LXL04_030648 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030648

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 120226015-120228160 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

768 bp · LXL04_030648|LXL04_030648|OH1004|cDNA

ATGGCGAGTAATATCGGGATGATGGATAGTGCGTATTTTGTTGGAAGGAATGAGCTTCTTTCATGGATTAATGCGAGACTTCAACTCAGTCTCTCTCGTATTGAAGAGGTTGCTTCGGGTGCTGTACAATGTCAAATGTTGGACATGACCTATCCGGGAGCCGTCCCAATGCACAAGGTTAATTTCGATGCAAGGACAGAATACGATATGATCCAGAACTACAAAGTACTTCAAGATGTATTCAACAAACTTAAAATCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

768 bp · LXL04_030648|LXL04_030648|OH1004|CDS

ATGGCGAGTAATATCGGGATGATGGATAGTGCGTATTTTGTTGGAAGGAATGAGCTTCTTTCATGGATTAATGCGAGACTTCAACTCAGTCTCTCTCGTATTGAAGAGGTTGCTTCGGGTGCTGTACAATGTCAAATGTTGGACATGACCTATCCGGGAGCCGTCCCAATGCACAAGGTTAATTTCGATGCAAGGACAGAATACGATATGATCCAGAACTACAAAGTACTTCAAGATGTATTCAACAAACTTAAAATCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

255 aa · LXL04_030648|LXL04_030648|OH1004|PROTEIN

MASNIGMMDSAYFVGRNELLSWINARLQLSLSRIEEVASGAVQCQMLDMTYPGAVPMHKVNFDARTEYDMIQNYKVLQDVFNKLKIDKHIEVNRLVKGRPLDNLEFLQWLKRYCDSVNGGIMNENYNPLERRSKISKERNVKASLKNSKSLQTNNSQNHGSGLNGTKQKPVTLVGSDSSEEIRALSNEITELKVSVDLLEKERDYYFAKLRDIEILCQGPELENIPMVMAVKKVLYAADEESALAEAQEIVSANQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030648`
TK1151 ID	TkA07G421130
OH-1004 ID	LXL04_030648
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030648

位置 Chr06:120226015-120228160 (-)

描述 Similar to EB1B: Microtubule-associated protein RP/EB family member 1B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g62500`	与微管的正端结合并调节微管细胞骨架的动力学。	Nuclear-localized subtype of end-binding 1 protein regulates spindle organization in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1242/jcs.062703
`At3g47690`	与微管的正端结合并调节微管细胞骨架的动力学。	EB1 reveals mobile microtubule nucleation sites in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1038/ncb1057 Nuclear-localized subtype of end-binding 1 protein regulates spindle organization in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1242/jcs.062703
`At5g67270`	植物特异性 EB1 亚型，通过调节纺锤体定位和染色体分离，在植物有丝分裂的早期阶段优先发挥作用。	Nuclear-localized subtype of end-binding 1 protein regulates spindle organization in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1242/jcs.062703

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030648 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000132 establishment of mitotic spindle orientation 生物过程

GO:0001578 microtubule bundle formation 生物过程

GO:0008104 intracellular protein localization 生物过程

GO:0009652 thigmotropism 生物过程

GO:0009958 positive gravitropism 生物过程

GO:0030865 cortical cytoskeleton organization 生物过程

GO:0031110 regulation of microtubule polymerization or depolymerization 生物过程

GO:0031113 regulation of microtubule polymerization 生物过程

GO:0031115 negative regulation of microtubule polymerization 生物过程

GO:0035372 protein localization to microtubule 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0051225 spindle assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G47690

ath:AT5G62500

ath:AT5G67270

hsa:22924

xtr:394720

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.700

排名 1 · LXL04_030648 · OH-1004

高尔基体0.218

排名 2 · LXL04_030648 · OH-1004

细胞核0.148

排名 3 · LXL04_030648 · OH-1004

细胞膜0.121

排名 4 · LXL04_030648 · OH-1004

溶酶体／液泡0.080

排名 5 · LXL04_030648 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00307.37CH16-114 aa

PF03271.23EB1199-237 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030648	`PF00307.37`	CH	16	114	2.5e-10	41.2
LXL04_030648	`PF03271.23`	EB1	199	237	6.2e-16	59.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FJJ5`	拟南芥	Microtubule-associated protein RP/EB family member 1B	70.270%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XJ60`	拟南芥	Microtubule-associated protein RP/EB family member 1A	71.429%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FGQ6`	拟南芥	Microtubule-associated protein RP/EB family member 1C	54.710%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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