+)

描述 Similar to TPK1: Two-pore potassium channel 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g55630`	电压无关、大电导和钾选择性液泡膜离子通道。	TPK1 is a vacuolar ion channel different from the slow-vacuolar cation channel.2005 · DOI: 10.1104/pp.105.065599 TPK1, a Ca(2+)-regulated Arabidopsis vacuole two-pore K(+) channel is activated by 14-3-3 proteins.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03255.x
`At4g01840`	可能的电压非依赖性钾选择性液泡膜离子通道。	暂无已核实直接文献
`At4g18160`	双孔钾通道调节质子动力势（pmf），这是将光化学能转化为生理功能所必需的。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0752300`	高选择性内向整流钾通道，专门位于大液泡的液泡膜中。	Rice two-pore K+ channels are expressed in different types of vacuoles.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081463
`Os07g0108800`	高选择性内向整流钾通道，特异性位于蛋白贮藏液泡的液泡膜上。	Rice two-pore K+ channels are expressed in different types of vacuoles.2011 · DOI: 10.1105/tpc.110.081463

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031029 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010196 nonphotochemical quenching 生物过程

GO:0030007 intracellular potassium ion homeostasis 生物过程

GO:0071257 cellular response to electrical stimulus 生物过程

GO:0071805 potassium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0097623 potassium ion export across plasma membrane 生物过程

GO:1990573 potassium ion import across plasma membrane 生物过程

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005774 vacuolar membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G01840

ath:AT4G18160

ath:AT5G55630

dosa:Os03g0752300

dosa:Os07g0108800

osa:4334137

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.505

排名 1 · LXL04_031029 · OH-1004

溶酶体／液泡0.230

排名 2 · LXL04_031029 · OH-1004

细胞质0.138

排名 3 · LXL04_031029 · OH-1004

内质网0.122

排名 4 · LXL04_031029 · OH-1004

高尔基体0.079

排名 5 · LXL04_031029 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07885.23Ion_trans_273-154 aa

PF00520.38Ion_trans94-146 aa

PF07885.23Ion_trans_2195-264 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031029	`PF07885.23`	Ion_trans_2	73	154	8.8e-22	77.5
LXL04_031029	`PF00520.38`	Ion_trans	94	146	1.8e-07	31.4
LXL04_031029	`PF07885.23`	Ion_trans_2	195	264	8.8e-22	77.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LBL1`	拟南芥	Two-pore potassium channel 1	56.376%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9S6Z8`	拟南芥	Two-pore potassium channel 5	33.798%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SVV6`	拟南芥	Two-pore potassium channel 3	32.857%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q850M0`	水稻	Two pore potassium channel a	49.844%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LIN5`	水稻	Two pore potassium channel b	49.074%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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