LXL04_029196 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029196

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 83490219-83499050 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5778 bp · LXL04_029196|LXL04_029196|OH1004|cDNA

ATGACATCGAGAGGGGGAGGTAGTGGTCCTTCGGATCAATCATCGCCGCAGCAGCGGCGGATCATGCGGACACAGACGGCAGGGAGTCTCGGAGACTCGATAGTTGATAGTGAAGTGGTGCCCTCGTCGTTGGTCGAGATTGCTCCTATCCTTCGTGTGGCTAATGAAGTTGAGCCCAGTAACCCCAGAGTTGCTTATCTTTGTCGGTTCTATGCATTTGAAAAAGCTCTTAGGTTGGATCCCACTTCTAGTGGACGTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

5778 bp · LXL04_029196|LXL04_029196|OH1004|CDS

ATGACATCGAGAGGGGGAGGTAGTGGTCCTTCGGATCAATCATCGCCGCAGCAGCGGCGGATCATGCGGACACAGACGGCAGGGAGTCTCGGAGACTCGATAGTTGATAGTGAAGTGGTGCCCTCGTCGTTGGTCGAGATTGCTCCTATCCTTCGTGTGGCTAATGAAGTTGAGCCCAGTAACCCCAGAGTTGCTTATCTTTGTCGGTTCTATGCATTTGAAAAAGCTCTTAGGTTGGATCCCACTTCTAGTGGACGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1925 aa · LXL04_029196|LXL04_029196|OH1004|PROTEIN

MTSRGGGSGPSDQSSPQQRRIMRTQTAGSLGDSIVDSEVVPSSLVEIAPILRVANEVEPSNPRVAYLCRFYAFEKALRLDPTSSGRGVRQFKTALLQLLERESDPTLIGRMKKSDAREMQSFYRHYYSKYIQALQSAADKADRAQLTKAYQTADVLFEVLKAVNLTHSLEVDEEILETHDKVAEKTEIYLPYNILPLDSDSANQAIMQYPEIRAAVVALRDTRGLPWPRYFKKKSGEDILDWLQAMFGFQKDNVANQREH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029196`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_029196

位置 Chr06:83490219-83499050 (-)

描述 Similar to CALS3: Callose synthase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13000`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	暂无已核实直接文献
`At1g05570`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	An Arabidopsis Callose Synthase, GSL5, Is Required for Wound and Papillary Callose Formation.2003 · DOI: 10.1105/tpc.016097
`At2g31960`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	暂无已核实直接文献
`At2g13680`	形成分隔四孢子和包围花粉母细胞的胼胝质壁所必需的。	Callose synthase (CalS5) is required for exine formation during microgametogenesis and for pollen viability in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2005.02379.x Callose (beta-1,3 glucan) is essential for Arabidopsis pollen wall patterning, but not tube growth.2005 · DOI: 10.1186/1471-2229-5-22
`At5g36870`	参与胞质分裂过程中形成细胞板的胼胝质合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_029196 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006075 (1->3)-beta-D-glucan biosynthetic process 生物过程

GO:0008360 regulation of cell shape 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0009860 pollen tube growth 生物过程

GO:0010208 pollen wall assembly 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0080092 regulation of pollen tube growth 生物过程

GO:0000148 1,3-beta-D-glucan synthase complex 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05570

ath:AT2G13680

ath:AT2G31960

ath:AT5G13000

ath:AT5G36870

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.557

排名 1 · LXL04_029196 · OH-1004

内质网0.209

排名 2 · LXL04_029196 · OH-1004

高尔基体0.123

排名 3 · LXL04_029196 · OH-1004

细胞质0.117

排名 4 · LXL04_029196 · OH-1004

溶酶体／液泡0.107

排名 5 · LXL04_029196 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF04652.22Vta147-175 aa

PF14288.12FKS1_dom1324-435 aa

PF25968.1CALS1825-1004 aa

PF02364.22Glucan_synthase1011-1719 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029196	`PF04652.22`	Vta1	47	175	8.3e-16	59.0
LXL04_029196	`PF14288.12`	FKS1_dom1	324	435	3.6e-41	140.7
LXL04_029196	`PF25968.1`	CALS1	825	1004	1.4e-63	214.6
LXL04_029196	`PF02364.22`	Glucan_synthase	1011	1719	2.4e-230	767.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LXT9`	拟南芥	Callose synthase 3	71.982%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9AUE0`	拟南芥	Callose synthase 1	69.270%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SL03`	拟南芥	Callose synthase 2	68.344%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q3B724`	拟南芥	Callose synthase 5	56.564%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LTG5`	拟南芥	Callose synthase 4	57.006%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情