LXL04_029232 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029232

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 84414369-84415726 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

987 bp · LXL04_029232|LXL04_029232|OH1004|cDNA

ATGCAAGAAATGGCGAACGAGATAGTCTTCTTTGATTTGGAAACAAACGTGCCAAGAAACCCCGGCCAAAAATTCTGGGTGCTTGAGTTTGGAGCGATGGTGGTTTGCCCAAGAAAGCTTGTCGAGATCGAGAGTTACTCCACATTAATTCGACCTGGAGACTTGTCGGTTGTGGGGGTGAATCCAGCGAGGTGCCATGGGATCTCACGAGGAACGGTTTTGTCAGCTCCCACTTTCGAACAAGTTGCCGATAAGATATT...

CDS

下载 CDS FASTA

987 bp · LXL04_029232|LXL04_029232|OH1004|CDS

ATGCAAGAAATGGCGAACGAGATAGTCTTCTTTGATTTGGAAACAAACGTGCCAAGAAACCCCGGCCAAAAATTCTGGGTGCTTGAGTTTGGAGCGATGGTGGTTTGCCCAAGAAAGCTTGTCGAGATCGAGAGTTACTCCACATTAATTCGACCTGGAGACTTGTCGGTTGTGGGGGTGAATCCAGCGAGGTGCCATGGGATCTCACGAGGAACGGTTTTGTCAGCTCCCACTTTCGAACAAGTTGCCGATAAGATATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

328 aa · LXL04_029232|LXL04_029232|OH1004|PROTEIN

MQEMANEIVFFDLETNVPRNPGQKFWVLEFGAMVVCPRKLVEIESYSTLIRPGDLSVVGVNPARCHGISRGTVLSAPTFEQVADKIFEILNGRIWAGHNIQRFDCVRIKAAFEEIGRPAPEPVALIDSLWVLSDKFGKRAGNMKMASLASYFGLGEQKHRSLDDARMNLEVLKHCATVLFLESSLPGILENQWQHNSSPNVTTRSRSTDLMEPSVSTSINKPWSQKESISSSTINNGWNQKESSISRTMNKGWNQESPPT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029232`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029232

位置 Chr06:84414369-84415726 (-)

描述 Similar to NEN4: Protein NEN4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g39810`	可能是一种核酸外切酶，参与筛管元素的去核化。	暂无已核实直接文献
`At1g74390`	可能参与筛管元胞核去除的外切核酸酶。	暂无已核实直接文献
`At5g07710`	可能参与筛管元素去核的外切酶。	暂无已核实直接文献
`At5g61390`	可能参与筛管元素去核的外切酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029232 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006261 DNA-templated DNA replication 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003677 DNA binding 分子功能

GO:0003887 DNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0008408 3'-5' exonuclease activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G74390

ath:AT4G39810

ath:AT5G07710

ath:AT5G61390

tte:TTE1398

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.553

排名 1 · LXL04_029232 · OH-1004

细胞质0.392

排名 2 · LXL04_029232 · OH-1004

细胞膜0.089

排名 3 · LXL04_029232 · OH-1004

内质网0.056

排名 4 · LXL04_029232 · OH-1004

线粒体0.052

排名 5 · LXL04_029232 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00929.32RNase_T9-172 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029232	`PF00929.32`	RNase_T	9	172	4.8e-27	96.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4JJ23`	拟南芥	Protein NEN4	69.417%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CA74`	拟南芥	Protein NEN3	64.532%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FLR0`	拟南芥	Protein NEN1	56.306%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0V842`	拟南芥	Protein NEN2	56.311%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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