LXL04_030522 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030522

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 118093860-118096521 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2475 bp · LXL04_030522|LXL04_030522|OH1004|cDNA

ATGTTAATTTTACAGAAGAAAATGTCGACGAGAGGGAGCAGATCGGAGAAGGTAAAGAGGATCTTCCAGCAATTCGATTTGAACAGAGATGGTGGGCTTAACAGAGATGAAATGTCGGCCCTTGTTGTTGCTGTTAACCCTAGAGTTAGATTTAGCGATGAGCAAATTAGTGCTATCCTCGACGAGGTTTTCCGTACGTACGGCGATTTCATCGATACTGATAAAGGTCTTACTTACGATGGGCTGTTACGAACGTACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2475 bp · LXL04_030522|LXL04_030522|OH1004|CDS

ATGTTAATTTTACAGAAGAAAATGTCGACGAGAGGGAGCAGATCGGAGAAGGTAAAGAGGATCTTCCAGCAATTCGATTTGAACAGAGATGGTGGGCTTAACAGAGATGAAATGTCGGCCCTTGTTGTTGCTGTTAACCCTAGAGTTAGATTTAGCGATGAGCAAATTAGTGCTATCCTCGACGAGGTTTTCCGTACGTACGGCGATTTCATCGATACTGATAAAGGTCTTACTTACGATGGGCTGTTACGAACGTACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

824 aa · LXL04_030522|LXL04_030522|OH1004|PROTEIN

MLILQKKMSTRGSRSEKVKRIFQQFDLNRDGGLNRDEMSALVVAVNPRVRFSDEQISAILDEVFRTYGDFIDTDKGLTYDGLLRTYDDGAGDVDRDFEALALELKSDDDNDSNGNNNAHASSMGFEEASTSLVVDERVKSPEPQKQQRKATGAVSPNHGIIFDDTWKLLDDVEILIKRLKAKQLKDSKTKGEHSDAFSDPGWSRELGPSMEMNKQINWDETRHDYTIFVKELGVLRSRADGSRSREEAFDGHMAIGRLLY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030522`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_030522

位置 Chr06:118093860-118096521 (-)

描述 Similar to At1g05150: Uncharacterized TPR repeat-containing protein At1g05150

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g05150`	未表征的含TPR重复序列蛋白 At1g05150。	暂无已核实直接文献
`At2g32450`	未分类的含TPR重复序列的蛋白At2g32450。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030522 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000423 mitophagy 生物过程

GO:0000432 positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by glucose 生物过程

GO:0001933 negative regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0001934 positive regulation of protein phosphorylation 生物过程

GO:0006041 glucosamine metabolic process 生物过程

GO:0006110 regulation of glycolytic process 生物过程

GO:0006111 regulation of gluconeogenesis 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006493 protein O-linked glycosylation 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0010801 negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05150

ath:AT2G32450

rno:26295

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.389

排名 1 · LXL04_030522 · OH-1004

细胞核0.290

排名 2 · LXL04_030522 · OH-1004

细胞膜0.275

排名 3 · LXL04_030522 · OH-1004

高尔基体0.106

排名 4 · LXL04_030522 · OH-1004

内质网0.087

排名 5 · LXL04_030522 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13499.13EF-hand_716-75 aa

PF13414.13TPR_11256-297 aa

PF13424.13TPR_12326-386 aa

PF23914.2TPR_CcmH_CycH364-458 aa

PF13432.13TPR_16365-425 aa

PF13414.13TPR_11366-407 aa

PF14559.13TPR_19369-415 aa

PF29386.1CFAP70_mid_TPR391-453 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030522	`PF13499.13`	EF-hand_7	16	75	3.7e-06	27.9
LXL04_030522	`PF13414.13`	TPR_11	256	297	2.3e-26	91.9
LXL04_030522	`PF13424.13`	TPR_12	326	386	1.2e-17	64.6
LXL04_030522	`PF23914.2`	TPR_CcmH_CycH	364	458	2.9e-07	31.2
LXL04_030522	`PF13432.13`	TPR_16	365	425	6.9e-19	68.7
LXL04_030522	`PF13414.13`	TPR_11	366	407	2.3e-26	91.9
LXL04_030522	`PF14559.13`	TPR_19	369	415	1.3e-18	67.8
LXL04_030522	`PF29386.1`	CFAP70_mid_TPR	391	453	3.2e-08	34.6
LXL04_030522	`PF07719.24`	TPR_2	393	426	1.2e-32	110.0
LXL04_030522	`PF00515.35`	TPR_1	393	425	1.4e-30	104.5
LXL04_030522	`PF13181.13`	TPR_8	394	425	1.7e-27	93.9
LXL04_030522	`PF13424.13`	TPR_12	395	455	1.2e-17	64.6
LXL04_030522	`PF29407.1`	CFAP70_TPR_C	399	487	3.8e-11	43.7
LXL04_030522	`PF13414.13`	TPR_11	402	441	2.3e-26	91.9
LXL04_030522	`PF14559.13`	TPR_19	410	453	1.3e-18	67.8
LXL04_030522	`PF13431.13`	TPR_17	416	446	5e-17	61.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O23052`	拟南芥	Uncharacterized TPR repeat-containing protein At1g05150	70.510%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8S8L9`	拟南芥	Uncharacterized TPR repeat-containing protein At2g32450	69.671%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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