LXL04_029902 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029902

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 103056758-103059473 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1326 bp · LXL04_029902|LXL04_029902|OH1004|cDNA

ATGGCGGCTAACTGTTCGTCTCTAACACCGTCGCCAATGGCTCTTTCCGGTGGCTCCACCACCTCCTCCGCCGCTCCTCGTCTTCTTTCACTTTCACCAACTACCACCGCCAGAGCTTCATCCCTCTCATTCCACATCCTCTCCTCCTCCTCTTCCATCGCTGCTTCACTCAAATCTCTCAAATTATCTCATCAGGTTTCGTTTCGCTCCATTCCGTTCCTCATTCATTACAAATGTTTTGCTTATTCTCATTATCTCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1326 bp · LXL04_029902|LXL04_029902|OH1004|CDS

ATGGCGGCTAACTGTTCGTCTCTAACACCGTCGCCAATGGCTCTTTCCGGTGGCTCCACCACCTCCTCCGCCGCTCCTCGTCTTCTTTCACTTTCACCAACTACCACCGCCAGAGCTTCATCCCTCTCATTCCACATCCTCTCCTCCTCCTCTTCCATCGCTGCTTCACTCAAATCTCTCAAATTATCTCATCAGGTTTCGTTTCGCTCCATTCCGTTCCTCATTCATTACAAATGTTTTGCTTATTCTCATTATCTCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

441 aa · LXL04_029902|LXL04_029902|OH1004|PROTEIN

MAANCSSLTPSPMALSGGSTTSSAAPRLLSLSPTTTARASSLSFHILSSSSSIAASLKSLKLSHQVSFRSIPFLIHYKCFAYSHYLDLLQKRTKLHCSSGDFAAVVTTKCVASNPDQLVSAREDIKDLLKATYCHPVMVRLGWHDAGTYNKNIEEWPQRGGANGRLVNALKLLQPIKDKYTNVTYADLFQLASATAIEQAGGPKIPMKYGRVDVSAPEQCPEEGRLPDAGPPSPASHLRDVFYRMGLNDKDIVALSGAHT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029902`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029902

位置 Chr06:103056758-103059473 (-)

描述 Similar to APXT: L-ascorbate peroxidase T, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g77490`	在过氧化氢去除中发挥关键作用。	暂无已核实直接文献
`At4g08390`	在过氧化氢去除中发挥关键作用。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0553200`	参与防御反应及对稻黄单胞菌pv. oryzae (Xoo) 的耐受性。	The rice thylakoid membrane-bound ascorbate peroxidase OsAPX8 functions in tolerance to bacterial blight.2016 · DOI: 10.1038/srep26104
`Os04g0434800`	在过氧化氢去除中发挥关键作用。	暂无已核实直接文献
`Os12g0178100`	在过氧化氢去除中发挥关键作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029902 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0010019 chloroplast-nucleus signaling pathway 生物过程

GO:0034599 cellular response to oxidative stress 生物过程

GO:0042744 hydrogen peroxide catabolic process 生物过程

GO:0071588 hydrogen peroxide mediated signaling pathway 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009534 chloroplast thylakoid 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77490

ath:AT4G08390

dosa:Os02g0553200

dosa:Os04g0434800

dosa:Os12g0178100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.962

排名 1 · LXL04_029902 · OH-1004

线粒体0.047

排名 2 · LXL04_029902 · OH-1004

细胞质0.024

排名 3 · LXL04_029902 · OH-1004

细胞核0.017

排名 4 · LXL04_029902 · OH-1004

细胞膜0.017

排名 5 · LXL04_029902 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00141.29peroxidase122-339 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029902	`PF00141.29`	peroxidase	122	339	1.4e-38	133.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q42593`	拟南芥	L-ascorbate peroxidase T, chloroplastic	73.458%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q42592`	拟南芥	L-ascorbate peroxidase S, chloroplastic/mitochondrial	73.559%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q69SV0`	水稻	Probable L-ascorbate peroxidase 8, chloroplastic	68.638%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XJ02`	水稻	Probable L-ascorbate peroxidase 7, chloroplastic	76.866%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`P0C0L1`	水稻	Probable L-ascorbate peroxidase 6, chloroplastic/mitochondrial	77.985%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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