LXL04_029150 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_029150

当前版本: OH-1004 染色体: Chr06 坐标: 81921747-81925449 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1482 bp · LXL04_029150|LXL04_029150|OH1004|cDNA

ATGATTTCAGCAATATCATGGGTTCCTAAAGGGGCTTCCAAATCTGTCCCTGCGGCAGCTGATCCTCCTTCAAAAGAGGAAATCGAGGAGATAAAGAAGACAGTCCTCGTGGGACAAGGTGTAGATGTTGAAAGCgaggaagatgatgaagatatGAGTGTTGATGCGACTAAGCAACCTGCTGATATTGAGCAGGCGTTAGGTGCAGCTAATGCACTTGGTAAGGTTTCTACAAGGAAAACTGGTGGATCTAACCTCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1482 bp · LXL04_029150|LXL04_029150|OH1004|CDS

ATGATTTCAGCAATATCATGGGTTCCTAAAGGGGCTTCCAAATCTGTCCCTGCGGCAGCTGATCCTCCTTCAAAAGAGGAAATCGAGGAGATAAAGAAGACAGTCCTCGTGGGACAAGGTGTAGATGTTGAAAGCGAGGAAGATGATGAAGATATGAGTGTTGATGCGACTAAGCAACCTGCTGATATTGAGCAGGCGTTAGGTGCAGCTAATGCACTTGGTAAGGTTTCTACAAGGAAAACTGGTGGATCTAACCTCGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

493 aa · LXL04_029150|LXL04_029150|OH1004|PROTEIN

MISAISWVPKGASKSVPAAADPPSKEEIEEIKKTVLVGQGVDVESEEDDEDMSVDATKQPADIEQALGAANALGKVSTRKTGGSNLADIADGLDELNMDDYDDEDDAVDIFGSGLGDTFYPSNELDPYIKDKDEDEDSEELDDVIIKADDAVVVWIVEDPDGDSNMYVHHDILIPAFPLCTAWLDCPIKGGEKGNFIAVGSMEPAIEIWDLDVMDEVQPSLILGGVAEKKKKKKGKKTEKSIKYKEDSHTDAVLGLAWNK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_029150`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_029150`
位置	Chr06:81921747-81925449 (-)
描述	Similar to PWP1: Periodic tryptophan protein 1 homolog
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_029150` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:1901838 positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I 生物过程 GO:2000738 positive regulation of stem cell differentiation 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005694 chromosome 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:1990889 histone H4K20me3 reader activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:514147 hsa:11137 mmu:103136 sce:YLR196W spo:2539789 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.815

排名 1 · LXL04_029150 · OH-1004

细胞质0.299

排名 2 · LXL04_029150 · OH-1004

细胞膜0.035

排名 3 · LXL04_029150 · OH-1004

线粒体0.027

排名 4 · LXL04_029150 · OH-1004

内质网0.024

排名 5 · LXL04_029150 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR1192-310 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC3194-294 aa

PF24797.2Beta-prop_WDR35_TULP_N194-374 aa

PF24814.2WD40_Prp19215-296 aa

PF23775.2Beta-prop_RIG_2nd226-292 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz240-357 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st242-318 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st245-325 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_029150	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	192	310	5.6e-09	36.2
LXL04_029150	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	194	294	3.9e-32	112.0
LXL04_029150	`PF24797.2`	Beta-prop_WDR35_TULP_N	194	374	3.8e-06	27.0
LXL04_029150	`PF24814.2`	WD40_Prp19	215	296	1.1e-18	68.0
LXL04_029150	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	226	292	1.6e-16	61.2
LXL04_029150	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	240	357	6.6e-29	101.8
LXL04_029150	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	242	318	3.2e-14	53.5
LXL04_029150	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	245	325	3.3e-22	79.8
LXL04_029150	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	246	470	1.5e-22	80.9
LXL04_029150	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	247	330	1.3e-23	84.4
LXL04_029150	`PF00400.39`	WD40	247	279	5.5e-22	77.9
LXL04_029150	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	247	460	2.8e-09	37.1
LXL04_029150	`PF25178.1`	Beta-prop_WDR41	248	330	4.5e-06	26.4
LXL04_029150	`PF24805.2`	EIF3I	249	381	1.8e-09	37.9
LXL04_029150	`PF24814.2`	WD40_Prp19	250	469	1.1e-18	68.0
LXL04_029150	`PF25460.2`	Beta-prop_Aladin	303	457	2.4e-09	37.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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