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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_029279
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 85980605-85984878 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1440 bp · LXL04_029279|LXL04_029279|OH1004|cDNA

ATGGTTTCAATAAAGAAGAGGTTGAATTGCTGTACGAGGAACAGAGGAATCAGTGATAGCATCGACTTTGATCAACCACCGGACAGTATGCTCACTTCCTTTTCTCTTAAATTTCTAATCATACTCATAAAAGAAACCGATGAAATTATGACATATAACGGGCTAGAGACCTGCATTCTGAATTCCAACTCTTACAAGGATCACGAAAGTGATAAAAGAGACAGATGTCCAACCGAGTCACCAGAAGAAGATATATCGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1440 bp · LXL04_029279|LXL04_029279|OH1004|CDS

ATGGTTTCAATAAAGAAGAGGTTGAATTGCTGTACGAGGAACAGAGGAATCAGTGATAGCATCGACTTTGATCAACCACCGGACAGTATGCTCACTTCCTTTTCTCTTAAATTTCTAATCATACTCATAAAAGAAACCGATGAAATTATGACATATAACGGGCTAGAGACCTGCATTCTGAATTCCAACTCTTACAAGGATCACGAAAGTGATAAAAGAGACAGATGTCCAACCGAGTCACCAGAAGAAGATATATCGAG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

479 aa · LXL04_029279|LXL04_029279|OH1004|PROTEIN

MVSIKKRLNCCTRNRGISDSIDFDQPPDSMLTSFSLKFLIILIKETDEIMTYNGLETCILNSNSYKDHESDKRDRCPTESPEEDISSCCSSNNPSGSFFSHGIDDWEFMEKESPSYTLQYSDMEAMKEKFAKLLLGEDATGGRNGVSPALALSNAITHLAGSVFGELWKLEPLDEEKKNKWKREMDWLLSPTNHMIMTPKARGDVHLNLPALRKLDSMLLVNDLFTPYNQPIKFLYLSKVETLDSMTETEFWYEEGGSRA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_029279
TK1151 IDTkA07G296250
OH-1004 IDLXL04_029279
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)86.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_029279
位置Chr06:85980605-85984878 (+)
描述Similar to ROPGEF14: Rop guanine nucleotide exchange factor 14
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g31650 鸟嘌呤核苷酸交换因子 (GEF)，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 Rop（植物的 Rho）GTP 酶的激活剂。 暂无已核实直接文献
At5g02010 鸟嘌呤核苷酸交换因子 (GEF)，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 Rop（植物的 Rho）GTP 酶的激活剂。
RopGEF7 regulates PLETHORA-dependent maintenance of the root stem cell niche in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.085514
At4g38430 鸟嘌呤核苷酸交换因子 ，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 RopGTP 酶的激活剂。
Members of a novel class of Arabidopsis Rho guanine nucleotide exchange factors control Rho GTPase-dependent polar growth.2006 · DOI: 10.1105/tpc.105.036434
ROPGEF1 and ROPGEF4 are functional regulators of ROP11 GTPase in ABA-mediated stomatal closure in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1016/j.febslet.2012.03.040
AtPRK2 promotes ROP1 activation via RopGEFs in the control of polarized pollen tube growth.2013 · DOI: 10.1093/mp/sss103
At3g24620 鸟嘌呤核苷酸交换因子 ，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 RopGTP 酶的激活剂。
Structural evidence for a common intermediate in small G protein-GEF reactions.2007 · DOI: 10.1016/j.molcel.2006.11.023
At4g00460 鸟嘌呤核苷酸交换因子 (GEF)，通过促进 GDP 与 GTP 的交换，充当 Rop（植物的 Rho）GTP 酶的激活剂。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029279 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009664 plant-type cell wall organization 生物过程
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程
GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0016324 apical plasma membrane 细胞组分
GO:0005085 guanyl-nucleotide exchange factor activity 分子功能
GO:0042802 identical protein binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G31650
ath:AT3G24620
ath:AT4G00460
ath:AT4G38430
ath:AT5G02010
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.359
排名 1 · LXL04_029279 · OH-1004
细胞质0.298
排名 2 · LXL04_029279 · OH-1004
细胞膜0.282
排名 3 · LXL04_029279 · OH-1004
内质网0.100
排名 4 · LXL04_029279 · OH-1004
质体0.090
排名 5 · LXL04_029279 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03759.19PRONE121-220 aa
PF03759.19PRONE240-470 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_029279PF03759.19PRONE1212202.7e-125418.7
LXL04_029279PF03759.19PRONE2404702.7e-125418.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q56WM6拟南芥Rop guanine nucleotide exchange factor 1449.071%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LZN0拟南芥Rop guanine nucleotide exchange factor 742.105%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q93ZY2拟南芥Rop guanine nucleotide exchange factor 141.316%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9LV40拟南芥Rho guanine nucleotide exchange factor 840.533%Swiss-Prot中等数据库同源证据
A4IJ27拟南芥Rop guanine nucleotide exchange factor 341.425%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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