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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_029242
当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 84671789-84674821 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2637 bp · LXL04_029242|LXL04_029242|OH1004|cDNA

ATGGATTTAAAGAGGCTCAGAATCTTCAAATTTTCACCCTTGAAGAGGAACCCCTTTCAATCAGCCTCTACCCAACACAAGCATTCAAAGTCATCCCCCAAAAAAACCCCAGTGCAGCTCGAGAATCAGGATTCGATCAAGTGGGTAACTTCAATTCTATCAAACCCGTCTCTAGATTCATCTAAGTGTAAAGATATAGTCACTCATTTGTCTCCACAACAGTTCGATAGTGTGTTCTCCGATATTAGGTATTCCGTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2637 bp · LXL04_029242|LXL04_029242|OH1004|CDS

ATGGATTTAAAGAGGCTCAGAATCTTCAAATTTTCACCCTTGAAGAGGAACCCCTTTCAATCAGCCTCTACCCAACACAAGCATTCAAAGTCATCCCCCAAAAAAACCCCAGTGCAGCTCGAGAATCAGGATTCGATCAAGTGGGTAACTTCAATTCTATCAAACCCGTCTCTAGATTCATCTAAGTGTAAAGATATAGTCACTCATTTGTCTCCACAACAGTTCGATAGTGTGTTCTCCGATATTAGGTATTCCGTGAA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

878 aa · LXL04_029242|LXL04_029242|OH1004|PROTEIN

MDLKRLRIFKFSPLKRNPFQSASTQHKHSKSSPKKTPVQLENQDSIKWVTSILSNPSLDSSKCKDIVTHLSPQQFDSVFSDIRYSVKPRTALSFFYFASRSCGFKFTIKSYCLLIHLLLASKLDDPARLLLIQLIDDKLPVLLHDPKNKHIEIATAFMEFHFSSDSLPTPTFDHLIHVYCTQFKSFGLDLASDVVRLIAKKHLFPSLTTCNILLTSLVKSNLLQKTHEIFNILRIGLQPDVYLFTTAINALCKDRKIKDA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_029242
TK1151 IDTkA07G290780
OH-1004 IDLXL04_029242
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 32.966 / OH-1004 30.638
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_029242
位置Chr06:84671789-84674821 (+)
描述Similar to At4g19440: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19440, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g19440 含五聚肽重复序列的蛋白 At4g19440，叶绿体的。 暂无已核实直接文献
At5g59900 推测的五肽重复蛋白（pentatricopeptide repeat-containing protein）At5g59900。 暂无已核实直接文献
At5g65560 含五基重复肽结构蛋白 At5g65560。 暂无已核实直接文献
At5g39710 含五重复肽序列蛋白 At5g39710。 暂无已核实直接文献
At1g63130 含五十二肽重复的线粒体蛋白At1g63130。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029242 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000965 mitochondrial RNA 3'-end processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT4G19440
ath:AT5G59900
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.832
排名 1 · LXL04_029242 · OH-1004
质体0.087
排名 2 · LXL04_029242 · OH-1004
细胞核0.054
排名 3 · LXL04_029242 · OH-1004
细胞质0.038
排名 4 · LXL04_029242 · OH-1004
细胞膜0.012
排名 5 · LXL04_029242 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276.3TPR_24231-330 aa
PF13812.13PPR_3234-284 aa
PF12854.14PPR_1236-268 aa
PF13041.13PPR_2239-280 aa
PF17177.11PPR_long242-364 aa
PF12854.14PPR_1271-302 aa
PF13041.13PPR_2274-323 aa
PF01535.27PPR278-307 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_029242PF23276.3TPR_242313302.2e-45154.5
LXL04_029242PF13812.13PPR_32342843.1e-78258.5
LXL04_029242PF12854.14PPR_12362688.3e-155502.9
LXL04_029242PF13041.13PPR_22392804.8e-176571.6
LXL04_029242PF17177.11PPR_long2423642.3e-46158.5
LXL04_029242PF12854.14PPR_12713028.3e-155502.9
LXL04_029242PF13041.13PPR_22743234.8e-176571.6
LXL04_029242PF01535.27PPR2783074.9e-126403.3
LXL04_029242PF13812.13PPR_32833193.1e-78258.5
LXL04_029242PF12854.14PPR_13053378.3e-155502.9
LXL04_029242PF13041.13PPR_23173544.8e-176571.6
LXL04_029242PF23276.3TPR_243324072.2e-45154.5
LXL04_029242PF13812.13PPR_33333913.1e-78258.5
LXL04_029242PF12854.14PPR_13403738.3e-155502.9
LXL04_029242PF29070.1MSC6_N3424404.7e-40138.6
LXL04_029242PF13041.13PPR_23443934.8e-176571.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q940A6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19440, chloroplastic46.500%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FJE6拟南芥Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g5990028.750%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LSL9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g6556028.777%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FIX3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g3971029.094%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9CAN0拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63130, mitochondrial32.234%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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