RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_030029
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 106050362-106053852 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

3234 bp · LXL04_030029|LXL04_030029|OH1004|cDNA

ATGGATAACGTTTCGGTATTTTTCAGTTTTTTGATTCTCTCTTTATACATCTCTCTCCCGCCACTAGTCTCCTCCCTCTCTCCCGACGGTCAAACGCTACTCTCTCTCCTCCCCTCCGCCGCTTCTCTCTCTAAAACCTCCTCCACCGTGCTCTCTTCGTGGAACTCATCTTCTCTAACACCGTGTTCATGGCAGGGTGTTACTTGTTCACCGCAAAACAGAGTAATATCTCTCTCTATTCCGAACACATTCCTTAATCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3234 bp · LXL04_030029|LXL04_030029|OH1004|CDS

ATGGATAACGTTTCGGTATTTTTCAGTTTTTTGATTCTCTCTTTATACATCTCTCTCCCGCCACTAGTCTCCTCCCTCTCTCCCGACGGTCAAACGCTACTCTCTCTCCTCCCCTCCGCCGCTTCTCTCTCTAAAACCTCCTCCACCGTGCTCTCTTCGTGGAACTCATCTTCTCTAACACCGTGTTCATGGCAGGGTGTTACTTGTTCACCGCAAAACAGAGTAATATCTCTCTCTATTCCGAACACATTCCTTAATCT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

1077 aa · LXL04_030029|LXL04_030029|OH1004|PROTEIN

MDNVSVFFSFLILSLYISLPPLVSSLSPDGQTLLSLLPSAASLSKTSSTVLSSWNSSSLTPCSWQGVTCSPQNRVISLSIPNTFLNLSSLPPQLSSLSSLQLLNLSSTNISGQIPPSFGSFPHLRLLDLSSNSIFGHIPPELGQLTSLQFLYLDSNQLSGTIPPQLSNLSSLQYFCIQDNLINSTIPPQLGSLVALQEFRIGGNPYLTGEIPPELGFLSNLTTFGVAATGLSGVIPTTFKNMISLQTLAIYDTEISGSIP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_030029
TK1151 IDTkA07G371640
OH-1004 IDLXL04_030029
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)99.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 78.366
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_030029
位置Chr06:106050362-106053852 (-)
描述Similar to At1g34110: Probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g34110
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g34110 与 RGI1、RGI2、RGI3 和 RGI4 一起，作为 RGF1 的受体，RGF1 是一种通过调节转录因子 PLETHORA (PLT) 的表达水平和模式来维持胚后根干细胞区的肽激素。
RGF1 INSENSITIVE 1 to 5, a group of LRR receptor-like kinases, are essential for the perception of root meristem growth factor 1 in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1038/cr.2016.63
At3g24240 与 RGI2、RGI3、RGI4 和 RGI5 一起，作为 RGF 肽（如 RGF1、GLV5/CLEL1/RGF2、GLV7/CLEL3/RGF3、GLV3/RGF4、GLV10/CLEL7/RGF5 和 RGF10/CLELN）的受体，这些肽激素通过调控转录因子 PLETHORA（PLT，例如 PLT1 和 PLT2）的表达水平和模式来维持胚后根干细胞的生态位。
RGF1 INSENSITIVE 1 to 5, a group of LRR receptor-like kinases, are essential for the perception of root meristem growth factor 1 in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1038/cr.2016.63
At5g48940 与RGI1、RGI3、RGI4和RGI5一起，作为RGF肽（例如 RGF1、GLV5/CLEL1/RGF2、GLV7/CLEL3/RGF3、GLV3/RGF4、GLV10/CLEL7/RGF5 和 RGF10/CLELN）的受体，这些肽激素通过调控转录因子PLETHORA（PLT，例如PLT1和PLT2）的表达水平和模式，维持胚后根干细胞利基。
RGF1 INSENSITIVE 1 to 5, a group of LRR receptor-like kinases, are essential for the perception of root meristem growth factor 1 in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1038/cr.2016.63
At5g56040 具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性的受体（通过相似性）。
A novel pollen-pistil interaction conferring high-temperature tolerance during reproduction via CLE45 signaling.2013 · DOI: 10.1016/j.cub.2013.06.060
RGF1 INSENSITIVE 1 to 5, a group of LRR receptor-like kinases, are essential for the perception of root meristem growth factor 1 in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1038/cr.2016.63
Arabidopsis MAKR5 is a positive effector of BAM3-dependent CLE45 signaling.2016 · DOI: 10.15252/embr.201642450
At4g26540 可能作为 RGF 肽受体，参与根分生组织生长的调控。
RGF1 INSENSITIVE 1 to 5, a group of LRR receptor-like kinases, are essential for the perception of root meristem growth factor 1 in Arabidopsis thaliana.2016 · DOI: 10.1038/cr.2016.63

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_030029 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009266 response to temperature stimulus 生物过程
GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程
GO:0010074 maintenance of meristem identity 生物过程
GO:0010078 maintenance of root meristem identity 生物过程
GO:0010082 regulation of root meristem growth 生物过程
GO:0010449 root meristem growth 生物过程
GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程
GO:2000280 regulation of root development 生物过程
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0001653 peptide receptor activity 分子功能
GO:0004674 protein serine/threonine kinase activity 分子功能
GO:0005524 ATP binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G34110
ath:AT3G24240
ath:AT4G26540
ath:AT5G48940
ath:AT5G56040
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.845
排名 1 · LXL04_030029 · OH-1004
内质网0.090
排名 2 · LXL04_030029 · OH-1004
细胞质0.064
排名 3 · LXL04_030029 · OH-1004
细胞核0.042
排名 4 · LXL04_030029 · OH-1004
溶酶体／液泡0.033
排名 5 · LXL04_030029 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08263.18LRRNT_227-70 aa
PF23598.2LRR_1482-154 aa
PF13855.13LRR_886-134 aa
PF13855.13LRR_899-158 aa
PF12799.14LRR_499-133 aa
PF23598.2LRR_14165-278 aa
PF23598.2LRR_14273-370 aa
PF13855.13LRR_8292-351 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_030029PF08263.18LRRNT_227706.8e-0936.6
LXL04_030029PF23598.2LRR_14821549.4e-47160.2
LXL04_030029PF13855.13LRR_8861349e-47157.4
LXL04_030029PF13855.13LRR_8991589e-47157.4
LXL04_030029PF12799.14LRR_4991332.8e-41139.3
LXL04_030029PF23598.2LRR_141652789.4e-47160.2
LXL04_030029PF23598.2LRR_142733709.4e-47160.2
LXL04_030029PF13855.13LRR_82923519e-47157.4
LXL04_030029PF23598.2LRR_143634659.4e-47160.2
LXL04_030029PF13855.13LRR_83894479e-47157.4
LXL04_030029PF23598.2LRR_144415169.4e-47160.2
LXL04_030029PF23598.2LRR_144775609.4e-47160.2
LXL04_030029PF23598.2LRR_145016599.4e-47160.2
LXL04_030029PF12799.14LRR_45095412.8e-41139.3
LXL04_030029PF13855.13LRR_85566169e-47157.4
LXL04_030029PF13855.13LRR_86086639e-47157.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
C0LGF5拟南芥LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI571.881%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LHP4拟南芥LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI148.130%Swiss-Prot中等数据库同源证据
C0LGV1拟南芥LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI246.060%Swiss-Prot中等数据库同源证据
F4K6B8拟南芥Leucine-rich repeat receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI443.389%Swiss-Prot中等数据库同源证据
C0LGR3拟南芥LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase RGI344.923%Swiss-Prot中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看