LXL04_030117 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_030117

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 108519684-108523329 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1890 bp · LXL04_030117|LXL04_030117|OH1004|cDNA

ATGCCGATTCTTTGTTGCTTTCCTTCATTGGGACAAAGGAACAAGAAAAATAAGGAAGAGGATGATGATAATGAAAGGTTGCATGTGAAATTACAACAGTCGGGGAAGCCTATTGACCTTCAGTCAAAGTCAAGGTCAACATTCAGTGTAGATGTCCCCTTCTCTAACGTGAAGGTCGTCAGCCATGAAAGCCCTGTAAAAGCTCAGCTTCAAGCAGAAGAAGacgaagaaaaagaagaagcatACGAAGGGGAAGATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1890 bp · LXL04_030117|LXL04_030117|OH1004|CDS

ATGCCGATTCTTTGTTGCTTTCCTTCATTGGGACAAAGGAACAAGAAAAATAAGGAAGAGGATGATGATAATGAAAGGTTGCATGTGAAATTACAACAGTCGGGGAAGCCTATTGACCTTCAGTCAAAGTCAAGGTCAACATTCAGTGTAGATGTCCCCTTCTCTAACGTGAAGGTCGTCAGCCATGAAAGCCCTGTAAAAGCTCAGCTTCAAGCAGAAGAAGACGAAGAAAAAGAAGAAGCATACGAAGGGGAAGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

629 aa · LXL04_030117|LXL04_030117|OH1004|PROTEIN

MPILCCFPSLGQRNKKNKEEDDDNERLHVKLQQSGKPIDLQSKSRSTFSVDVPFSNVKVVSHESPVKAQLQAEEDEEKEEAYEGEDEHEKDYNSDHDRHREVFIGKMPMEEHDEYSNTNIDNHQSNSSDTEMNNDGHLSDPGASKPPLESSPKLKRSCSNLEAKRVSSINRIAPCESYEDLQKLGEGSISPVSITSNYSADKVILRKCSSSQILPSKSRKLWWKLLLWSHRNLHEPIKGVQNMLLVTNQQGGYSSDLEPN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_030117`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_030117`
位置	Chr06:108519684-108523329 (+)
描述	Similar to DNAAF1: Dynein assembly factor 1, axonemal
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_030117` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0003341 cilium movement 生物过程 GO:0003356 regulation of cilium beat frequency 生物过程 GO:0007368 determination of left/right symmetry 生物过程 GO:0035082 axoneme assembly 生物过程 GO:0036158 outer dynein arm assembly 生物过程 GO:0036159 inner dynein arm assembly 生物过程 GO:0044458 motile cilium assembly 生物过程 GO:0046600 negative regulation of centriole replication 生物过程 GO:0060271 cilium assembly 生物过程 GO:0060287 epithelial cilium movement involved in determination of left/right asymmetry 生物过程 GO:0060972 left/right pattern formation 生物过程 GO:0070286 axonemal dynein complex assembly 生物过程
KEGG 基因交叉引用	bta:523187 cel:CELE_T09A5.9 hsa:123872 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.569

排名 1 · LXL04_030117 · OH-1004

细胞核0.295

排名 2 · LXL04_030117 · OH-1004

细胞质0.288

排名 3 · LXL04_030117 · OH-1004

内质网0.049

排名 4 · LXL04_030117 · OH-1004

高尔基体0.035

排名 5 · LXL04_030117 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855.13LRR_8396-451 aa

PF14580.13LRR_9400-504 aa

PF12799.14LRR_4419-454 aa

PF12799.14LRR_4439-480 aa

PF13855.13LRR_8440-496 aa

PF12799.14LRR_4465-501 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_030117	`PF13855.13`	LRR_8	396	451	5.6e-18	65.2
LXL04_030117	`PF14580.13`	LRR_9	400	504	4e-10	40.3
LXL04_030117	`PF12799.14`	LRR_4	419	454	6.7e-20	71.4
LXL04_030117	`PF12799.14`	LRR_4	439	480	6.7e-20	71.4
LXL04_030117	`PF13855.13`	LRR_8	440	496	5.6e-18	65.2
LXL04_030117	`PF12799.14`	LRR_4	465	501	6.7e-20	71.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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