LXL04_030502 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030502

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 117373582-117376438 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1713 bp · LXL04_030502|LXL04_030502|OH1004|cDNA

ATGAGTGTATGCTTTCATTCAGTAGTGAAGCCTTTCGTTCCCTTTTCTCGATTCAACTCCAATCAGTGCACTTGGAACCCTAATTCTACAGCCCATTTTTCCATCCAGAATTACAGTAATAGTCTTACAAGGGTTAAGCCTCACCATCGTTTCCATCTGTCCATTAAAGTTCTAGAACACGGGACCGGAGTTCTATCACCTTCCGATGATGACACAGACATCTCCGTTGAGAGCCAATTAAATACCGTCGACGGAGAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1713 bp · LXL04_030502|LXL04_030502|OH1004|CDS

ATGAGTGTATGCTTTCATTCAGTAGTGAAGCCTTTCGTTCCCTTTTCTCGATTCAACTCCAATCAGTGCACTTGGAACCCTAATTCTACAGCCCATTTTTCCATCCAGAATTACAGTAATAGTCTTACAAGGGTTAAGCCTCACCATCGTTTCCATCTGTCCATTAAAGTTCTAGAACACGGGACCGGAGTTCTATCACCTTCCGATGATGACACAGACATCTCCGTTGAGAGCCAATTAAATACCGTCGACGGAGAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

570 aa · LXL04_030502|LXL04_030502|OH1004|PROTEIN

MSVCFHSVVKPFVPFSRFNSNQCTWNPNSTAHFSIQNYSNSLTRVKPHHRFHLSIKVLEHGTGVLSPSDDDTDISVESQLNTVDGELQQLVDVAADEIITAPKKLTPKRLARKKENDEDDDDARFKLRNGKEVFEEKAYLVGVARKDDSEELFSIEESLKELAQLADTAGLMVVDSTYQKLSTPNSRTYIGSGKVSEIKTAINAHGVETVIFDDELSPGQLRNLEKAFGGNVRVCDRTALILDIFDQRAATREAALQVTL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030502`
TK1151 ID	TkA07G408480
OH-1004 ID	LXL04_030502
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.949 / OH-1004 32.982 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_030502`
位置	Chr06:117373582-117376438 (-)
描述	Similar to hflX: GTPase HflX (Escherichia coli (strain K12)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_030502` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009408 response to heat 生物过程 GO:0032790 ribosome disassembly 生物过程 GO:0036289 peptidyl-serine autophosphorylation 生物过程 GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0003924 GTPase activity 分子功能 GO:0005524 ATP binding 分子功能 GO:0005525 GTP binding 分子功能 GO:0016887 ATP hydrolysis activity 分子功能 GO:0019843 rRNA binding 分子功能 GO:0043022 ribosome binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bpf:BpOF4_19480 csh:Closa_2505 ecj:JW4131 eco:b4173 ecoc:C3026_22550 fps:FP2414 tte:TTE1127 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.939

排名 1 · LXL04_030502 · OH-1004

线粒体0.071

排名 2 · LXL04_030502 · OH-1004

细胞核0.028

排名 3 · LXL04_030502 · OH-1004

细胞质0.019

排名 4 · LXL04_030502 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_030502 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13167.12GTP-bdg_N156-245 aa

PF16360.11GTP-bdg_M248-325 aa

PF01926.30MMR_HSR1333-451 aa

PF02421.25FeoB_N333-484 aa

PF00350.30Dynamin_N334-369 aa

PF19275.5HflX_C461-532 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030502	`PF13167.12`	GTP-bdg_N	156	245	2.2e-32	112.2
LXL04_030502	`PF16360.11`	GTP-bdg_M	248	325	9.7e-27	94.0
LXL04_030502	`PF01926.30`	MMR_HSR1	333	451	8e-23	81.4
LXL04_030502	`PF02421.25`	FeoB_N	333	484	1e-06	29.1
LXL04_030502	`PF00350.30`	Dynamin_N	334	369	7.1e-06	26.9
LXL04_030502	`PF19275.5`	HflX_C	461	532	2.3e-09	37.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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