LXL04_029479 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029479

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 91787935-91790915 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1986 bp · LXL04_029479|LXL04_029479|OH1004|cDNA

ATGGGTCGCTCCGGCATCGTGCTAGCGATCGTCTTAATCGGTTGCATTTTTGCAATTTCAACTGCAAAAGAAGAAGCGAACAAGTTAGGAACTGTTATAGGAATAGATCTTGGAACTACCTACTCATGTGTCGGTGTTTACAAGAATGGGCATGTTGAAATCATAGCCAATGACCAAGGAAACCGTATCACTCCATCATGGGTGGCTTTCACAGACTCCGAGAGGTTGATCGGTGAAGCTGCAAAGAATCAGGCCCCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

1986 bp · LXL04_029479|LXL04_029479|OH1004|CDS

ATGGGTCGCTCCGGCATCGTGCTAGCGATCGTCTTAATCGGTTGCATTTTTGCAATTTCAACTGCAAAAGAAGAAGCGAACAAGTTAGGAACTGTTATAGGAATAGATCTTGGAACTACCTACTCATGTGTCGGTGTTTACAAGAATGGGCATGTTGAAATCATAGCCAATGACCAAGGAAACCGTATCACTCCATCATGGGTGGCTTTCACAGACTCCGAGAGGTTGATCGGTGAAGCTGCAAAGAATCAGGCCCCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

661 aa · LXL04_029479|LXL04_029479|OH1004|PROTEIN

MGRSGIVLAIVLIGCIFAISTAKEEANKLGTVIGIDLGTTYSCVGVYKNGHVEIIANDQGNRITPSWVAFTDSERLIGEAAKNQAPLNAERTIFDVKRLIGRKFEDKEVQRDMKLVPYKLVNKDGKPYIQVKLSGGETKVFSPEEISAMILTKMKETAEAFLGKKIKDAVVTVPAYFNDAQRQATKDAGVIAGLNVARIINEPTAAAIAYGLDKKGGEKNILVFDLGGGTFDVSILTIDNGVFEVLATNGDTHLGGEDFD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029479`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029479

位置 Chr06:91787935-91790915 (+)

描述 Similar to BIP5: Luminal-binding protein 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g42020`	与其他伴侣蛋白合作，Hsp70 是关键组分，可促进新合成蛋白的折叠，协助前体蛋白转运进入细胞器，并负责在应激条件下降解受损蛋白（可能）。	Multiple BiP genes of Arabidopsis thaliana are required for male gametogenesis and pollen competitiveness.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pcu018 Fertilization-Coupled Sperm Nuclear Fusion Is Required for Normal Endosperm Nuclear Proliferation.2020 · DOI: 10.1093/pcp/pcz158
`At5g28540`	与其他伴侣蛋白合作，Hsp70 是关键组分，可促进新合成蛋白的折叠，协助前体蛋白转运进入细胞器，并负责在应激条件下降解受损蛋白（可能）。	Multiple BiP genes of Arabidopsis thaliana are required for male gametogenesis and pollen competitiveness.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pcu018 The THERMOSENSITIVE MALE STERILE 1 Interacts with the BiPs via DnaJ Domain and Stimulates Their ATPase Enzyme Activities in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0132500 Fertilization-Coupled Sperm Nuclear Fusion Is Required for Normal Endosperm Nuclear Proliferation.2020 · DOI: 10.1093/pcp/pcz158

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029479 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0030968 endoplasmic reticulum unfolded protein response 生物过程

GO:0034976 response to endoplasmic reticulum stress 生物过程

GO:0036503 ERAD pathway 生物过程

GO:0042026 protein refolding 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005730 nucleolus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G28540

ath:AT5G42020

nta:107771425

nta:107818867

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.808

排名 1 · LXL04_029479 · OH-1004

细胞质0.164

排名 2 · LXL04_029479 · OH-1004

细胞外0.075

排名 3 · LXL04_029479 · OH-1004

细胞膜0.073

排名 4 · LXL04_029479 · OH-1004

高尔基体0.069

排名 5 · LXL04_029479 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00012.27HSP7032-639 aa

PF06723.20MreB_Mbl149-399 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029479	`PF00012.27`	HSP70	32	639	3.2e-263	875.1
LXL04_029479	`PF06723.20`	MreB_Mbl	149	399	8.2e-17	61.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39043`	拟南芥	Heat shock 70 kDa protein BIP2	91.515%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LKR3`	拟南芥	Heat shock 70 kDa protein BIP1	92.633%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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