LXL04_029608 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029608

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 95277098-95286658 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1827 bp · LXL04_029608|LXL04_029608|OH1004|cDNA

ATGACTTGGTTAATCGGATTCAAAGGGCCATCAGGATTCTCAGCCAAAAACACAGCTGAAGATGTTACCGAAGGAATCGATGGCAAAGGTTTAACTGCCATTGTTACAGgaccaacaagtggtattGGTCTAGAAGCGGCTCGTGTCCTAGCTTTGAGGGGGGTACATGTTGTCATGGCAGCCAGGAATGTGGAATCCGCAACAAAGTGCAAGGAAAACATTATAAAAGGTTGCGCTAGTGCCACCATAGATGTTATGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1827 bp · LXL04_029608|LXL04_029608|OH1004|CDS

ATGACTTGGTTAATCGGATTCAAAGGGCCATCAGGATTCTCAGCCAAAAACACAGCTGAAGATGTTACCGAAGGAATCGATGGCAAAGGTTTAACTGCCATTGTTACAGGACCAACAAGTGGTATTGGTCTAGAAGCGGCTCGTGTCCTAGCTTTGAGGGGGGTACATGTTGTCATGGCAGCCAGGAATGTGGAATCCGCAACAAAGTGCAAGGAAAACATTATAAAAGGTTGCGCTAGTGCCACCATAGATGTTATGCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

608 aa · LXL04_029608|LXL04_029608|OH1004|PROTEIN

MTWLIGFKGPSGFSAKNTAEDVTEGIDGKGLTAIVTGPTSGIGLEAARVLALRGVHVVMAARNVESATKCKENIIKGCASATIDVMQLDVSSLESVRMFANEYISKGLPLNILICNAGVMALPFGLSKDGIENQFATNYVGHFHLTNLLLDTMKSTAQKCGNEGRIVILTSKLHSMTYKEGIIYSSYSAYGQSKLANILHAKELARRLKEEGANITVNAVHPGVIATNLARHSTASACFYAVFGIFQKNIPQGASTTCYV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029608`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029608

位置 Chr06:95277098-95286658 (-)

描述 Similar to TIC32: Short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g23430`	参与蛋白质前体输入叶绿体。	Tic32, an essential component in chloroplast biogenesis.2004 · DOI: 10.1074/jbc.m402817200

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029608 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009706 chloroplast inner membrane 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0005516 calmodulin binding 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G23430

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.450

排名 1 · LXL04_029608 · OH-1004

内质网0.212

排名 2 · LXL04_029608 · OH-1004

线粒体0.149

排名 3 · LXL04_029608 · OH-1004

细胞核0.109

排名 4 · LXL04_029608 · OH-1004

细胞膜0.108

排名 5 · LXL04_029608 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00106.32adh_short32-233 aa

PF08659.17KR32-149 aa

PF13561.13adh_short_C240-236 aa

PF00106.32adh_short327-534 aa

PF08659.17KR327-426 aa

PF01370.28Epimerase329-512 aa

PF13561.13adh_short_C2332-575 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029608	`PF00106.32`	adh_short	32	233	2.4e-61	207.3
LXL04_029608	`PF08659.17`	KR	32	149	2.4e-15	57.7
LXL04_029608	`PF13561.13`	adh_short_C2	40	236	5.7e-38	131.5
LXL04_029608	`PF00106.32`	adh_short	327	534	2.4e-61	207.3
LXL04_029608	`PF08659.17`	KR	327	426	2.4e-15	57.7
LXL04_029608	`PF01370.28`	Epimerase	329	512	2e-06	28.1
LXL04_029608	`PF13561.13`	adh_short_C2	332	575	5.7e-38	131.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`A2RVM0`	拟南芥	Short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic	70.569%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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