LXL04_030689 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030689

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 120830698-120836840 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2529 bp · LXL04_030689|LXL04_030689|OH1004|cDNA

ATGGGTGTTACCAAGGAAAATTGCCGGAACGAGCTCCGAGCTGCAATCCGTCAACTTACAGATCGCTGCCTGTACTCCGCCGCCAAATGGGCTGCGGAACAATTAGTAGGCATTGAGCAAGATCCGGCAAAGTACCCGCCTTCGCACACTCGATTACAGCGAGACTGTTCCAGCATTCGCCGCCGATTTCGCTCTACAGACGAGATAACCTCCACCCCAATCGCCGGCACATCATACGTCTCCACTCCTGTCCCGGAGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2529 bp · LXL04_030689|LXL04_030689|OH1004|CDS

ATGGGTGTTACCAAGGAAAATTGCCGGAACGAGCTCCGAGCTGCAATCCGTCAACTTACAGATCGCTGCCTGTACTCCGCCGCCAAATGGGCTGCGGAACAATTAGTAGGCATTGAGCAAGATCCGGCAAAGTACCCGCCTTCGCACACTCGATTACAGCGAGACTGTTCCAGCATTCGCCGCCGATTTCGCTCTACAGACGAGATAACCTCCACCCCAATCGCCGGCACATCATACGTCTCCACTCCTGTCCCGGAGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

842 aa · LXL04_030689|LXL04_030689|OH1004|PROTEIN

MGVTKENCRNELRAAIRQLTDRCLYSAAKWAAEQLVGIEQDPAKYPPSHTRLQRDCSSIRRRFRSTDEITSTPIAGTSYVSTPVPEDDNEAVDSDFYLLAKTYFNCREYRRAAHVLSDQTGKKALFLRCYALYLAGEKRKEEETIELEGPLGKSDAINTELTSIERDLSTLRKNNTIDPFSLFLYGLVLKQKGDHTLAKTVLTESVNTYPWNWSAWEQLQSLSPTIETLNSLKLNNHYMKDFFLASSYHELRLHTQSLSK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030689`
TK1151 ID	TkA07G423430
OH-1004 ID	LXL04_030689
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.444 / OH-1004 52.494 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030689

位置 Chr06:120830698-120836840 (-)

描述 Similar to APC8: Anaphase-promoting complex subunit 8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g48150`	后期促进复合物/环体 (APC/C) 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030689 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000278 mitotic cell cycle 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0007080 mitotic metaphase chromosome alignment 生物过程

GO:0007091 metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0007096 regulation of exit from mitosis 生物过程

GO:0007346 regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0030071 regulation of mitotic metaphase/anaphase transition 生物过程

GO:0031145 anaphase-promoting complex-dependent catabolic process 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0045842 positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G48150

bta:512651

ddi:DDB_G0272775

hsa:8697

mmu:52563

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.515

排名 1 · LXL04_030689 · OH-1004

细胞质0.365

排名 2 · LXL04_030689 · OH-1004

质体0.056

排名 3 · LXL04_030689 · OH-1004

线粒体0.048

排名 4 · LXL04_030689 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 5 · LXL04_030689 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04049.20ANAPC88-279 aa

PF00515.35TPR_1341-373 aa

PF13181.13TPR_8341-372 aa

PF29407.1CFAP70_TPR_C373-463 aa

PF13428.13TPR_14375-417 aa

PF13414.13TPR_11381-422 aa

PF13431.13TPR_17396-424 aa

PF23914.2TPR_CcmH_CycH404-512 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030689	`PF04049.20`	ANAPC8	8	279	1.1e-73	248.8
LXL04_030689	`PF00515.35`	TPR_1	341	373	1.6e-25	88.6
LXL04_030689	`PF13181.13`	TPR_8	341	372	3.4e-25	86.7
LXL04_030689	`PF29407.1`	CFAP70_TPR_C	373	463	1e-09	39.0
LXL04_030689	`PF13428.13`	TPR_14	375	417	1.4e-18	66.2
LXL04_030689	`PF13414.13`	TPR_11	381	422	4.6e-16	58.9
LXL04_030689	`PF13431.13`	TPR_17	396	424	5.6e-14	51.9
LXL04_030689	`PF23914.2`	TPR_CcmH_CycH	404	512	1.2e-07	32.4
LXL04_030689	`PF00515.35`	TPR_1	409	441	1.6e-25	88.6
LXL04_030689	`PF13966.12`	zf-RVT	672	738	9.3e-12	46.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9STS3`	拟南芥	Anaphase-promoting complex subunit 8	72.300%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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