LXL04_029367 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029367

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 88386720-88391008 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2112 bp · LXL04_029367|LXL04_029367|OH1004|cDNA

ATGTCCTTGCGCACTCACCCTTCTGCCGTTTTCTTCAAAGACATGTGGAAGAATCGCAATCTCCTCCTGACATTGATTGTTGCTTGCCGTCTGGCTAAGGCATTGGGGGCTGACTTCTTCAATACATCGTCTGTTGTCGAGTCCTCCACGCAAACAAGGAGTGAGGTACCACGGGCTTCACTTAGCATCAATCGTGCTTCATCTGTTAACAAGAAGGATACTGATGTAGCTTCAGAAGAGTTATTGGAAGCTTTGTGGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2112 bp · LXL04_029367|LXL04_029367|OH1004|CDS

ATGTCCTTGCGCACTCACCCTTCTGCCGTTTTCTTCAAAGACATGTGGAAGAATCGCAATCTCCTCCTGACATTGATTGTTGCTTGCCGTCTGGCTAAGGCATTGGGGGCTGACTTCTTCAATACATCGTCTGTTGTCGAGTCCTCCACGCAAACAAGGAGTGAGGTACCACGGGCTTCACTTAGCATCAATCGTGCTTCATCTGTTAACAAGAAGGATACTGATGTAGCTTCAGAAGAGTTATTGGAAGCTTTGTGGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

703 aa · LXL04_029367|LXL04_029367|OH1004|PROTEIN

MSLRTHPSAVFFKDMWKNRNLLLTLIVACRLAKALGADFFNTSSVVESSTQTRSEVPRASLSINRASSVNKKDTDVASEELLEALWDDGYGTQTAKDYAYIAMDLIKHDGGPPRWFCPIACGIPLKDSPILLYIPGIDGTGTGLVVHEKALGKVFHVQCLHIPVQDRTPLEGLIQIVEEAIKIENKLSPNKPIYILGESFGGALALAIAARNPTIDLILILANPATSFERSQAYPVYPLLKALPQEHYTMFSYLMPPLLG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029367`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029367

位置 Chr06:88386720-88391008 (-)

描述 Similar to At1g54570: Acyltransferase-like protein At1g54570, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g54570`	酰基转移酶参与叶绿体中脂肪酸植酯的合成，这是在非生物胁迫和衰老期间维持光合膜完整性所需的过程。	Fatty acid phytyl ester synthesis in chloroplasts of Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.095588
`At3g26840`	参与叶绿体内脂肪酸植醇酯合成的酰基转移酶，该过程对于在非生物胁迫和衰老期间维持光合膜完整性是必需的。	Fatty acid phytyl ester synthesis in chloroplasts of Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1105/tpc.112.095588

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029367 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006995 cellular response to nitrogen starvation 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0010866 regulation of triglyceride biosynthetic process 生物过程

GO:0019432 triglyceride biosynthetic process 生物过程

GO:0033306 phytol metabolic process 生物过程

GO:0090693 plant organ senescence 生物过程

GO:1904963 regulation of phytol biosynthetic process 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0010287 plastoglobule 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0004144 diacylglycerol O-acyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G54570

ath:AT3G26840

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.481

排名 1 · LXL04_029367 · OH-1004

线粒体0.156

排名 2 · LXL04_029367 · OH-1004

内质网0.152

排名 3 · LXL04_029367 · OH-1004

细胞质0.084

排名 4 · LXL04_029367 · OH-1004

高尔基体0.083

排名 5 · LXL04_029367 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12697.14Abhydrolase_6169-375 aa

PF00561.27Abhydrolase_1171-375 aa

PF12146.16Hydrolase_4182-375 aa

PF03982.19DAGAT499-577 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029367	`PF12697.14`	Abhydrolase_6	169	375	1.2e-06	30.0
LXL04_029367	`PF00561.27`	Abhydrolase_1	171	375	2e-08	34.9
LXL04_029367	`PF12146.16`	Hydrolase_4	182	375	4.8e-12	46.4
LXL04_029367	`PF03982.19`	DAGAT	499	577	1.9e-08	34.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZVN2`	拟南芥	Phytyl ester synthase 1, chloroplastic	47.626%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LW26`	拟南芥	Phytyl ester synthase 2, chloroplastic	43.930%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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