LXL04_030900 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030900

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 124858018-124862966 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2418 bp · LXL04_030900|LXL04_030900|OH1004|cDNA

ATGGTGACCGGTGGTGTCATTTCCCAGATTCAAAGGACTGTAGTGACTCGGTGCCGAGCTTCCCTAATCTTCCATGTAGCTCATGATAATCGAAAGCTCATCCCGGTCATCCGGAATTCTTTTCACTCGCTCCATTGTGCCGAAAACAAGGGCGTAACAGTCGAAACAAAACCACACAATCCTGTTTTTACTTCCTACCTCATTCAAAAATTCGGAATATCTTCATCCGCATCTCTACATTCCAAACAAAACGGAACTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

2418 bp · LXL04_030900|LXL04_030900|OH1004|CDS

ATGGTGACCGGTGGTGTCATTTCCCAGATTCAAAGGACTGTAGTGACTCGGTGCCGAGCTTCCCTAATCTTCCATGTAGCTCATGATAATCGAAAGCTCATCCCGGTCATCCGGAATTCTTTTCACTCGCTCCATTGTGCCGAAAACAAGGGCGTAACAGTCGAAACAAAACCACACAATCCTGTTTTTACTTCCTACCTCATTCAAAAATTCGGAATATCTTCATCCGCATCTCTACATTCCAAACAAAACGGAACTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

805 aa · LXL04_030900|LXL04_030900|OH1004|PROTEIN

MVTGGVISQIQRTVVTRCRASLIFHVAHDNRKLIPVIRNSFHSLHCAENKGVTVETKPHNPVFTSYLIQKFGISSSASLHSKQNGTSQNEGESETANTPNDAKESEEAENSSKLDASDQKEEESSSEEEDLSVEDLVKLVTEKETLLKKKQKEIEEMKDKVLRTYAEMENVMERTKREAENSKKFAIQNFAKGLLDVADNLGRASSVVKESFVKIDTSQDSSGAVPLLKTLLEGVEMTEKQLSEVFKKFGVEKYDPTDEQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030900`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030900

位置 Chr06:124858018-124862966 (-)

描述 Similar to FBL14: F-box/LRR-repeat protein 14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g80570`	F-box/LRR 重复蛋白 14。	暂无已核实直接文献
`At4g26780`	PAM复合物的必需成分，该复合物在ATP依赖方式下将含有易位肽的蛋白质从内膜转运到线粒体基质中（通过相似性推测）。	Recent gene duplication and subfunctionalization produced a mitochondrial GrpE, the nucleotide exchange factor of the Hsp70 complex, specialized in thermotolerance to chronic heat stress in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.187674
`At5g55200`	PAM复合物的必需成分，该复合物在ATP依赖方式下将含有易位肽的蛋白质从内膜转运到线粒体基质中（通过相似性推测）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030900 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009411 response to UV 生物过程

GO:0010286 heat acclimation 生物过程

GO:0030150 protein import into mitochondrial matrix 生物过程

GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0001405 PAM complex, Tim23 associated import motor 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G80570

ath:AT4G26780

ath:AT5G55200

nwi:Nwi_0195

oca:OCAR_4415

ocg:OCA5_c01160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.709

排名 1 · LXL04_030900 · OH-1004

质体0.180

排名 2 · LXL04_030900 · OH-1004

细胞质0.107

排名 3 · LXL04_030900 · OH-1004

细胞核0.098

排名 4 · LXL04_030900 · OH-1004

过氧化物酶体0.021

排名 5 · LXL04_030900 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01025.25GrpE137-302 aa

PF25372.2LRR_FBXL15421-524 aa

PF29594.1LRR_SKP2424-545 aa

PF25372.2LRR_FBXL15713-788 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030900	`PF01025.25`	GrpE	137	302	2.2e-46	158.3
LXL04_030900	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	421	524	2e-13	50.3
LXL04_030900	`PF29594.1`	LRR_SKP2	424	545	2.7e-09	37.4
LXL04_030900	`PF25372.2`	LRR_FBXL15	713	788	2e-13	50.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q3EC97`	拟南芥	F-box/LRR-repeat protein 14	61.456%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LB47`	拟南芥	GrpE protein homolog 2, mitochondrial	53.191%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FLP3`	拟南芥	GrpE protein homolog 1, mitochondrial	53.289%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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