LXL04_029803 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029803

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 100724251-100724973 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

723 bp · LXL04_029803|LXL04_029803|OH1004|cDNA

ATGATGAGAAATAATGGATTTGATTCCGATTTTGCCCTTCTTGAGTCTATTAGCCGTCATCTGTTGGACGATTCCGCCATGAATTCCGGCGGTGGAGCTGGTGGAGCTCCACCTATGTATTGCCGGACCAGTACCTTGTTTCCTTTCTTCTCGGACACTTGGGGTGAATTACCCTTGAAACAGAATGATTCTGACGACATGTTAATAGCTCGGTTTCTTCACGAAGCTTTGGATTTTGATTGCCTCCCATCGCCGGTAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

723 bp · LXL04_029803|LXL04_029803|OH1004|CDS

ATGATGAGAAATAATGGATTTGATTCCGATTTTGCCCTTCTTGAGTCTATTAGCCGTCATCTGTTGGACGATTCCGCCATGAATTCCGGCGGTGGAGCTGGTGGAGCTCCACCTATGTATTGCCGGACCAGTACCTTGTTTCCTTTCTTCTCGGACACTTGGGGTGAATTACCCTTGAAACAGAATGATTCTGACGACATGTTAATAGCTCGGTTTCTTCACGAAGCTTTGGATTTTGATTGCCTCCCATCGCCGGTAAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

240 aa · LXL04_029803|LXL04_029803|OH1004|PROTEIN

MMRNNGFDSDFALLESISRHLLDDSAMNSGGGAGGAPPMYCRTSTLFPFFSDTWGELPLKQNDSDDMLIARFLHEALDFDCLPSPVTTMIPTTTSTTTVKSEPESFVGSPGISSYQAESPSETTGVDVGTQQRGKHYRGVRRRPWGKFAAEIRDPAKNGARVWLGTFETAEDAAFAYDRAAYQMRGSRALLNFPLRINSGEPEPVRITSKRRATSPASSSENRSPKRGKNVKAESSVETD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029803`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029803

位置 Chr06:100724251-100724973 (+)

描述 Similar to ERF2: Ethylene-responsive transcription factor 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47220`	作为转录激活剂。	Arabidopsis ethylene-responsive element binding factors act as transcriptional activators or repressors of GCC box-mediated gene expression.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.3.393 A role for the GCC-box in jasmonate-mediated activation of the PDF1.2 gene of Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1104/pp.102.017814
`At4g17500`	作为转录激活剂。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029803 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0009864 induced systemic resistance, jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G17500

ath:AT5G47220

nsy:104217398

nta:107769743

nta:107825044

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.969

排名 1 · LXL04_029803 · OH-1004

细胞质0.084

排名 2 · LXL04_029803 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 3 · LXL04_029803 · OH-1004

内质网0.021

排名 4 · LXL04_029803 · OH-1004

质体0.017

排名 5 · LXL04_029803 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00847.27AP2136-187 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029803	`PF00847.27`	AP2	136	187	8e-14	52.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80338`	拟南芥	Ethylene-responsive transcription factor 2	54.717%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80337`	拟南芥	Ethylene-responsive transcription factor 1A	51.046%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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