LXL04_030659 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030659

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 120385814-120386629 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

816 bp · LXL04_030659|LXL04_030659|OH1004|cDNA

ATGGCAGAAGTAAGTGAACAGAGGTTAAAACTCGACCAAAAAGTATCCATAATCACCGGCGGTTCAAGCGGGATCGGAGAAGCAACTGCGCGTCTTTTCGCCAAACACGGCGCACTCGTCGTCATCGCAGACATCGAAGACGAAAAAGGCCAAGAGGTAGCCGCTTCCATCGGCTCAGAACGCTGCACCTACTACCACTGCGACGTCGCCGATGAACAGCAGGTAATCTCCGCCGTTAATTTCACCGTTGCTACATACGG...

CDS

下载 CDS FASTA

816 bp · LXL04_030659|LXL04_030659|OH1004|CDS

ATGGCAGAAGTAAGTGAACAGAGGTTAAAACTCGACCAAAAAGTATCCATAATCACCGGCGGTTCAAGCGGGATCGGAGAAGCAACTGCGCGTCTTTTCGCCAAACACGGCGCACTCGTCGTCATCGCAGACATCGAAGACGAAAAAGGCCAAGAGGTAGCCGCTTCCATCGGCTCAGAACGCTGCACCTACTACCACTGCGACGTCGCCGATGAACAGCAGGTAATCTCCGCCGTTAATTTCACCGTTGCTACATACGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

271 aa · LXL04_030659|LXL04_030659|OH1004|PROTEIN

MAEVSEQRLKLDQKVSIITGGSSGIGEATARLFAKHGALVVIADIEDEKGQEVAASIGSERCTYYHCDVADEQQVISAVNFTVATYGRLDIMFSNAGIVSPSTQTVLDLDLTQFDRLYAINARGTAACVKHAALAMVEKHVRGSIICTGSIAASRGGSSRTDYVMAKHAVLGLVRSASKQLGMHGIRVNCVSPSAVVTALSKRSPEATKKTMKVYGALSSLKGVELTVDRVAEAVLFLASESSSFITGLDLVVDGGLTKL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030659`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030659

位置 Chr06:120385814-120386629 (-)

描述 Similar to NEPS1: (+)-cis,trans-nepetalactol synthase NEPS1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g47140`	短链脱氢酶还原酶 3b。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030659 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016099 monoterpenoid biosynthetic process 生物过程

GO:0031525 menthol biosynthetic process 生物过程

GO:0044283 small molecule biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0000166 nucleotide binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0016616 oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor 分子功能

GO:0016853 isomerase activity 分子功能

GO:0018458 isopiperitenol dehydrogenase activity 分子功能

GO:0018459 carveol dehydrogenase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ag:AAU20370

ag:AXF35971

ag:AXF35972

ag:AXF35973

ath:AT2G47140

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.683

排名 1 · LXL04_030659 · OH-1004

细胞核0.270

排名 2 · LXL04_030659 · OH-1004

过氧化物酶体0.202

排名 3 · LXL04_030659 · OH-1004

线粒体0.069

排名 4 · LXL04_030659 · OH-1004

溶酶体／液泡0.034

排名 5 · LXL04_030659 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106.32adh_short14-206 aa

PF08659.17KR17-189 aa

PF13561.13adh_short_C223-258 aa

PF00155.28Aminotran_1_2167-269 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030659	`PF00106.32`	adh_short	14	206	6.6e-46	157.0
LXL04_030659	`PF08659.17`	KR	17	189	4.7e-09	37.1
LXL04_030659	`PF13561.13`	adh_short_C2	23	258	1e-60	206.0
LXL04_030659	`PF00155.28`	Aminotran_1_2	167	269	7.5e-06	26.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q94K41`	拟南芥	Short-chain dehydrogenase reductase 3b	51.779%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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