LXL04_029236 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029236

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 84534098-84535570 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1473 bp · LXL04_029236|LXL04_029236|OH1004|cDNA

ATGATGTGGGATATGACTCAAATAGGGTCTATGATGGCAAGTGTTATGTTCGTGTGGGCCATCTTCCAACAATATTTCCCAGAAGAGCTTGGAATGCATATAAAACAATACTTTAGAAAACTTCTGAGTTTTGTGAACCCTTACATCACCATTAATTTTCACGAATACCAAGGAGATGAGTACGAGCGAAGCAAAGCCTATTCCTCCATCGAACGATACCTCAGCACCAACTCCTCCAATGGAGTCAAACGCCTCAAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1473 bp · LXL04_029236|LXL04_029236|OH1004|CDS

ATGATGTGGGATATGACTCAAATAGGGTCTATGATGGCAAGTGTTATGTTCGTGTGGGCCATCTTCCAACAATATTTCCCAGAAGAGCTTGGAATGCATATAAAACAATACTTTAGAAAACTTCTGAGTTTTGTGAACCCTTACATCACCATTAATTTTCACGAATACCAAGGAGATGAGTACGAGCGAAGCAAAGCCTATTCCTCCATCGAACGATACCTCAGCACCAACTCCTCCAATGGAGTCAAACGCCTCAAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

490 aa · LXL04_029236|LXL04_029236|OH1004|PROTEIN

MMWDMTQIGSMMASVMFVWAIFQQYFPEELGMHIKQYFRKLLSFVNPYITINFHEYQGDEYERSKAYSSIERYLSTNSSNGVKRLKANVLKNRKSIFLSMEDYEEVIDEFQGMTIWWTSSKIVPQRQALFSYNDGEEKRYYKLTCHRKHKDAITNVYVPHVLDEGDAIAKKTRQQKLYTNGRKTSWSHILFEHPSTFDTLAMHPDKKKDIMNDLMTFIESKEYYKKVGKAWKRGYLLYGPPGTGKSSMIAAMANLLNYHI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029236`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029236

位置 Chr06:84534098-84535570 (+)

描述 Similar to AATP1: AAA-ATPase ASD, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g40010`	在种子成熟过程中调节形态和解剖结构所必需。	暂无已核实直接文献
`At3g28580`	AAA-ATP酶 At3g28580。	暂无已核实直接文献
`At3g28510`	AAA-ATP酶 At3g28510。	暂无已核实直接文献
`At3g28610`	AAA-ATP酶 At3g28610。	暂无已核实直接文献
`At3g28600`	AAA-ATP酶 At3g28600。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029236 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000304 response to singlet oxygen 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0010154 fruit development 生物过程

GO:0010431 seed maturation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G28510

ath:AT3G28580

ath:AT3G28600

ath:AT3G28610

ath:AT5G40010

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.303

排名 1 · LXL04_029236 · OH-1004

细胞核0.262

排名 2 · LXL04_029236 · OH-1004

线粒体0.192

排名 3 · LXL04_029236 · OH-1004

内质网0.155

排名 4 · LXL04_029236 · OH-1004

细胞膜0.095

排名 5 · LXL04_029236 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14363.12AAA_assoc26-120 aa

PF00004.36AAA235-380 aa

PF25568.1AAA_lid_At3g28540382-452 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029236	`PF14363.12`	AAA_assoc	26	120	2.8e-24	86.1
LXL04_029236	`PF00004.36`	AAA	235	380	1.8e-19	71.2
LXL04_029236	`PF25568.1`	AAA_lid_At3g28540	382	452	1.1e-31	109.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLD5`	拟南芥	AAA-ATPase ASD, mitochondrial	56.858%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LJJ7`	拟南芥	AAA-ATPase At3g28580	56.858%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LH84`	拟南芥	AAA-ATPase At3g28510	55.870%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LJJ5`	拟南芥	AAA-ATPase At3g28610	51.148%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4J0C0`	拟南芥	AAA-ATPase At3g28600	51.078%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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