LXL04_029681 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029681

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 96971371-96976401 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1554 bp · LXL04_029681|LXL04_029681|OH1004|cDNA

ATGAAGGAAACCCCAAATCAATCTCAAATCCACCACCGGAATCCACCGCCACCACAAGTTGTGCCGCCAATAATCACCAACAACAGCCAATTTACATCACCACGATCATCCAACGTACAAAATGGCAACCAAATGCTGCCAATGTTTTGGCCAAATTCCGGTGGTCTTCCACCGCCTTTTCCTCATTCTACAACTCTTGCCGCCGGCCAAGAACCAATATATCATCCCAATCAAACAAACAGTTGGGCAATTGGCCTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

1554 bp · LXL04_029681|LXL04_029681|OH1004|CDS

ATGAAGGAAACCCCAAATCAATCTCAAATCCACCACCGGAATCCACCGCCACCACAAGTTGTGCCGCCAATAATCACCAACAACAGCCAATTTACATCACCACGATCATCCAACGTACAAAATGGCAACCAAATGCTGCCAATGTTTTGGCCAAATTCCGGTGGTCTTCCACCGCCTTTTCCTCATTCTACAACTCTTGCCGCCGGCCAAGAACCAATATATCATCCCAATCAAACAAACAGTTGGGCAATTGGCCTTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

517 aa · LXL04_029681|LXL04_029681|OH1004|PROTEIN

MKETPNQSQIHHRNPPPPQVVPPIITNNSQFTSPRSSNVQNGNQMLPMFWPNSGGLPPPFPHSTTLAAGQEPIYHPNQTNSWAIGLYDCFSDFKISVLVLLCPCVAFGKIAEIVNEGETNWTEPGSLYCFLYVVQIGFMEILDMIWVLLFKHKLIGSMGYQGWVIGFILATFYNGLYRTKMRRQWNLKGTLSSDYCLHLWCHQCALCQQYRQLEHQGFIVFQGWDRNKGRYIQATTIHSEAHSFQDSISIHFWRFTHFRF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029681`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029681

位置 Chr06:96971371-96976401 (-)

描述 Similar to SGPP: Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein Sgpp

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g38740`	可能催化多种糖磷酸底物的去磷酸化。	HAD hydrolase function unveiled by substrate screening: enzymatic characterization of Arabidopsis thaliana subclass I phosphosugar phosphatase AtSgpp.2013 · DOI: 10.1007/s00425-012-1809-5
`At1g14870`	锌转运蛋白，作用于锌排出和长距离锌运输。	Arabidopsis PCR2 is a zinc exporter involved in both zinc extrusion and long-distance zinc transport.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.070185
`At1g14880`	参与无谷胱甘肽镉抗性。	A novel family of cys-rich membrane proteins mediates cadmium resistance in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1104/pp.103.037739
`At5g35525`	可能参与重金属转运。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029681 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:0050308 sugar-phosphatase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14870

ath:AT1G14880

ath:AT2G38740

ath:AT5G35525

zma:100284761

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.367

排名 1 · LXL04_029681 · OH-1004

内质网0.211

排名 2 · LXL04_029681 · OH-1004

细胞质0.192

排名 3 · LXL04_029681 · OH-1004

溶酶体／液泡0.175

排名 4 · LXL04_029681 · OH-1004

高尔基体0.153

排名 5 · LXL04_029681 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04749.23PLAC882-212 aa

PF00702.33Hydrolase293-470 aa

PF13419.13HAD_2295-476 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029681	`PF04749.23`	PLAC8	82	212	1.4e-22	81.2
LXL04_029681	`PF00702.33`	Hydrolase	293	470	9.8e-22	79.0
LXL04_029681	`PF13419.13`	HAD_2	295	476	5.5e-28	98.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZVJ5`	拟南芥	Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein Sgpp	72.766%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQU4`	拟南芥	Protein PLANT CADMIUM RESISTANCE 2	31.609%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQU2`	拟南芥	Protein PLANT CADMIUM RESISTANCE 1	32.759%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`P0CW97`	拟南芥	Protein PLANT CADMIUM RESISTANCE 3	29.121%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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