LXL04_030571 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030571

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 118805966-118809866 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1320 bp · LXL04_030571|LXL04_030571|OH1004|cDNA

ATGGATAACAACAACAACTTGGAGCAGACATTGCAGGAAGGAAAGCTTTACCGATACGTGAACAATTTAATTGTTGCTCATCTTCGAGACAACAATCTCACCCAGGCTGCAAGTGCAGTTGCATCAGCTACAATGACACCACTCAACATTGAAGCTTCTCCCAACAAACTTCTCGAACTAGTTGCCAAGGGTCTTGCAGTTGAAAAAGATGAAACCCTAAGAGGAGTACTCTCATCAACATTGTTTGATTCAAACACAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1320 bp · LXL04_030571|LXL04_030571|OH1004|CDS

ATGGATAACAACAACAACTTGGAGCAGACATTGCAGGAAGGAAAGCTTTACCGATACGTGAACAATTTAATTGTTGCTCATCTTCGAGACAACAATCTCACCCAGGCTGCAAGTGCAGTTGCATCAGCTACAATGACACCACTCAACATTGAAGCTTCTCCCAACAAACTTCTCGAACTAGTTGCCAAGGGTCTTGCAGTTGAAAAAGATGAAACCCTAAGAGGAGTACTCTCATCAACATTGTTTGATTCAAACACAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

439 aa · LXL04_030571|LXL04_030571|OH1004|PROTEIN

MDNNNNLEQTLQEGKLYRYVNNLIVAHLRDNNLTQAASAVASATMTPLNIEASPNKLLELVAKGLAVEKDETLRGVLSSTLFDSNTVLPSSYGLIPPPRAVSVDFSAAHDTKGSSKSFPKHETRHVSEHKNVARCARFSPDGRFLASGSADTSIKLFEVGKIKQMLLPEGRDGPVRPVVRTFYDHLQPINDLDFHPHNTILISGAKDHTIKFFDFSKTVAKRAFRVIQDTHNVRSVSFHPSGDFVLAGTDHHVPHLYDIN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030571`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030571

位置 Chr06:118805966-118809866 (+)

描述 Similar to CSTF50: Cleavage stimulation factor subunit 50

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60940`	前mRNA的多腺苷酸化和3'末端切割所需的多个因子之一。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030571 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0031124 mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0031440 regulation of mRNA 3'-end processing 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005848 mRNA cleavage stimulating factor complex 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G60940

hsa:1477

mmu:67337

pon:100174553

rno:311670

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.529

排名 1 · LXL04_030571 · OH-1004

细胞质0.459

排名 2 · LXL04_030571 · OH-1004

溶酶体／液泡0.076

排名 3 · LXL04_030571 · OH-1004

细胞膜0.064

排名 4 · LXL04_030571 · OH-1004

高尔基体0.037

排名 5 · LXL04_030571 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29040.1LisH_CTF506-75 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd105-304 aa

PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd117-173 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz121-217 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3122-176 aa

PF23414.2Beta-prop_EML_2123-161 aa

PF25391.2WD40_Gbeta123-289 aa

PF00400.39WD40124-157 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030571	`PF29040.1`	LisH_CTF50	6	75	8.3e-40	135.3
LXL04_030571	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	105	304	2.8e-28	99.7
LXL04_030571	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	117	173	3.7e-15	56.4
LXL04_030571	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	121	217	4.4e-26	92.6
LXL04_030571	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	122	176	1.7e-39	136.2
LXL04_030571	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	123	161	5.4e-25	89.0
LXL04_030571	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	123	289	3.6e-17	63.1
LXL04_030571	`PF00400.39`	WD40	124	157	3.9e-38	129.0
LXL04_030571	`PF23409.2`	Beta-prop_EML	124	351	1.9e-10	41.4
LXL04_030571	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	125	250	5.4e-37	128.3
LXL04_030571	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	125	258	6.7e-34	117.9
LXL04_030571	`PF20426.5`	NBCH_WD40	125	312	4.5e-09	36.3
LXL04_030571	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	126	436	7.4e-49	167.3
LXL04_030571	`PF24814.2`	WD40_Prp19	126	175	2.5e-33	116.1
LXL04_030571	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	126	314	7.5e-30	104.8
LXL04_030571	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	126	267	1.8e-15	57.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L4J2`	拟南芥	Cleavage stimulation factor subunit 50	67.123%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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